如何打开SAM文件

工具/材料：记事本、SAM文件。

1、首先在电脑主界面上，选中“SAM文件兄神”图标。

2、再者在电脑主界面上，右键选择“打开”选项。

3、接着在“打开方式”界面上，选中“记事本”程序。

4、然后在模尘“打开方式”界面上，点击“确定”打开SAM文件。

5、最后在“记事羡码亏本”主界面上，成功显示SAM文件内容。

SAM 是用来存储核苷酸 序列比对信息 的文件格式。SAM Tools 工具包提供各种工具 处理SAM文件 。包括 功能 ：sorting, merging, indexing and generating alignments。安装教程见 https://www.jianshu.com/p/53de170927a7

安团穗装过程中有许多 依赖的库 需要安装的，可能每个人缺的库都不尽相同，不懂的就百度一下吧：

装好之后有如下这么多命令，下面我们只介绍samtools：

是view的一个应用-b指定输出文件为bam, -S 指定输入文件为sam

随机取出bam文件的某一部分出来， 必须要有index文件 ，否则会报错： [bam_index_load] fail to load BAM index. [main_samview] random alignment retrieval only works for indexed BAM files.

关于view更详细的参数说明 ：

-h是将bam文件中的 header也加入到sam文件 中。 比如htseq-count老版本只接受sam文件

注意

指查看染色体一上的第33667个碱基。

只能对 bam文件 进行sort, 不能对sam文件。

假如in1.bam, in2.bam, in3.bam是某个某样本的塌腊卜三个重复，我们可以将他们合并为一个bam文件。

如果想对 部分合并 ，如至合并一号染色的上的bam文件合并，chr1必须为序列的名字，一号染色体序列的局颤名字为Chr1，那么就应为 -R Chr1

注意 ：要合并的bam文件，必须有对应的index文件。

命令：

结果如下：

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