图中为示例HiSeq数据调用VQSR生成的高斯混合模型报告，显示了mapping quality rank sum test versus Haplotype score 的信息。
左上方的图显示了与数据相符的概率密度函数，绿色区域表示高质量的变异位点的分布，而红色区域表示低质量变异位点snp的分布；一般情况下，位于红色区域的snp将被过滤。简而言之，就是2个色块区分越明显越好。
在右上角的图中，snp分别被涂成黑色和红色，以显示应用VQSR程序保留和过滤了哪些snp。红色snp不满足给定的 truth sensitivity threshold，因此被过滤出调用集。
左下角的图中，SNPs颜色是绿色、灰色和紫色，以显示用于训练模型SNP的分布情况。绿色的snp是通过VariantRecalibrator 过滤的，而紫色的snp是离高斯函数最远的、被认为是低质量的SNP。
右下角的图根据每个SNP的known/novel状态为其着色，蓝色为已知SNP，红色为novel SNP。该图是看训练模型能否较好区分known snp(大部分为真)和novel snp(大部分为假)。
Can I use the variant quality score recalibrator with my small sequencing experiment?
This tool is expecting thousands of variant sites in order to achieve decent modeling with the Gaussian mixture model. Whole exome call sets work well, but anything smaller than that scale might run into difficulties.
One piece of advice is to turn down the number of Gaussians used during training. This can be accomplished by adding --maxGaussians 4 to your command line.
maxGaussians is the maximum number of different "clusters" (=Gaussians) of variants the program is "allowed" to try to identify. Lowering this number forces the program to group variants into a smaller number of clusters, which means there will be more variants in each cluster -- hopefully enough to satisfy the statistical requirements. Of course, this decreases the level of discrimination that you can achieve between variant profiles/error modes. It's all about trade-offsand unfortunately if you don't have a lot of variants you can't afford to be very demanding in terms of resolution.
该工具适用于样本较多的情况，当样本较少时，构建高斯混合模型可能会不准确或者报错。出现这种情况时要么调低分簇的数量，即加上参数 --maxGaussians 4 ，分成4个簇；要么试着用硬过率。
maxGaussians 的目的是在高斯模糊中为变异位点分簇时，设置需要分成簇的数量，样本多时可以设置为8个簇；簇少时每个簇内的位点变多，就不太容易区分真假位点。
构建的高斯模型可以为每个变异位点计算重新校准的变异为真的质量分数集合，允许将该数据集划分为多个quality tranches。tranches 的主要目的是在数据中建立阈值，该阈值对应于真实变异位点集合的灵敏度级别。如果高斯混合模型能够生成一个很好的质量分数集合，就能很容易区分出真实的变异。
第一个tranche (90) 虽然novel Ti/Tv 值最高，但是真实敏感度最低。随后的每一部分逐渐增加tranche 值，以逐渐引入更多的true positive calls(变异位点)，但是引入更多的变异位点的同时也会增加假阳性位点。Downstream applications can select in a principled way more specific or more sensitive call sets or incorporate directly the recalibrated quality scores to avoid entirely the need to analyze only a fixed subset of calls but rather weight individual variant calls by their probability of being real.下面是 VariantRecalibrator 设置tranches 值的示例：
x轴是检测到的variants 的数量，y轴显示了两个质量指标——Ti/Tv 值和the overall truth sensitivity。
tranches plot 不适用于indels，并且当在INDEL模式下运行时不会生成。
Atlas 副本地图 1.8.5[1.12]地址:http://wowui.duowan.com/html/16/347.html
插件版本：for 中文魔兽 未知 版
插件大小：3.34m
插件语言：简体中文
插件类别：地图 ->地图强化 / 网友上传
下载次数：8211
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更新时间：2007-01-04
Atlas 是一款《魔兽世界》用户界面插件，可使玩家在游戏内浏览一些额外的地图。输入“/atlas”或者单击小地图旁边的图标以打开 Atlas 窗口。通过选项面板，玩家可以关闭小地图旁边的图标，开关自动选择地图功能，开关替换世界地图功能，开关右键打开世界地图功能，改变小地图图标的位置，或者设定 Atlas 窗口的透明度。如果自动选择副本地图功能开启，如果你在副本内打开 Atlas，其会自动为你选择地图。如果右键打开地图功能开启，你可以在 Atlas 面板上点击右键打开世界地图。只需简单的点击和拖动就可以移动 Atlas 窗口。利用右上角的锁图标可以锁定 Atlas 窗口的位置。Atlas 提供了所有游戏中副本的地图。 如何安装将此压缩包解压缩到《魔兽世界》安装目录。如 C:\Program Files\World of Warcraft\Interface\AddOns\ 高清版本压缩包只是地图，不包含插件本身 v1.8.2 - 新地图：地狱火堡垒:热血熔炉 (Patrick M.) - 新地图：地狱火堡垒:碎裂大厅 (Patrick M.) - 更新简体中文(zhCN)本地化文件和自述文件 (DiabloHu) - 更新繁体中文(zhTW)本地化文件 (arith) - 更新韩文(koKR)本地化文件 (k2hyun) - 改进替换世界地图功能 (Daphne P.) - 希望修正了一个世界地图缩放错误 - 在祖尔格拉布、熔火之心、黑翼之巢、安其拉废墟、安其拉神殿和纳克萨玛斯地图中加入伤害类型 (Pauper) - 加入德鲁伊专署飞行路线 v1.8.1 - 更新 TOC 到11200以适应1.12版本的更新 - 修正1.12版本下的一个世界地图错误 - 修正法文本地化文件错误 (KKram) v1.8 - 新类别：户外团队作战 - 新地图: 艾索雷葛斯、梦魇巨龙、卡扎克 - 在通灵学院地图中加入死亡骑士达克雷尔 (Aludian) - 在厄运之槌(西区)地图中加入赫尔努拉斯 (Aludian) - 在黑翼之巢地图中加入大元素师克里希克 (Hegarol) - 修正黑石深渊地图中洛考尔的位置 (Medion) - 由于翻译问题，“n/a”均变为“---” - 修正黑石深渊地图的文字位置以便所有内容均得以显示 v1.7.2 v1.7.1 - 修正在非英语客户端中的一处小儿科错误 v1.7 - 新地图：纳克萨玛斯 (eDark, Cryect) - 更新许多地图的品质 (Niflheim) - 加入加泰罗尼亚语本地化文件，使用方法见上 (Lehn) - 加入荷兰语本地化文件，使用方法见上 (JungZandvliet) - 更新德文(deDE)本地化文件 (Nihlo, anon) - 更新繁体中文(zhCN)本地化文件 (arith) - 更新韩文(koKR)本地化文件 (Next96) - 将 Atlas_GetFixedZoneText 信息本地化 (DocVanGogh) - 新的设置：显示简称 - 更改 Atlas 载入方式 (Grayhoof) - 更改 Atlas 设置保存方式 (Grayhoof) - ESC 键又可以关闭 Atlas 窗口了 - TitanAtlas、MapAtlas 和 AtlasLoot 将会在不久(重新)出现 - (英文)修正 Battleguard Sartura 名字的拼写问题 (Iskim, Michael R.) v1.6.2 - 更新 TOC 到11000以适应1.10版本的更新 - 因为时间原因，移除对 Titan Panel 支持 (TitanAtlas) - 希望解决了烦人的载入错误 - 更新简体中文(zhCN)本地化文件 (DiabloHu) - 更新繁体中文(zhCN)本地化文件 (warrenchen, arith) - 更新法文(frFR)本地化文件 (Pherus) - 更新德文(deDE)本地化文件 (Nihlo) - 修正奥特兰克山谷地图中的一些 NPC 名称颜色 (RommelESP) - 修正奥特兰克山谷地图中“空军指挥官穆维里克”的位置 (RommelESP) - 自动选择副本地图功能先应该可以正确作用于安其拉 (Gnor) - 更新人数上限数字以反映1.10版本的更新 (Faithbleed) - 添加航线: 铁炉堡 - 圣光之愿礼拜堂 - 添加航线: 石爪峰 - 阿斯特兰纳 - 添加航线: 塔伦迪斯营地 - 永望镇 - 添加航线: 塞拉莫岛 - 塔伦迪斯营地 - 添加航线: 瑟伯切尔 - 塔伦米尔 - (英文)修正安其拉废墟地图中 Captain Dreenn 的拼写问题 (Manias, baloor) - (英文)修正 Drenn、Qeez、Xurrem 和 Tuubid 的名字 (anon) - (英文)更正 Stormspike 为 Stormpike (Dazzle) - (法文)修正 Kraal de Tranchebauge 的文字 (Sparrows) v1.6.1 - 修正黑翼之巢地图的一个错误 (placebo) - 修正安其拉神殿地图中的一处拼写错误 (Foogray) - 修正安其拉神殿地图中一些位置错误 (anon, Manias) - 修正安其拉废墟地图中的少数位置 (anon, Pater) - 在安其拉废墟地图中添加一部分怪物资料 (anon, Jan S.) - 在奥特兰克山谷地图中加入资料 (RommelESP) - 在飞行路径地图中添加一条摩根的岗哨至暴风城的航线 (Harm H.) - 标记祖尔格拉布地图中的加兹兰卡为“可跳过” (placebo) - 将 Atlas_MapTypes 函数移至本地化文件 (Pherus) - 更改“飞行点地图”为“飞行路径地图” - 更新法文(frFR)本地化文件 (Pherus) v1.6 - 小幅扩大 Atlas 窗口大小 - 添加地图分类系统 - 添加重置按钮以便重置窗口位置 - 新地图：奥特兰克山谷 (北) (Niflheim) - 新地图：奥特兰克山谷 (南) (Niflheim) - 新地图：联盟飞行路径图 (东) - 新地图：联盟飞行路径图 (西) - 新地图：部落飞行路径图 (东) - 新地图：部落飞行路径图 (西) - 在安其拉废墟中加入资料 (Jan S., Pater, Zanchez) - 修正安其拉废墟地图方向 (感谢所有人) - 将祖尔格拉布地图中的某些首领标记为可跳过 (Aludian) - 在祖尔法拉克地图中加入灰尘怨灵(稀有) (KarWing) - 移除黑翼之巢地图中一个不存在的通道 (Ferahgus) - 更新法文(frFR)本地化文件 (Pherus) - 更新德文(deDE)本地化文件 (GermanWraith) - 更新简体中文(zhCN)本地化文件 (DiabloHu, Slaytanic) - 更改 Atlas 初始化方式 (Shamino) - 为 Atlas.lua 添加完全注释 (以后还会有更多内容) - 自动选择副本地图、替换世界地图功能现在仅作用于副本内 - 为 TitanAtlas 菜单添加右键设置功能
Atlas Quest 3.17.49修改版(增加了黑上下跟厄运任务)
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插件版本：for 中文魔兽 未知 版
插件大小：186.44 KB
插件语言：简体中文
插件类别：任务 ->追踪和查询 / 网友上传
更新时间：2007-02-12
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