我有一个测序的结果，可是我不会进行比对，能详细的告诉我一下步骤吗？非常非常感谢

1．打开BLAST 页面，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 打开后如图所示：对上面这个页面进行一下必要的介绍： BLAST 的这个页面主体部分（左面）包括了三部分：BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST、Specialized BLAST。相信大家可以看懂这三个短语的意思，我就不多说了；我要说的是，可以认为这是三种序列比对的方法，或者说是 BLAST 的三条途径。 第一部分 BLAST Assembled Genomes 就是让你选择你要比对的物种，点击相应物种之后即可进入比对页面。 第二部分 Basic BLAST 包含了 5 个常用的 BLAST，每一个都附有简短的介绍。 第三部分 Specialized BLAST 是一些特殊目的的 BLAST，如 IgBLAST、SNP 等等，这个时候你就需要在 Specialized BLAST部分做出适当的选择了。 总之， 这是一个导航页面， 它的目的是让你根据自己的比对目的选择相应的 BLAST 途径。 下面以最基本的核酸序列比对来谈一下 BLAST的使用， 期间我也会含沙射影的说一下其他序列比对的方法。2． 点击Basic BLAST部分的nucleotide blast 链接到一个新的页面。打开后如图所示：介绍一下上述页面： Enter Query Sequence 部分是让我们输入序列的，你可以直接把序列粘贴进去，也可以上传序列，还可以选择你要比对的序列的范围（留空就代表要比对你要输入的整个序列） 。Job Title 部分还可以为本次工作命一个名字。 Choose Search Set 部分是让我们选择要与目的序列比对的物种或序列种类（genome DNA、mRNA 等等） 。如果是人或老鼠的话，就可以直接选择了如果是其他物种就要选择“others”了，这时候网页会主动跳出一个下拉对话框和一个输入式对话框，你可以分别选择和输入要跟你的序列比对的序列种类和物种。下面的 Entrez Query 可以对比对结果进行适当的限制。 Program Selection 部分其实是让我们选择本次比对的精确度，种内种间等等。 在 BLAST 按钮下面有一个“Algorithm parameters” ，这是参数设置选项，一般用户使用不到此项，所以它比较隐蔽，点击，原网页下方即可增加了 Algorithm parameters 的内容。大部分战友都用不到更改这里面的选项，我也不多说了，有兴趣的朋友可以自己研究一下。3．依次填写上述网页必须部分，点击 BLAST 按钮后，出现如下界面（只截取其中一部分） ：出现的这个结果页面信息含量非常大，如果我们用心观察，还是可以发现其中的一些主要指标的。列举上图也是为了给大家展示一下这些评价标准。其中 Description 部分推荐大家详细看一下，另外说一下“E value” 这个指标与其他指标不同，它的数值越小相似程度越高，其他几个（如 Totle score）都是数值越高相似度越高。 在这个图示的表格下方就是具体的相似性的核酸序列了，还配合着各种参数的得分。 好了，各位亲爱的战友，我的 BLAST 就发到这里为止了，更具体的东西有待大家一起去努力研究。伴随着 BLAST 的终结，我的“一步一步教你使用 NCBI”也要暂时告一段落了，很高兴自己发第一个帖子时说的话今天终于做到了。 以后如果我有新的 NCBI 使用方法的话，我还会添加到这里来，但我想这一阵子是不会接着发了，呵呵。

更详细的可以进我qq空间：1055749405

先到： http://130.14.29.110/BLAST/index.shtml 选择 Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) 然后在Search旁边那个大方框里填你要寻找的序列，然后点 BLAST! 然后按 Format! 这时会d出一个新的窗口，慢慢等个十几秒几十秒……出来的结果会将找到...

---