ubuntu找不到bam文件

1.检查文件是否存在于您所指定悉耐的文件夹中。

2.检查文件名是否正确，文件大小是否正确。

3.检查文件是否可读。

4.检查文件是否被删除或者被移动到其他位置。

5.检查权限是否正确，确保您有权限访问文件。

6.尝试使用命令行搜索文件，例如“find”命令。

7.检查文件后缀是否正确，BAM文件的后缀为“.bam”。

8.查看文件是否已经损坏。

9.检查文件是否被某个程序或者进程灶陆帆隐雹锁定。

10.尝试重新安装BAM文件相关的应用程序。

前言

我们比对完fastq文件后，我们可以拿到bam文件，但是bam文件非常的大，处理起来很不方便。如果我们只是想知道这些read都比对到了基因组的什么区域，以及基因组上每个区域有多少read存在，此时用wig/bw/bdg则会更加方便。

如果没有这些工具，其实对我们的bam文件，用samtools软件也可以很容易得到基因组区域的覆盖度和测序深度，比如：

这其实就是wig文件的雏形，但是wig文件会更复杂一点！

它不需要第一列了，因为全部是重复字段，只需要在每个染色体的第一行定义好染色体即可。下面我们来说明这些不同的格式是怎么记录测序深度的。

wig文件全称叫Wiggle Track Format，用来绘制基因组上的图形轨迹的文件格式。wig格式是较老的格式，用来显示密集且连续的数据，比如GC含量，概率分数，转录组数据等。

wig数据有两种类型:

variableStep：基因组window大小不定

fixedStep：基山哪乎因组window大小相同

声明行：

单词variableStep开头

染色体

window大小（span）：基因组上window大小，默认为1

数据行：两列，分别包含染色体和测序深度值。

举例说明：

1.2 fixedStep格式wig

声明行：

单词fixedStep开头

染色体

起始坐标

步长（step）：相邻window起点之间的距离

window大小（span）：基因组上window大小，默认为1

数据行：一列，包含测序深度值。

举例说明：

上述介绍了wig数据部分，其实wig还有一部分是设置展示图形的参数，这里不做过多解释。

UCSC提供了一个wig文件： http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/examples/wiggleExample.txt

bigwig格式文件就没什么好讲的了，它就是wig格式文件的二进制压缩版本，这样更加节省空间。

我们只需要用UCSC提供的工具把自己的wig文件转换一下即可。

wigToBigWig： http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/wigToBigWig

BedGraph格式文件，它是BED文件的扩展，是4列的BED格式（正常BED文件只有3列或者6列），但是需要添加UCSC的Genome Browser工具里面显示的属性，但是一般就定义有限的几个属性缓陆即可。

3.1 属性设置

和bed文件基本一致，只是多了：

最后第1行的设置信息

第4列的测序深逗悉度信息

4.1 bam文件转化为bigwig

将bam文件转为bw文件，有很多工具可以实现这个目标，但是我们这里只记录deeptools：

4.2 wig/bw/bedgraph相互转换工具

bedGraphToBigWig ：Convert a bedGraph file to bigWig format. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bedGraphToBigWig

bigWigToBedGraph ：Convert from bigWig to bedGraph format. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigToBedGraph

bigWigToWig ：Convert bigWig to wig. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigToWig

bigWigSummary ：Extract summary information from a bigWig file. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigSummary

bigWigAverageOverBed ：Compute average score of big wig over each bed, which may have introns. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigAverageOverBed

bigWigInfo ：Print out information about bigWig file. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigInfo

分两步进行：将bigwig文件转为bdg文件，再将bdg文件转为bed文件

之前写过几篇：

目前，官网更新到了2.8.x版本乎键

先将bam文件进行sort

然后只要它的1号染色体

最后构建索引

将bam放入IGV中，一开始是没有问题的

但当放大想查看具体的比对结果时，出现了：

这其实就是索引文件的问题，怎么办？不要惊慌，其实也不需要去服务器重新做一遍索引、再导出，我们 直接利用IGV自带的igvtools工具就好了 ，先能完成任务即可

在 Tools =》 Run igvtools ，岁源巧 然后选择 Index ，并且指定好文件的位置

然后运行即可：

之后裂凳利用它构建的index，bam文件就能顺利加载进来啦

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