conda使用教程——分类总结

概述1.首先安装anaconda或者miniconda anaconda: https://www.anaconda.com/download/ miniconda: https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html   两者区别见https://blog.csdn.net/qq_18668137/article/details/80807829   2.配 1.首先安装anaconda或者miniconda anaconda: https://www.anaconda.com/download/ miniconda: https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html   两者区别见https://blog.csdn.net/qq_18668137/article/details/80807829   2.配置 configure：此处为添加清华源 @H_502_46@1 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free2 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge3 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda4 conda config --set show_channel_urls yes

 

3. 查看已配置的channels

@H_502_46@1 conda config --get channels

 

  4. 创建环境和安装包 @H_502_46@ 1 conda create -n env_name package_name # 创建env_name环境以及在该环境下安装package_name包 2 source activate env_name， source deactivate env_name # 激活或者禁用当前环境 3 conda info --env，conda env List # 查看所有的环境，带*的为激活的环境 4 conda create -n env_name python=3.5 # 在env_name 环境中指定暗转python3.5版本 5 conda List # 列出当前环境下所有安装包 6 conda List -n my_env # 列出 my_env环境中所有的安装包 7 conda List --export > package-List.txt # 把当前环境中的所有包导出List，以备后续使用 8 conda create -n my_env --file package-List.txt # 对导出的包List重新安装到my_env 环境中 9 conda search package_name # 搜索是否有这个安装包，没有的话无法使用conda install 安装 10 source activate env_name； # conda install package_name，在env_name环境中安装包

例如: 创建外显子测序流程中测序分析环境wes，并在wes中安装外显子分析相关软件，安装完毕后activate环境即可在该环境下分析wes，以避免软件冲突

@H_502_46@1 conda create -n wes bcftools vcftools python=2 bwa 2 source activate wes

 

  5. 删除环境 @H_502_46@1 conda env remove -n env_name

 

6.conda安装/卸载当前channels中不存在的包

@H_502_46@1 anaconda search -t conda xxx #首先搜索包和对应的channel，注意这里是anaconda，而不是conda 2 anaconda show rpetit3/aspera-connect #查看包详情 3 conda install -c rpetit3 aspera-connect #安装rpetit3 channel中的aspera-connect包

 

7.更新和卸载包

@H_502_46@1 conda update package_name 2 conda uninstall package_name， conda remove package_name 3 conda uninstall -n env package_name # 删除env环境中的xxx包 uninstall可以用remove代替

 

  8.conda 更新 @H_502_46@1 conda update conda 总结

以上是内存溢出为你收集整理的conda使用教程——分类总结全部内容，希望文章能够帮你解决conda使用教程——分类总结所遇到的程序开发问题。

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