关系图数据格式是.csv的文件格式,可以将.xls文件直接另存为.csv。
另如果创建网络图,直接导入边表信息就可以,节点可以通过gephi自动创建。
gephi 0.8.2是款简单实用的网络分析软件;用户可以通过这款软件,轻松的进行网络社交图的分析、绘制,并且拥有的功能等也是相当的实用,包括了社交网络分析、探索性数据分析、生物网络分析等。
软件还可以兼容主流的 *** 作系统,使您这进行使用的时候更加的拥有选择性,而且软件已将被应用于生物医学、互联网、交通网络分析等领域;Gephi网络分析工具的用户界面也是非常的友好, *** 作简单。
软件功能:
1、Gephi 是一款网络分析领域的数据可视化处理软件,其目标是成为 “数据可视化领域的Photoshop”。
2、Gephi是一款开源的交互式的复杂网络分析平台。
3、它支持Windows, Mac OS X以及Linux等环境。
4、Gephi被用于互联网,生物医学,交通网络分析等各个领域。
5、Gephi 是一款开源免费跨平台基于JVM的复杂网络分析软件, 其主要用于各种网络和复杂系统,动态和分层图的交互可视化与探测开源工具。
回到概览界面,点击上方 “窗口”,依次打开“预览”和“预览设置”,成功显示。一开始显示的图片和概览不一样,调整一些属性就差不多了,比如颜色选择“原始的”。记得在数据资料里设置节点/边的label,否则无法显示标签
Gephi教程———数据输入
在上一篇文章中,我们主要介绍了Gephi整个界面的布局以及Gephi中对于图形的一些基本 *** 作和基本设置。在接下来的内容中,我们将重点如何利用数据在Gephi中生成可视化图。
1 Gephi中的图形存储
在这一小节,我们来关注Gephi对于图形数据的存储问题。首先,为了便于展示,先给出一个基本的图形:
如上所示,我们给出了三个点的表示,这是一个简单的有向图。
1.1 图形输出的基本格式
当我们选择将图形输出,保存到文件的时候,文件的类型可以有很多的选择,首先,最基本的是输出成.gephi类型的文件。这是gephi独有的文件类型。但是为了在其他的软件中查看,gephi也可以选择输出成其他类型的文件。具体如下:
可以看出,Gephi可以输出成PDF,图片,CSV等形式。这里需要注意的是,.gephi类型的文件不是通过明文存储的,也就是无法通过.gephi作为存储的格式,但是Gephi给出了.gexf作为明文存储格式。为了更好理解这种专属的存储格式,我们下面给出关于上面图形的gexf文件描述:
这里我选择使用的是记事本打开,这里可以看到,之间保存所以的节点信息之间保存的是关于一个节点的描述,这些描述包括节点的大小,位置,颜色等等。之间保存的所有的边的信息,中保存的边的id,头尾节点等信息。如果各位读者之前对于HTML有一些了解的话,想必对于这个部分的理解并不困难。
最后,我们在来回顾一下,在数据资料界面的数据描述:
可以看到,数据资料界面没有将一个图形文件中的所有数据展示,在节点展示中,只展示了ID,Label,Interval三个选项,在边的展示中,只展示了头尾节点,类型,边的ID,Label,Interval,Weight等选项
相比于UCINET的导入数据格式,Gephi要求的原始数据更加灵活,主要分为三种:
例如以博士就业的“来源-目标”为例:(当然优势根据需要还可以加入权重weight)
将原始的列表数据转化为共现矩阵,进而导入到Gephi(亦或是UCINET、Pajek)是最为常见的数据转化方法。但是通常情况下,无论是用BibExcel还是用BICOMB2,步骤都比较繁琐。相关参考资料如下,以供参考:
在这里笔者安利一个神仙公众号,“学术点滴”。UP主做了一个CO_OC1.7软件,能够瞬间做共现及相异矩阵,同时将bibexcel、ucinet、pajek、vosviewer、gCLUTO(双聚类)、内容挖掘系统(ROSTCM6)作为插件集合于CO_OC1.7软件中,方便一体化分析及比较分析,节省时间。亲测有效,文章链接如下:
网上关于作图的教程较为详细,多结合案例讲解,容易上手。参考如下:
(1)统计功能:Gephi<UCINET
(2)作图渲染:Gephi>UCINET
但是这不是说明Gephi的作图效果一定就比UCINET好,一切都是“以图能最直观的表达观点”为直接目标。所以需要对这两种作图软件尽量上手,拿两者做的图相互比较,选择最能代表研究观点的图。如同研究一样,一切都是以表达观点为立意点,切不可成了炫技的秀方法文章。
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