如何看go数据库中查出来的pathway，是否与肿瘤相关

我对这个也不算非常了解，简单说下我的经验，仅供参考。

首先其实有很多pathway都与肿瘤相关，一般来说与肿瘤发生相关的pathway包括细胞信号转导（akt，notch，MAPK等）、细胞损伤修复（ATM，NHEJ等）、细胞周期调控（Cdk）、基因表达调控（如 p53）以及细胞迁移等，而且它们之间一般都有交叉。虽然大多数pathway都或多或少参与肿瘤发生，但是直接相关的一般是我提到的这些，主要作用于cancer的发生，成熟以及迁移。

其次，通过你这个图上列出来的这个肿瘤基因有可能参与的过程，我觉得有可能参与肿瘤发生的包括：regulation of cell morphogenesis（因为肿瘤细胞形成中细胞形态会发生变化）；regulation of gene expression（比如p53就会抑制与cancer发生相关基因的表达，但这个功能实在太宽泛了，可以说所有细胞活动都和基因表达相关，请问你这个基因是transcript factor吗？如果是的话这就很可能是它直接参与cancer development的原因）；positive regulation of peptidase activity （和前面那点一样，这种广谱性影响蛋白质变化的过程可以参与任何方面）；response to corticosteroid （有可能通过response to一些皮质类激素调节cell signal）；positive regulation of macromolecule biosynthetic process（调节大分子生物合成也可能影响蛋白质表达）；anatomical structure formation involved in morphogenesis （同在morphogenesis的解释）。

最后说明一点，仅仅通过这种方法其实并不会很大的缩小范围，但是如果结合你的目的蛋白的功能研究（如果之前有相关文献报道或者你已知目的蛋白具有酶活性）或定位分析，就可以大大缩小范围了。

希望能对你有所帮助，如果有进一步问题，我们可以继续讨论。

一个良好的开端就是分析感兴趣基因的突变和其它异常，ICGC数据门户提供了几条研究路线。输入一个基因名称，NCBI登录号，或者Ensembl基因ID，点击基因报告（Gene Report），就能在突变摘要（Mutation Summary）中找到已发现的突变和拷贝数变化，以及迄今为止，这些突变在肿瘤中出现的频率。COSMICsection就在体细胞突变列表下方，包括了点突变，少量缺失，以及插入突变等方面的数据。

另外一种方法就是在一种肿瘤中寻找所有受到影响的基因，在ICGC数据门户中，研究人员能通过点击数据搜索（Database Search）下的Genes，然后选择感兴趣的肿瘤类型，以及一些其它参数，比如分析的途径等，这样就能找到所有受到影响的基因。除此之外，TCGA数据门户中，还可以从Download Data menu上选择批量下载（Bulk Download），获取体细胞突变数据，以及其它类型数据，比如拷贝数，DNA甲基化，基因表达。

以上就是关于如何看go数据库中查出来的pathway，是否与肿瘤相关全部的内容，包括:如何看go数据库中查出来的pathway，是否与肿瘤相关、如何直接查找tcga数据中某一基因在某一肿瘤中的表达、等相关内容解答，如果想了解更多相关内容，可以关注我们，你们的支持是我们更新的动力！