grep 提取匹配行及符合匹配条件的前后行

我们都知道fastaq文件都是四行一组，第一行为header，第二行为序列，第三行为一个'+'，第四行为质量值。

现在要求将一个fastaq文件中含有序列‘TCTGTACGGTGACAA’的信息提取出来，包括header、序列、+以及质量值，我们可以使用grep命令提取匹配行及符合匹配条件的前后行。

grep 在文件中提取行，cut awk sed 提取列

输出格式

awk '条件一{动作一} 条件2{动作二} ' 文件名

条件 一般使用关系表达式作为条件 x>10

动作 格式化输出，流程控制语句

print 不需要加换行符

df -h 查看系统容量使用情况

grep 截取行

awk 提取

cut 截取

手动指定分隔符，要加入begin

sed 是一种几乎包括在所有unix平台的轻量流编辑器。sed主要是用来将数据进行选取，替换，删除和新增的命令。

动作

删除2，3行

接收管道符

sort [选项] 文件名

sort /etc/passwd

sort -r /etc/passwd

按数值排序

wc [选项] 文件名

需要准备的材料分别是：电脑、linux连接工具。

1、首先连接上linux主机，进入命令行状态。

2、在命令行状态下，用cd命令进到文件目录，用vi命令打开文件。

3、此时会看到有3行记录，以查询同时包含123和fg字符为例。

4、在命令行页面，输入：grep 123 testtxt |grep fg，按回车。

5、此时会打印出同时包含123和fg的行。

在linux中grep命令是非常有用的,它和管道(|)配合使用,非常强大,用于搜索文本文件如果想要在几个文本文件中查找一字符串，可以使用‘grep’命令。‘grep’在文本中搜索指定的字符串。

假设您正在‘/usr/src/linux/Documentation’目录下搜索带字符串‘magic’的文件：

$ grep magic /usr/src/linux/Documentation/

sysrqtxt: How do I enable the magic SysRQ key

sysrqtxt: How do I use the magic SysRQ key

其中文件‘sysrptxt’包含该字符串，讨论的是 SysRQ 的功能。

默认情况下，‘grep’只搜索当前目录。如果此目录下有许多子目录，‘grep’会以如下形式列出：

grep: sound: Is a directory

这可能会使‘grep’的输出难于阅读。这里有两种解决的办法：

明确要求搜索子目录：grep -r

或忽略子目录：grep -d skip

当然，如果预料到有许多输出，您可以通过 管道 将其转到‘less’上阅读：

$ grep magic /usr/src/linux/Documentation/ | less

这样，您就可以更方便地阅读。

有一点要注意，您必需提供一个文件过滤方式（搜索全部文件的话用 ）。如果您忘了，‘grep’会一直等着，直到该程序被中断。如果您遇到了这样的情况，按 ，然后再试。

下面是一些有意思的命令行参数：

grep -i pattern files ：不区分大小写地搜索。默认情况区分大小写，

grep -l pattern files ：只列出匹配的文件名，

grep -L pattern files ：列出不匹配的文件名，

grep -w pattern files ：只匹配整个单词，而不是字符串的一部分（如匹配‘magic’，而不是‘magical’），

grep -C number pattern files ：匹配的上下文分别显示[number]行，

grep pattern1 | pattern2 files ：显示匹配 pattern1 或 pattern2 的行，

grep pattern1 files | grep pattern2 ：显示既匹配 pattern1 又匹配 pattern2 的行。

这里还有些用于搜索的特殊符号：

\ 分别标注单词的开始与结尾。

例如：

grep man 会匹配 ‘Batman’、‘manic’、‘man’等，

grep '\grep '\' 只匹配‘man’，而不是‘Batman’或‘manic’等其他的字符串。

'^'：指匹配的字符串在行首，

'$'：指匹配的字符串在行尾，

如果您不习惯命令行参数，可以试试图形界面的‘grep’，如 reXgrep 。这个软件提供 AND、OR、NOT 等语法，还有漂亮的按钮 :-) 。如果您只是需要更清楚的输出，不妨试试 fungrep 。

外置命令，grep 命令，是 global regular expressions print 的缩写。

并不需要列出文件的全部内容，而是从文件中找到包含指定信息的那些行，要实现这个目的，可以使用 grep 命令。

grep 命令作为 Linux 文本处理三剑客的一员。

grep默认只能识别基本的正则表达式，如果需要高级的，需要这样：

grep -E 'AB|BA' filename

可以找到符合要求的，或者使用awk：

awk '/A/&&/B/' filename

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