SAM文件格式介绍

SAM 是sequence alignment format [ http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf] 的缩写， BAM文件是SAM的二进制文件 。当测序生成的fastq文件 比对到参考基因组 后就会生成SAM文件或者BAM文件。大部分的数据分析都是始于SAM文件。

SAM格式文件包括 头部注释部分 和 比对结果部分 ，头部分为''可选部分''。头部分位于比对部分之前， 以“@”开头 。比对部分有 11列是固定 的，其他多列可选。看如下例子：

比对结果部分每行标示一个read与参考序列的比对信息，前11列为必须字段，顺序固定。其余列是可选字段。前11列如下解释：

安全管理使用了安全帐号管理器(security account manager)的机制,安全帐号管理器对帐号的管理是通过安全标识进行的，安全标识在帐号创建时就同时创建，一旦帐号被删除，安全标识也同时被删除。安全标识是唯一的，即使是相同的用户名，在每次创建时获得的安全标识都时完全不同的。因此，一旦某个帐号被删除，它的安全标识就不再存在了，即使用相同的用户名重建帐号，也会被赋予不同的安全标识，不会保留原来的权限。

安全账号管理器的具体表现就是%SystemRoot%\system32\config\sam文件。sam文件是windows NT的用户帐户数据库,所有NT用户的登录名及口令等相关信息都会保存在这个文件中。sam文件可以认为类似于unix系统中的passwd文件,不过没有这么直观明了。passwd使用的是存文本的格式保存信息，这是一个Linux passwd文件内容的例子

0: root:8L7v6:0:0:root:/root:/bin/bash

1: bin:*:1:1:bin:/bin:

2: daemon:*:2:2:daemon:/sbin:

3: adm:*:3:4:adm:/var/adm:

4: lp:*:4:7:lp:/var/spool/lpd:

5: sync:*:5:0:sync:/sbin:/bin/sync

6: shutdown:*:6:0:shutdown:/sbin:/sbin/shutdown

7: halt:*:7:0:halt:/sbin:/sbin/halt

8: mail:*:8:12:mail:/var/spool/mail:

9: news:*:9:13:news:/var/spool/news:

10: uUCp:*:10:14:uucp:/var/spool/uucp:

11: operator:*:11:0perator:/root:

12: games:*:12:100:games:/usr/games:

13: gopher:*:13:30:gopher:/usr/lib/gopher-data:

14: FTP:*:14:50:FTP User:/home/ftp:

15: nobody:I0iJ.:99:99:Nobody:/home/httpd:/bin/bash

16: david:c6CuzM:500:500::/home/david:/bin/bash

17: dummy:fIVTl4IgU:501:503::/home/dummy:/bin/bash

18: msql:!!:502:504::/home/msql:/bin/bash

unix中的passwd文件中每一行都代表一个用户资料，每一个账号都有七部分资料,不同资料中使用":"分割格式如下

账号名称:密码:uid:gid:个人资料:用户目录:shell

除了密码是加密的以外(这里的密码部分已经shadow了)其他项目非常清楚明了。

而NT中就不是这样,虽然他也是用文件保存账号信息,不过如果我们用编辑器打开这些NT的sam文件，除了乱码什么也看不到。因为NT系统中将这些资料全部进行了加密处理，一般的编辑器是无法直接读取这些信息的。

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