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在安装虚拟机的Vmware-tools时,可以有两种选择: 一种是直接在虚拟机软件中点“虚拟机”--“安装VMWARE TOOLS”,然后会自动安装,安装完成后重启!在虚拟机里的驱动!如果你是英文版的虚拟机,就是点“VM”--"install vmware tools"
另一种选择就是在系统中安装,在获取权限时,可以右键“属性”,然后修改文件的 *** 作权限。
seqkit的使用方法
seqkit github
mpweixinqqcom/s/OJsxFR33ej0ACozNbF_dNA
参数如下:
amplicon 通过引物检索扩增子(或其周围的特定区域)
bam 检查和在线绘制BAM记录文件的直方图
common 通过id/名称/序列查找多个文件的公共序列
concat 连接多个文件中具有相同ID的序列
convert 转换FASTQ质量编码格式:支持格式包括:桑格,Solexa和Illumina
duplicate 重复序列N次
faidx 创建FASTA索引文件并提取子序列
fish 使用局部比对在较大的序列中寻找短序列
fq2fa 转换FASTQ到FASTA
fx2tab 将FASTA/Q转换为表格格式(包含长度/GC含量/GC偏好)
genautocomplete 生成shell自动完成脚本
grep 通过ID/name/sequence/sequence motif搜索序列,允许错配
head 打印第一条序列
help 打印帮助信息
locate 定位序列,或者motifs,允许错配
mutate 编辑序列(点突变、插入、删除)
pair 匹配双端序列文件
range 打印一个范围内的序列
rename 重命名重复序列ID
replace 使用正则表达式修改名称或者序列
restart 重置环状基因组的起始位置
rmdup 通过id/名称/序列删除重复的序列
sample 按数量或比例对序列进行抽样
sana 清理损坏的单行fastq文件
scat real time recursive concatenation and streaming of fastx files
seq 转换序列(反向,补充,提取ID…)
shuffle 随机序列
sliding 序列滑窗提取,支持环形基因组
sort 按id/名称/序列/长度排序序列
split 按id/seq区域/大小/部件将序列拆分为文件(主要用于FASTA)
split2 按序列数量/文件数将序列拆分为多个文件(FASTA, PE/SE FASTQ)
stats FASTA/Q文件的简单统计
subseq 通过region/gtf/bed得到子序列,包括侧翼序列
tab2fx 转换表格格式为FASTA/Q格式
translate 翻译DNA/RNA到蛋白质序列(支持歧义碱基)
version 打印版本信息并检查是否更新
watch 序列特征的监测和在线直方图
seqkit rename --help
seqkit seq testfa -w 0 把多行的转为一行
seqkit seq demofa -w 100 把一行的转为多行,每行100个字符
seqkit seq -n testfa 获取所有序列的名称
seqkit translate -T 1 demofa -T参数指定使用的转换模式,1是一般模式。
seqkit seq -i 2fa >3fa
提取后,header只保留 XP_0124341041
seqkit seq -i --id-regexp "([A-Za-z0-9]{1,30})" -w 0 CAZyDB07312020fa >CAZyDB07312020fasta
主要是使用 --id-regexp 这个参数,匹配的时候不需要匹配 ^> ,程序会自动匹配ID所在的行,中间的正则,必须用双引号包括一对小括号。小括号内是匹配要保留ID的字符
seqkit sort -N Genomefa -o testfa
seqkit replace --ignore-case --pattern + -r "Chr{nr}" --nr-width 2 testfa -o genomenewfa
renametxt格式如下:两列之间是tab分隔符,第一列是旧的ID,第2列是新的ID
genomefa的头部格式是只有ID
seqkit faidx genomefa --infile-list genomeorder -o genomeorderfa genomeorder是一列文件,是你要排序序列ID的顺序,输出的genomeorderfa是排序后的顺序
seqkit seq --dna2rna Chr_genome_finalfa
seqkit seq --rna2dna Chr_finalfa
seqkit seq --lower-case testfa
seqkit seq --upper-case testfa
seqkit seq -t DNA --complement testfa
seqkit seq -t RNA --complement testRNAfa
seqkit seq --reverse testcdsfa 反向序列
seqkit seq -t DNA --complement --reverse testcdsfa 反向互补序列
seqkit sample -n 10000 -s 10 test_1fq -o samplefq 随机提取10000条序列
seqkit sample -p 01 -s 10 test_1fq -o samplefq 随机提取总序列的10%的序列
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