1. blast2 (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&BLAST_SPEC=blast2seq)分析了你的序列,完全匹配的序列比例比较低。完全匹配区对应第一条序列425到865碱基。你在做PCR时使用了高保真酶吗?如果没有这个结果比较合理。
2.提取完全匹配序列 截断序列(425-865),重复blast2分析。这一步,序列应该是100%匹配。如果不是,序列起始或终止位点有问题。检查后,在结果页面 下载blast2的xml文件拷贝序列。
3. 用这条序列做blast。下面是物种报告。可以肯定的是你的细菌来自Firmicutes门。其他的就不能肯定了,应为所有的匹配序列都是100%匹配你的最佳测序区段。个人感觉你的测序结果还有很大的提升空间,应该在实验上在下下功夫。
Taxonomy Report
Bacteria ............................ 100 hits4 orgs [rootcellular organisms]
. Firmicutes ........................15 hits3 orgs
. . Lactobacillus ................... 3 hits2 orgs [BacilliLactobacillalesLactobacillaceae]
. . . Lactobacillus murinus ......... 1 hits1 orgs
. . . Lactobacillus animalis ........ 2 hits1 orgs
. . uncultured Firmicutes bacterium .12 hits1 orgs [environmental samples]
. uncultured bacterium ..............85 hits1 orgs [environmental samples]
下面是瞎猜的: 你的细菌有90%的可能性是革兰氏阳性菌,而且是低GC含量,有可能是一种工业用菌,例如酿酒。^_^
给你写了一个小方法,应该满足你的要求了://url是你要读取的文件的路径,wanted是所要求的包含的字符串如这里是“COMMON.9006 - 000332”。
public static void readWantedText(String url, String wanted) {
try {
FileReader fr = new FileReader(url)
BufferedReader br = new BufferedReader(fr)
String temp = ""// 用于临时保存每次读取的内容
while (temp != null) {
temp = br.readLine()
if (temp != null &&temp.contains(wanted)) {
System.out.println(temp)
}
}
} catch (FileNotFoundException e) {
// TODO Auto-generated catch block
e.printStackTrace()
} catch (IOException e) {
// TODO Auto-generated catch block
e.printStackTrace()
}
}
用的话直接调用这个方法就可以了:例如
readWantedText("D:\\test.txt", "COMMON.9006 - 000332")
//注意java路径需要在每条\前面在加条\表示转义。
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