生信分析云服务器怎么读取本地下载文件

生信分析云服务器通常是基于Linux系统的，可以通过以下步骤读取本地下载文件：

1 将本地下载的文件上传到云服务器上，可以使用scp命令或者FTP等工具进行上传。

2 在云服务器上打开终端窗口（Terminal），进入到存放该文件的目录下。

3 使用相应的命令对该文件进行 *** 作。例如，如果是一个文本文件，可以使用cat、less、more等命令查看；如果是压缩包，则需要先解压缩再进行 *** 作。

4 如果需要将处理后的结果保存到本地电脑中，则需要再次使用scp命令或者FTP等工具将结果传输回来。

总之，在生信分析过程中，数据传输和处理非常重要。在保证数据安全性和完整性的前提下，合理利用各种工具和技术能够更好地完成生信分析任务。

linux常用命令（基础）

1 man 对你熟悉或不熟悉的命令提供帮助解释

eg:man ls 就可以查看ls相关的用法

注：按q键或者ctrl+c退出，在linux下可以使用ctrl+c终止当前程序运行。

2 ls 查看目录或者文件的属，列举出任一目录下面的文件

eg: ls /usr/man

ls -l

ad表示目录(directory)，如果是一个”-”表示是文件，如果是l则表示是一个连接文件(link)

b表示文件或者目录许可权限分别用可读(r)，可写(w)，可运行(x)。

3 cp 拷贝文件

eg: cp filename1 filename2 //把filename1拷贝成filename2

cp 1c netseek/2c //将1c拷到netseek目录下命名为2c

4 rm 删除文件和目录

eg: rm 1c //将1c这个文件删除

5 mv 移走目录或者改文件名

eg: mv filename1 filename2 //将filename1 改名为filename2

mv qibtgz /qibtgz //移到上一级目录

6 cd 改变当前目录 pwd 查看当前所在目录完整路径

eg: pwd //查看当前所在目录路径

cd netseek //进入netseek这个目录

cd //退出当前目录

7 cat，more命令

将某个文件的内容显示出来。两个命令所不同的是:cat把文件内容一直打印出来，而 more则分屏显示

eg; cat>1c //就可以把代码粘帖到1c文件里，按ctrl+d 保存代码。

cat 1c 或more 1c //都可以查看里面的内容。

gcc -o 1 1c //将1c编译成exe文件，我们可以用此命编译出代码。

8chmod 命令 权限修改 用法：chmod 一位8进制数 filename。

eg: chmod u+x filenmame //只想给自己运行，别人只能读

//u表示文件主人， g 表示文件文件所在组。 o 表示其他人 ;r 表可读，w 表可写，x 表可以运行

chmod g+x filename //同组的人来执行

9 clear，date命令

clear:清屏，相当与DOS下的cls;date:显示当前时间。

10 mount 加载一个硬件设备

用法:mount [参数] 要加载的设备 载入点

eg: mount /dev/cdrom

cd /mnt/cdrom //进入光盘目录

11 su 在不退出登陆的情况下，切换到另外一个人的身份

用法: su -l 用户名(如果用户名缺省，则切换到root状态)

eg:su -l netseek (切换到netseek这个用户，将提示输入密码)

12whoami，whereis，which，id

//whoami:确认自己身份

//whereis:查询命令所在目录以及帮助文档所在目录

//which:查询该命令所在目录(类似whereis)

//id:打印出自己的UID以及GID。(UID:用户身份唯一标识。GID:用户组身份唯一标识。每一个用户只能有一个唯一的UID和 GID)

eg: whoami //显示你自已登陆的用户名

whereis bin 显示bin所在的目录，将显示为：/usr/local/bin

which bin

13 grep，find

grep:文本内容搜索;find:文件或者目录名以及权限属主等匹配搜索

eg: grep success /查找当前目录下面所有文件里面含有success字符的文件

14 kill 可以杀死某个正在进行或者已经是dest状态的进程

eg; ps ax

15 passwd 可以设置口令

16 history 用户用过的命令

eg: history //可以显示用户过去使用的命令

17 !! 执行最近一次的命令

18 mkdir命令

eg: mkdir netseek //创建netseek这个目录

19 tar 解压命令

eg: tar -zxvf nmap-345tgz //将这个解压到nmap-345这个目录里

20 finger 可以让使用者查询一些其他使用者的资料

eg: finger //查看所用用户的使用资料

finger root //查看root的资料

源码目录结构分析

常见内容标记说明

比如：

注意：

对于 text 中不一定要保证每个单词都必须出现在词汇表中，若词汇表中没有则被映射到 lang/oovtxt 文件中(lang/oovint 文件为其 SPN 的数字形式，从 wordstxt 中提取)。

在每一个 featsscp 特征文件中保存的都是Kaldi格式的矩阵。在这个例子中，矩阵的维度是13（译者注：即列数；行数则 和你的文件长度有关，标准情况下帧长20ms，帧移10ms，所以一行特征数据对应10ms的音频数据）。比如：

对于 phonestxt 和 wordstxt 分别存放词典， 比如：

这些为符号标 (symbol-table) 文件，符合 OpenFst 的格式定义。

在 kaldi 中， 这些文件被用于音素符号的文本形式和数字形式之间进行转换。大多数情况下，只有脚本 utils/int2sympl 和 utils/sym2intpl 及 OpenFst 中 fstcompile 和 fstprint 会读取这些文件。

文件 Lfst 是 FST 形式的发音词典， 其中输入是音素，输出为词汇。

文件 L_disambigfst 也为发音词典，但还包含为消歧而引入的符号(比如 #1, #2 等，以及自环(self-loop) 而引入的 #0)。

lang/topo 文件指明 HMM 模型拓扑结构

lang/Gfst 文件中存放了语言模型（语法），FST 格式表示，解码时使用，根据使用的语言模型的不同，生产 Gfst 的步骤会不同。比如：

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