小王依然从手动构建和导入的方式进行介绍。
一.手动构建
和上期一样,从File---Inport里导入结构,子目录为Structures\metals\pure-metals,在里面选择
,即可得到如下界面。
为了好看,我们采用球棍模式,即
比如我们想把中心的Fe替换成Co,那么选择中心原子,接着从中选择周期表,得到如下:
选择Co点击OK后,你会发现如下情况:
我们不是要替换中心的Fe原子吗,怎么所有原子都变成了Co。
划重点!!!
晶胞具有对称性
没辙了吗?并不是!接下来看小王秀一波 *** 作。
我们撤销刚才的 *** 作,恢复到初始的Fe晶胞。
然后在Build里选择Symmetry下的Make P1,此时就已经取消了对称性。
那么我们再继续前面替换原子的 *** 作,你会发现我们得到了1:1的FeCo原胞。
设置对称性可以通过Build---Symmetry---Find Symmetry里选择Find Symmetry后,选择Impose Symmetry完成。
晶胞的参数可以在Build下Crystals里的Rebuild Crystal中查看。
最为关键的是Lattice Parameters里的参数。Lengths是指周期性边框设置的长宽高。Angles是指边框的角度。
二.导入结构
显然,我们所需要的结构没有现成的,那怎么办呢?
别慌,小王推荐两个实用的网址如下:
CCDC:https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/?
Materials Project:https://materialsproject.org/
简单介绍一下,
CCDC,全称Cambridge Crystallographic Data Centre(剑桥晶体学数据中心),查询界面如下:
通常用Compound name、你能获取的CCDC号和有期刊报道过的DOI搜索。
优点是数据库很全,而缺点小王认为是不知道CCDC号或者期刊DOI号,搜寻起来比较浪费时间。
下一个就是Materials Project,一般是从所注册邮箱中接收链接打开进入,这也是它的缺点之一。
众晶体数据库, 位于英剑桥剑桥晶体数据库CCDC管理数据库CSD极著盛名主要存储些含C-H 键晶体结构数据, 处理原总数500内, 含C-H 键机物晶体数据库则著名机晶体结构数据库ICSD 蛋白质数据库PDB外专门收藏金属矿物粉末衍射表面结构等等数据库针同物质由于专业限制我辈能与交臂
感觉这样的提问没有什么意义
建议看看书,查查资料
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