蛋白质组学实验设计、质控与分析

(1) 常用流程

(2) 样品

(3) iTRAQ/TMT项目设计

体外等重同位素标记定量技术，可同时比较多个样本之间的蛋白表达量差异（通常10个样本以下）。

基本原则 ：

(4) Labelfree项目设计

Labelfree是通过比较肽段母离子质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的表达量差异。该技术无需昂贵的同位素标记做内标。

基本原则 ：

（5）DIA项目设计

DIA是数据非依赖性采集定量技术，它将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口，高速循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂及检测，从而无遗漏、无差异地获取样本中所有离子的全部碎片信息。DIA无需指定目标肽段，扫描点数均匀，利用谱图库即可实现定性确证和定量离子筛选，并可实现数据回溯。

基本原则 ：

（6）各定量技术比较

从数据采集模式来说，iTRAQ/TMT和Labelfree都是传统的DDA扫描，即在每个扫描周期内，只采集丰度最高的10-20个母离子信号的子离子碎片，其他信号的子离子信息丢失，因此覆盖率低、随机性高、重复性相对低；DIA扫描则在每个扫描周期内，将质量区间设置为多个区段window，每次采集window内所有母离子信息及其碎片（扫描速度足够快），因此具有高覆盖度、高重复性的特点。

（7）搜库软件

（1）色谱质控

进行蛋白质组学的研究，可从以下角度来分析：

（2）功能层面