genbank文件转换成NCBI提交数据时的.tbl文件（genbank convert to tbl）

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov//toolbox/ncbi_tools/converters/scripts/gbf2tbl.pl

网址https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/GenBank2Sequin.html

这个学期一直在看和叶绿体基因组相关的文章，目前学习到向NCBI提交完整的叶绿体基因组序列，需要准备的文件包括叶绿体基因组fasta文件和注释文件，注释文件要求的格式为.tbl，按照常理应该会有已经造好的轮子来利用常规的注释文件（比如genbank格式，或者gff3格式）来生成.tbl文件，可是自己找了将近两天的时间竟然没有找到（找到了一些python脚本或者小软件，但是都没有运行成功；同时也找到了NCBI提供的小软件table2asn_GFF3，目测功能是利用gff3格式的注释文件生成.tbl文件，试运行了一下，可是参数太多，暂时还没有搞明白该怎么使用），自己也尝试着写了一些脚本，奈何能力有限没烂档有能够解决，前前后后大约折腾了4天左右的时间，之后因为忙一些其他事情中断了一个星期左右，今天再次尝试的时候发现原来叶绿体基因组注释在线工具GeSeqhttps://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html 中包括了格式转换的工具GB2sequin,然后找到了这篇文献来看又发现了卖困格式转换用到的perl脚本，暂时解决了提交序列的问题！

面对解决不了的问题不要着急，只需要停下来让脑子休息下然后在重新出发！

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接下来是为genbank文件添加product字段

理解了SeqIO解析genbank格式文件的数据存储后，自己应该也可以写一个简单的脚本将genbank格式的文件转化成.tbl文件，好好想一想该如何实现；SeqIO模块的源码自己抽时间要多看几遍！

自己的叶绿体基因组数据注释是使用在线程序GeSeq做的，输出结果genBank文件中包括intron和exon的信息，不想要这部分信息，想写个脚本删掉

一直遇到报错 IndexError: pop index out of range

想了好长时间才想明白： rec 里面存储的内容删除一项后，对应的后面的内容的index会相应迁移，比如有1，5，7，9，12五个数字，对应的位置分别是1，2，3，4，5；如果删除前两个中历念，12对应的位置就有原来的5 改为了3

中文WINDOWS95的DOS方式自己带有汉字系统，提供了拼森哪局音、双拼、国标、区位几种汉字输入方法，但是由于没有五笔字型输入法，使许多计算机用户深感不便。笔者通过摸索，找到了一种解决的办法，具体方法如下： 一、将中文版MS－DOS6.22的外部命令DICTMAN.EXE拷贝到WIN95的COMMAND目录下。 二、按以下格式创建五笔字型编码文件： C：\WINDOWS\COMMAND\〉TYPEWBX.DIC [Description] Name=五笔字型 MaxCodes=4 UsedCodes=abcdefghijklmnopqrstuvwxy WildChar=z Sort=0 [TEXT] 工a 式aa 恭恭敬敬aaaa …… 言yyyy 其中[TEXT]段内的每一行的左边为汉字或词组，右边为该汉字或词组的五笔字型编码。 三、运行DICTMAN.EXE程序，在菜单上选“编码词典”，在文件名处输入WBX.DIC按回车进行排序。在编码词典文件名处输入：WBX.TBL，选码元类型为16进制数字。选“确认”按钮生成WBX.TBL文件。 四、在WIN9/COMMAND目录下的PDOS95.BAT文件中加入一句：instdictwbx 重新运行PDOS95.BAT，就可以在WINDOWS95的中文DOS方式缓配下使用五笔字型输入法了。 段洪杰 目前，MS－DOS6.22系统是PC机中用得最多的磁盘 *** 作系统，但是，人们通常只是使用了它的西文 *** 作界面，而很少有人使用它的中文界面。笔者认为，这其中原因之一可能是人们认为它的汉字输入法太古老。其实不然，它的输入法还是比较灵活的。MS－DOS6.22系统本身带有区位、双拼、全拼和国标四种汉字输入法，而且还提供了字典转换程序和输入法生成程序。这就是我们可以挂接其它输入法的根本所在。最近，笔者成功地将UCDOS汉字系统下的五笔字型输入法移植到了中文MS－DOS系统下。下面说明其形成过程： 一、安装MS－DOS6.22系统，启动该汉字系统，并且驻留一种汉字输入法。 在CONFIG.SYS文件中应有下列命令行： DEVICE=C:\PDOS\PBIOS.SYS 在C:\PDOS\PDOS.BAT文件中应有类似下面的内容：FONT16 HZVIO HZKBD INSTDICTPINYINA_F3 CTRLPAN 二、将UCDOS下的五笔字型编码字典反编译成文本方式的编码源文件： CD\UCDOS\DRV IMDMNGWB.IMDWB.DIC 笔者使此让用的是UCDOS6.0，所生成的WB.DIC文件长度接近400KB，这样大的文件可用MS－DOS提供的EDIT程序进行处理，删除该文件前面的文字说明部分，此时亦可加入您常用的字词。 三、将WB.DIC文件移到C:\PDOS目录下： MOVEC:\UCDOS\DRV\WB.DICC:\PDOS 四、生成五笔字型字典文件WBZX.TBL： CD\PDOS 启动DICTMAN，黑色光带位于“编码字典”处； 按Enter键，按Tab键，用光标键选择WB.DIC文件，按Enter键，光标将会位于“WB.TBL”处，按回车键； 启动一种汉字输入方式，在“方案名称”处输入“五笔型”，按回车键；在最大码长处输入4，按回车键； 在“快速输入”选项处按Space键，其前面的“[]”处将出现“X”，再按Tab键； 在“匹配查询”选项处按Space键，其前面的“[]”处将出现“X”； 在“匹配符”选项处输入Z，按两次Tab键； 再按回车键，系统便开始生成WB.TBL文件，这要花去几分钟的时间（可以去喝一小杯咖啡）。生成工作结束后，按左光标键将黑色光带移到“退出”处，按回车键，此程序结束，返回到DOS。在DOS命令行执行：INSTDICTWBA_F5即可按组合键启动五笔字型输入法。也可将此命令行加入到批命令文件PDOS.BAT中。 有兴趣的读者不妨一试。

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