修改BAM文件中的染色体名字

在处理ChIP-seq数据的时候，遇到这样一个问题：前期我的FASTA和GTF文件中染色体的名字是1，2，322这样的，但后期某些分析过程要求染色体名称必须以chr开头，比如用来找enhancer/super enhancer的ROSE。这时候就需要对BAM文件进行修改，具体方法如下：

只需要修改BAM文件的header部分就可以，方便又快捷。关于为什么只需要修改BAM文件的header，我在biostar上看到有个回答非常棒，引用一下：

>bam文件在进行后续分析前，需要进行排序，samtools的安装见文章：
sam文件转换为bam文件——SAMtools - (jianshucom)

默认是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序。

-@8：8个线程
-o：输出文件

按read name排序：

这里发现，原始的bam文件，和sortbam以及namesortbam文件的大小不一致，并且sortbam小很多，检查三个文件的行数：

行数一致，没有问题。常用的是默认排序，即按染色体顺序进行排序。

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