915GLM-V 详细参数
型 号 915GLM-V
适 用 类 型 台式机
主 板 架 构 ATX
CPU插槽类型 LGA 775
支持CPU类型 支持Prescott,Celeron D,Pentium4系列处理器
前端总线频率 支持裤缺800MHz,533MHz前端总线
HyperTransport总线技术 不支持HyperTransport总胡让辩线技滑穗术
北桥芯片 Intel 915GL
南桥芯片 Intel ICH6
内存描述 双通道 2 DDR DIMM,支持DDR400,DDR333
TASSEL是最早出现的用于动植物关联分析的软件,还可以对进化模式以及连锁不平衡进行评估,功能非常强大,要说缺点,可能就是真的有点慢。
表型数据处理在下面这篇帖子中有介绍,这里使用BLUE值进行关联分析。
3.2 GWAS:最佳线性无偏估计量——BLUE值计算(多年单点有重复) - (jianshu.com)
8.GWAS:亲缘关系——TASSEL&GCTA - (jianshu.com)
关联分析所用到的vcf文件是在上一步亲缘关系中,进行排序后的文件
将群体结构分析中生成的.Q文件,增加一列对应的sample名,一行亚群名。
5. GWAS:群体结构——Admixture - (jianshu.com)
亲缘关系得到的kinship文件进行整理,第一行为sample数,第一列为sample名,中间手塌逗为矩阵,下图以GCTA结果为例。
8. GWAS:亲缘关系——TASSEL&GCTA - (jianshu.com)
-fork1 vcf文件 Troot.vcf
-fork2 表型数据文件 trait.txt
-fork3 群体结构Q文件 Q.txt
混合线性模型中要加入系谱矩阵,即亲缘关系K矩阵。
结果文件:
主要关注第六列p值,衫手以及第七列marker_Rsq即R2贡献率。
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