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你好,很高兴为你解答:
利用标签的颜色来区分样品分组,不同颜色代表不同的分组。如下所示:
要实现上方进化树图中对每一个样品或基因名称设置不同字体颜色用以分组,需要准备以下配置文件,其结构如下:
TREE_COLORS
SEPARATOR TAB
DATA
155864range #6633ff test1
83334range #6633ff test1
217992range #6633ff test1
...
181661range #6633ff test2
180835range #6633ff test2
382range #6633ff test2
文件格式与之前的配置文件类似,所不同的是这里只有四列:
第一列:进化树中物种、样品或基因的名称;
第二列:设置修改类型为range(分枝上添加一个color range,即整个分枝添加背景色,但默认只显示标签背景色);
第三列:为每一样品设置对应的背景颜色;
第四列:设置color range 的标签,这里用处不大。
枝的颜色设置
此外,还可以对进化树的枝的颜色进行设置,其 配置文件 如下:
I149clade #00ccff normal 2
I189clade #FF0000 normal 2
第一列:进化树中节点ID。iTOL在导入nwk文件时会为每个节点分配一个Node id,可以点击进化树的节点查看,如下:
第二列:设置修改类型为clade;
第三列:设置枝的颜色;
第四列:设置线条类型,这里用的实线;
第五列:设置枝的粗细,数值越大,线条越粗。
以上 *** 作介绍完了,怎么样?是不是很简单?有兴趣的小伙伴自己动手试试吧!
最后祝您科研愉快!
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