1、安装epel-release,执行命令
注意:centos6.4安装完epel-release后,需把/etc/yum.repos.d/epel.repo文件中的所有#baseurl改成baseurl、所有mirrorlist改成#mirrorlist,否则yum不能正常使用。
2、搜索下R-core,执洞蚂孝行
结果如下:
3、安装R语言,执行
经过漫长的等物租待后,如果出现Complete!,表示纳稿安装成功,此时在Terminal中敲大写R,回车,出现了熟悉的界面:
好了,可以快乐的玩耍了!
Seurat需要很多新的依赖包,否则会安装失败。服务器为CentOS版本。
目罩袜前报错的,未完成安装的依赖包有:httr,leiden,plotly,reticulate,SeuratObject.
目前已更新的依赖包包括:
openssl:sudo yum install openssl openssl-devel。更新后可以完成安装httr包。
gcc+版本(本步骤目的为安装RcppTOML):
首先安装:sudo yum install centos-release-scl scl-utils-build -y
之后运行:sudo yum list all --enablerepo='centos-sclo-rh' | grep "devtoolset-",查看可芹派用的版本。查看到最新版本为9
之后运行:sudo yum install devtoolset-9-toolchain -y,完成安装
启动:sudo scl enable devtoolset-9 bash(永久启动:echo "source /opt/rh/devtoolset-8/enable"物首激 >>/etc/profile,但是没有权限)
这样之后,在启动了devtoolset9的情况下,RcppTOML终于装上了!
geos(for rgeos)安装:sudo yum install geos geos-devel
这些都搞完后,最后成功安装了Seurat。
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