'怎样把下载的文件变成PDB,GTX格式'

PDB转TXT的工高盯枣具戚拆

http://www.mypocket.com.cn/Palm/LookPDBV104.zip

PDB格式的文件是palm上的ebook文件，在ppc上支持不太好，必须则稿要转换为txt才能在ppc上阅读，以前这一直是个大问题。现在Tompda上的高人开发出的dd，终于可以把pdb文件转化为txt文件了。由于pdb制作工具的不同，导致pdb格式文件的复杂性，必须要使用以下三种工具之一才能很好的解码。

首先是标准palm

PDB格式文件，用这个工具转换。

在VMD中 *** 作

1. 用vmd生成一个双层膜系统。

2. 载入蛋白质pdb文件。

3. 调整好pdb和膜（不要移闭则动膜）的相对位置。

4. 保存调整后的pdb和膜的坐标（如果用charmm-gui可以不保存脂质膜的坐标，如果想最后合并该膜和蛋白质都需要保存，合并为一个整体的教程地址详看http://weibingsheng.cn/blog/index.php/home/index/read.html?id=161）。

5. 重复步骤3和4插入多个pdb到脂质双层中并保存对应的pdb坐标。

6. 生成PSF文件。将调整好位置的pdb文件用vmd里面的psf插件进行处理，对仿友每个调整后的pdb都进行一次psf处理，会分别生成一个psf格式的pdb文件，这个文件是charmm支持的，也是下一步合并需要的。

7. 合并多个pdb文件。用vmd里面的合并插件分别将上面调整好位置的psf格式的pdb合并，合并两个pdb需要4个文件（比如1_autopsf.pdb 、1_autopsf.psf、 2_autopsf.pdb、 2_autopsf.psf），每次合成会按自己设置的输出名字生成两个文件（比如12.pdb和12.psf），然后再将12.pdb进行psf处理（不处理直接合成的话只能一次），所以每次合成后重新生成一次psf就没有问题了。

8. 将最后合并的pdb文件再生成一次psf就可以到charmm-gui进行参数设置了。（如果是组合了该膜和蛋白质的就要自己设置mdp和生产top文件备态槐，需要下载对应的itp文件和设置mdp参数，此步我跳过，我直接用charmm-gui更容易成功，选择了最简单命令最小的方法进行）

PDB文件物理结构如下图所示：

PDB文件的逻辑结构如下图所示：

PDB文件的结构是由下面几个部分组成的：

数据库头部（Database Header）

记录入口列表（List of Record Entries）

应用信息块（AppInfo Block）（可选）

排序信息块（SortInfo Block）（可选）

数据库记录信息（Sequence of raw record data）

其中在数据库头部结构中，确定了应用信息块（AppInfo Block）销返顷和排序信息块（SortInfo Block）的位置信息。记录入口列表中确定了所有记亏陆录的位置相关的信息。

其中数据库头部的长度是固定的。世族应用信息块和排序信息块可有可无，而且尺寸也不确定，在很多结构简单的PDB文件中，没有该部分信息，本文中将不再详细阐述。记录入口列表的长度也随着纪录数量的变化发生变化。

---