BAM文件转换成fastq

此肆灶外，也可以用samtools里面的bam2fq命令信雹吵

Converting BAM to fastq

bam文件转为滑侍fastq - 生物信息文件夹

在一年前，我写过一篇文章，叫做 如何从BAM文件中提取fastq ，之前也发现了从BAM里面提取Fastq是有些麻烦，只不过最后通过 samtools 的子命令实现了数据提取，实现功能之后也没有再去思考如何提高效率。

最近读到 每周文献-190419-植物单细胞BAM重比对以及假基因研究 时，发现陆歼此里面提到了一个工具叫做 bazam , 功能就是提取Fastq文件，文章发表在 Genome Biology 上。

软件地址为 https://github.com/ssadedin/bazam ，因为他是个Groovy工具（据说Groovy比Java好写）所以安装很方便，

可以通过如下命令检查是否安装成功

假如你原来的BAM文件是双端测序，想提取成两个文件，那么可以用如下命令。 注 ：这里的your.bam 指的是你实际BAM文件

此外，bazam还支持使用 -L 指定区间来提取某个区间的数据。

这里补充下为啥从BAM文件中提取双端序列那么麻烦，这是因为改庆一般而言BAM文件都是按照位置信息排序，想要找到配对的reads，要么是根据read的编号进行排序（这个方法要求额外的内存和存储空间），或者就是在早迅提取的时候记录当前的read的ID，再找到另一端ID后释放内存空间。

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