perl oneline的参数解释

1、基本格式：perl -参数 ‘命令' 输入文件

2、 perl -e 为必须要写的参数

3、 perl -pe 可用于读取文件每行，并按照给定的命令进行处理，最后输出；如将文件1.txt中的aaa替换为AAA： perl -pe 's/aaa/AAA/g' 1.txt

4、 perl -l 参数几乎可以跟n搭配代替perl经常用的 while(<>){chomp} 语法

5、如果需要处理tab/空分割的文件的每一行内容，那么 perl -alne 参数几乎可以说是必备的，例如 while(<>){chomp@F=split /\s+/,$_print "$F[0]\n"} 相当于: perl -alne 'print $F[0]'

6、perl单行命令脚本里的变量都不需要预先声明，如想打印出每空行，并且每行以行数开头: perl -``ne 'print ++$a." $_" if /./'

7、perl单行命令有时优于sed/grep等shell命令是由于其优秀的正则匹配，通常简单的匹配可以如：匹配上的行号，模仿grep -c的功能： perl -lne '$a++ if /regex/END {print $a+0}'

8、perl单行命令可以使用perl的模块，如使用sum函数的模块： perl -MList::Util=``sum -alne 'print sum @F'

9、perl也可以像awk一样使用END命令，如打印出文件中总单词个数

perl -alne '$t += @FEND { print $t}'

10、perl也可以使用 map{} 等函数，如打印出匹配上的单词的总个数: perl -alne 'map { /regex/ &&$t++ } @FEND { print $t }'

11、perl单行命令可以说是将perl的简洁用到了极致，如打印出匹配上的行： perl -``ne '/regex/ &&print'

12、perl单行命令能像perl一样灵活的使用则正表达式: perl -``ne 'print if /^\d+$/'

使用perl来处理数据的我们，会一点Perl one line可以有效的减少编写重复命令的时间，尤其是那些就用1-2次就不会用的脚本，尤其在window系统下不方便使用shell命令的时候。

PS. 当然在windows系统下也可以借用git模拟Unix命令环境~~~~

https://www.jb51.net/article/123326.htm

这个脚本有三个条件，如何根据参数选择条件

#!/usr/bin/perl

use strictuse warnings

use FileHandle

my($file1, $file2, $file3, $length_standard, $file4, $file5)=@ARGV  #assem.fa.fai evm.pep.NR.blast.tab.best.scaf.length  BUSCO/run_BUSCO/full_table_BUSCO.tsv 2000 scaffold scaffold_and_length

my $in1=FileHandle->new("<$file1")

my $in2=FileHandle->new("<$file2")

my $in3=FileHandle->new("<$file3")

my $out1=FileHandle->new(">$file4")

my $out2=FileHandle->new(">$file5")

my(%hash1, %hash2)

while(<$in1>){

chomp

my @arr1=split("\t", $_)

$hash1{$arr1[0]}=$arr1[1]

if($arr1[1]>$length_standard){

$hash2{$arr1[0]}=$arr1[1]

}

}

while(<$in2>){

chomp

if($_!~/^#/){

my @arr2=split("\t", $_)

$hash2{$arr2[14]}=$arr2[15]

}

}

while(<$in3>){

chomp

if($_=~/^EOG/){

my @arr3=split("\t", $_)

if(@arr3>3){

$hash2{$arr3[2]}=$hash1{$arr3[2]}

}

}

}

foreach my $key (keys %hash2){

print $out1 "$key\n"

print $out2 "$key\t$hash2{$key}\n"

}

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