SPM静息态脑功能数据处理求教

您好，Part1 数据的预处理

1、格式转换 2、去除前 n 个时间点的数据散兄念 3、时间层校正（Slice Timing） 4、头动校正（Realign） 5、空间标准化（Normalize） 6、平滑（Smooth） 7、去线性漂移（Detrend） 8、 滤波（Filer）

一、DICOM 格尘脊式——NIFTI 格式。若数据遗失 NIFTI 格式则不用转，直接在工作目录下建 立一个子文件夹“FunImg” ，将数据拷入其中即可 二、一般去 10（8——20 之间即可） ，由于机器刚启动等原因前面一些数据不稳定 三、Slice Timing 的设置：以总层数 25 层为例 SPM 中：Slice order：<—x：1:2:25；2:2:24 Reference Slice 参考层一般取中间层，即第 25 层。因为扫描顺序为： 1,3,5,7,9….,n,2,4,6,8,…n-1 DPARSF 中：1,3,5,7,9….,n,2,4,6,8,…n-1 四、 头动校正后会在工作目录下生成 Realign Parameter 文件夹， 其中有 spm….ps 这个文件， 用专业版的 Aoboe Reader 打开可查看每个被试头动情况。 或在 Excludesubjects.txt 文件 下可查看头动数据（卡不同值时被排除被试情况） 。对于患有疾病的患者：一般卡 3mm 和 3degre；而对正常人一般卡 1.5mm 和 1.5degere 或取 2. 五、 空间标准化即把被试的原始空间往标准空间上估冲困计， 以克服不同被试的脑结构之间的差 异问题。把结构像分割得到的信息来做功能像的空间标准化，有两种方式： a、 使用 EPI 模板进行空间标准化 SPM 中：原始图像 Source Image：mean_***.img 头动校正后生成的文件，为某被试 各个时间点的平均像；Image to write ：r*.img 所有头动校正后生成的文件；模板图 像 Template Image： EPI.nii ； Bounding box： -126 -72； 90 108 ； -90 90 Voxel sizes： 3 3 3。 . DPARSF 中类似可设 b、 使用一致分割的 T1 像进行空间标准化 分三部分： 1、 配准 coregister 将结构像与功能像匹配，即把被试的结构像变换到功能像空间 （被试的平均功能像） 2、 分割 转换后的结构像用一致的分割法则分割为灰质、白质、脑脊液。这样就 能把功能像弄到标准空间去。此过程中得到一个由功能像去往标准空间的转换 矩阵。转换矩阵会写入*_seg_sn.mat 文件中。 3、 标准化 把转换矩阵写到功能像上去。这样就可以知道怎么从被试的原始空间。

mat数据格式是matlab的数据歼亮存储的标准格式。

你可以调用matlab的子程序库，用c或fortan调用mat格式的数据。

我给你几个函数名

matopen

打开mat文件

matclose

关闭mat文件

magetfp

取得mat文件的c语言句柄

matGetArray

取得一个数组

具体内容看联机文档

MATLAB是解释型语言，就是说MATLAB命令行中敲入的命令在当前MATLAB进程

中被解释运行。但是，每次执行一个任务时敲入长长的命令序列是很烦人的。有拍改衡两种方法可以使MATLAB的力量得到扩展——脚本和函数。这两种方法都用像emacs一样的文本编辑器中编写袭做的m文件（因为扩展名是.m所以这样命名，m文件还称点m文件）。m文件的好处在于它可以保存命令，还可以轻易地修改命令而无需重新敲入整个命令行。

MEX文件是一种“可在matlab环境中调用的C（或fortran）语言衍生程序”。选自《精通Matlab6.5版》，第22章

“应用程序接口API”page531。

也就是说，MEX文件的源码文件是由C或Fortran语言编写的，后经matlab编译器处理而生成的二进制文件；它可以被matlab解释器自动装载并执行的动态链接程序，这种文件在windows下是ddl文件。

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