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在专利检索和审查中,每一件申请都应当充分进行检索,审查用检索资料包括专利文献和非专利文献,因此非专利文献数据库检索是必不可少的检索范围。据统计,欧专局审查员检索的生物领域文献中,超过百分之六十的对比文献是非专利类文献。
在生物领域中,非专利文献必检数据库主要有:
CNKI(>
万方(>
读秀(>
百度(>
谷歌学术(google scholar)
Pubmed(>
NCBI GenBank
(>
EBI-EMBL
(>
还包括传统图书馆数据库等资源。检索无穷尽,下面就以下几个常用的检索数据库进行简单介绍。
1
CNKI数据库在药物领域的检索实用技巧
句子检索,其特点在于有目的性的精确检索,相当于检索系统中的“s”运算,但相关联的两个关键词不进行扩展,因此输入的关键词需要准确。可以将申请文件中的具体表格名称进行CNKI的句子检索。
检索得到的文献同样用于治疗慢性肾小球肾炎(“中西医结合治疗慢性肾小球肾炎45例”,巩峰等),进入文献查看,可以得到表格2,与申请文件中表格一致。
2
知识元检索
知识元检索入口位于CNKI首页默认的文献检索下方,包括:知识问答、百科、词典、手册、工具书、、统计数据和指数。知识元检索的优势:相比较读秀,其检索目的性较强,可以直接选择工具书和手册为检索入口,而减少其他普通出版书籍的噪音干扰。
3
Google搜索引擎检索技巧
使用Google搜索关键词“巧克力3D打印机”,搜索结果提示以下相关信息 :“英国埃克塞特大学研究人员自2012年推出世界首台3D巧克力打印机原型机……”。该信息表明,国外研究人员正在从事巧克力3D打印技术的开发,采用英文关键词进行国外技术的检索,并考虑到本案为设备,利用搜索更加直观,因此,下一步搜索转向Google搜索,输入“3D chocolate printing”,在第3栏即能发现可以用于评述本申请创造性的对比文件(World’s First 3D Chocolate Printer Is Here,Uber Geek,2013年12月31日)。
4
读秀学术搜索在药物领域检索中的应用
读秀学术搜索,对于图书资源,读秀收录的中文图书题录信息以及全文信息占已出版的中文图书的95%以上。谷歌和百度发现该药物的商品名为“施图伦”,考虑到对于某些原装进口药在某些医学专著中经常会有介绍,而读秀的专长正是对于图书内容进行检索,因此利用商品名“施图伦”在读秀中进行了检索,其中第1页检索结果即获得能影响权利要求1的新颖性的对比文件。读秀特点:原研药在专利或期刊中的公布信息不多,通过其化学名或者商品名在读秀中寻找线索。
综上所述,在检索过程中还应“因地制宜”,结合案情需要指定合适的检索策略;“取长补短”,采用词表全面的专业数据库结合覆盖面广的整合搜索平台;“查缺补漏”,根据收录范围的不同查找遗漏,避免漏检。
来源:专利检索咨询中心
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官方网站:>
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用户可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information 美国国家生物技术信息中心信息中心,隶属于NLM-美国国家医学图书馆)的主页使用GenBank。GenBank的宗旨是鼓励科研团体对DNA序列的获取,从而促进数据库中DNA序列的丰富和更新,所以NCBI对GenBank的数据使用与发送没有任何限制。用户可从GenBank主页上下载Banklt(NCBI提供的>
GenBank数据库结构
完整的GenBank数据库包括序列文件,索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等建立的,用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库,其数据格式为FastA。
GenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本单位是序列条目,包括核苷酸碱基排列顺序和注释两部分。目前,许多生物信息资源中心通过计算机网络提供该数据库文件。下面,我们介绍序列文件的结构。
GenBank序列文件由单个的序列条目组成。序列条目由字段组成,每个字段由关键字起始,后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段,以次关键字或特性表说明符开始。每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记。序列条目的格式非常重要,关键字从第一列开始,次关键字从第三列开始,特性表说明符从第五列开始。每个字段可以占一行,也可以占若干行。若一行中写不下时,继续行以空格开始。
序列条目的关键字包括LOCUS(代码),DEFINITION(说明),ACCESSION(编号),NID符(核酸标识),KEYWORDS(关键词),SOURCE(数据来源),REFERENCE(文献),FEATURES(特性表),BASECOUNT(碱基组成)及ORIGIN(碱基排列顺序)。先版的核酸序列数据库将引入新的关键词SV(序列版本号),用“编号版本号”表示,并取代关键词NID。
LOCUS(代码):是该序列条目的标记,或者说标识符,蕴涵这个序列的功能。例如,图41中所示的HUMCYCLOX表示人的环氧化酶。该字段还包括其它相关内容,如序列长度、类型、种属来源以及录入日期等。说明字段是有关这一序列的简单描述,如本例为人环氧化酶-2的mRNA全序列。
ACCESSION(编号):具有唯一性和永久性,如本例中代码M90100用来表示上述人环氧化酶-2的mRNA序列,在文献中引用这个序列时,应该以此编号为准。
KEYWORDS(关键词)字段:由该序列的提交者提供,包括该序列的基因产物以及其它相关信息,如本例中环氧化酶-2(-2),前列腺素合成酶(synthase)。
SOURCE(数据来源)字段:说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的,如本例中人脐带血(umbilicalvein)。次关键字ORGANISM(种属)指出该生物体的分类学地位,如本例人、真核生物等等(详见图41)。
REFERENCE(文献)字段:说明该序列中的相关文献,包括AUTHORS(作者),TITLE(题目)及JOURNAL(杂志名)等,以次关键词列出。该字段中还列出医学文献摘要数据库MEDLINE的代码。该代码实际上是个超文本链接,点击它可以直接调用上述文献摘要。一个序列可以有多篇文献,以不同序号表示,并给出该序列中的哪一部分与文献有关。
FEATURES(特性表):具有特定的格式,用来详细描述序列特性。特性表中带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库,如本例中的分类数据库(taxon9606),以及蛋白质序列数据库(PID:g181254)。序列中各部分的位置都在表中标明,5’非编码区(1-97),编码区(98-1912),3’非编码区(1913-3387),多聚腺苷酸重复区域(3367-3374),等等。翻译所得信号肽以及最终蛋白质产物也都有所说明。当然,这个例子只是特性表的部分注释信息,但已经足以说明其详细程度。
接下来是碱基含量字段,给出序列中的碱组成,如本例中1010个A,712个C,633个G,1032个T。ORIGIN行是序列的引导行,接下来便是碱基序列,以双斜杠行“//”结束。
·EMBL数据库结构
EMBL数据库的基本单位也是序列条目,包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。序列条目由字段组成,每个字段由标识字起始,后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段,以次标识字或特性表说明符开始,最后以双斜杠“//”作本序列条目结束标记。
条目的关键字包括ID(序列名称),DE(序列简单说明),AC(序列编号),SV(序列版本号),KW(与序列相关的关键词),OS(序列来源的物种名),OC(序列来源的物种学名和分类学位置),RN(相关文献编号或递交序列的注册信息),RA(相关文献作者或递交序列的作者),RT(相关文献题目),RL(相关文献杂志名或递交序列的作者单位),RX(相关文献Mediline引文代码),RC(相关文献注释),RP(相关文献其他注释),CC(关于序列的注释信息),DR(相关数据库交叉引用号),FH(序列特征表起始),FT(序列特征表子项),SQ(碱基种类统计数)。
其它常用核酸序列数据库
·dbEST
dbEST数据库专门收集EST数据,该数据库有自己的格式,包括识别符、代码、序列数据以及dbEST的注释摘要,也按DNA的种类分成了若干子数据库。1998年5月8日版的dbEST共包括16_106条EST。其中有1百万条人的EST,30万条小鼠和大鼠的EST。
·GSDB
GSDB是基因组序列数据库(GenomeSequenceDataBase),由美国新墨西哥州SantaFe的国家基因组资源中心创建。GSDB收集、管理并且发布完整的DNA序列及其相关信息,以满足基因组测序中心需要。该数据库采用服务器-客户机关系数据库模式,大规模测序机构可以通过计算机网络向服务器提交数据,并在发送之前对数据进行检查,以确保数据的质量。
GSDB数据库中条目的格式与GenBank中的基本一致,主要区别是GSDB数据库中增加了GSDBID识别符。
GSDB数据库可以通过万维网查询,也可以使用服务器-客户机关系数据库方式查询。无论用哪种方法,熟悉数据库结构化查询语言SQL,对更好地使用GSDB数据库会有所帮助。
·UniGene
人类基因组计划的首要任务是对人类基因组进行全序列测定,整个基因组估计有30亿个碱基对,其中大约3%可以编码蛋白质,其余部分的生物学功能还不清楚。转录图谱可以把基因组中能够编码蛋白质的部分集中起来,因此是一种重要的数据资源。
UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理,剔除冗余部分,将同一基因的序列,包括EST序列片段搜集到一起,以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外,也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因,而下一章将要介绍的HGI数据库只包括人的基因。该数据库的标题行(TITLE)给出基因的名称和简单说明,表达部位行(EXPRESS)指出该基因在什么组织中表达以及在基因图谱中的位置等。此外,列出该基因在核酸序列数据库GenBank或EMBL和蛋白质序列数据库SWISS-PROT中的编号的超文本链接。
UniGene中部分条目包括已知基因序列,而有些条目则仅有新测得的EST序列片段。这就意味着,这些EST序列所对应的基因尚未搞清,可以用来发现新基因。在描绘基因图谱及大规模基因表达分析等研究中,UniGene也可以帮助实验设计者选择试剂。
UniGene可以通过NCBI或SRS系统访问
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