第一步:查看R包默认的安装位置
接下来打开Rstudio软件,在console中输入:
.libPaths() #比如 D:/Program Files/R/R-4.1.1/library
第二步:新建 .Rprofile文件
file.edit("~/.Rprofile") #注意始终用 半角字符 输入;Rprofile前有个点.号 #这个文件默认存放在 C:/Users/你的Windows用户名/Documents
第三步:编辑 .Rprofile文件(更改R包安装位置)
然后在Rstudio窗口自动新生成的 .Rprofile文件中输入:
.libPaths(c("新路径", "旧路径")) # 注意要用 c()进行定义 #比如自定义"新路径"为 "D:/RuserPackages","旧路径"为默认安装位置D:/Program Files/R/R-4.1.1/library #新路径用来安装用户新下载的R包,旧路径用于保存R软件自带的R包 即 .libPaths(c("D:/RuserPackages", "D:/Program Files/R/R-4.1.1/library"))
第四步:关键,建立相应RuserPackages文件夹
要在新路径的位置 → 新建相应名称的文件夹!否则新路径无效。
即,在电脑D盘新建 名为 RuserPackages 的文件夹!
第五步:重启Rstudio,生效
重启Rstudio后,试试安装新R包,就会自动安装到新路径D:/RuserPackages文件夹。
第六步:升级R软件至新版本后的 *** 作
升级R软件至新版本后,需要重新完成第1~5步,
其中第4步文件夹已经存在,新路径名字不变,则可直接使用D:/RuserPackages文件夹里以前安装过的R包,不需要再重新安装了。
从CRAN( https://cran.r-project.org/ ) 安装第三方包的方法:
从bioconductor( http://www.bioconductor.org/ ) 安装第三方包的方法:
直接从Github( https://github.com/ ) 上直接安装第三方包的方法:
安装R包报错的问题从一开始学生信就一直存在着,但是没有专门整理一下,前两天安装 CHIPseeker 的时候实在受不了了,因为碰见了好多坑,于是在这里专门整理一下,方便自己和他人查看
到这里已经没太有耐心了,然后开始查原因,后面应该加一个 type = "binary"
再试一下
成功解决,安装 XML 时同样也是这个问题 ,跟上面是一种解决方式
安装 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 就不能用 biocLite 了
解决办法
解决:去 lib_PATH下把lock文件删掉
这里是 问题 5 的 参考
老版本R,在这里MARK以下
虽然讨论了一些R包安装问题,但这应(jue)该(dui)不会是我最后一次安装报错,以后再遇到会更新的
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