gene Ontology 是生物中Ontology中一个重要应用。go项目最初是由研究三种模式生物(果蝇、小鼠和酵母)基因组的研究者共同发起。是生物信息分析中很重要的一个方法
go是在生物领域应用非常广,可以帮助生物学家对基因产物进行准确的定义(功能、位置),节省时间。
因为在最开始的时候,生物学家们更多是专注于自己研究的物种/课题,而且每个生物学家对功能等的定义是存在差异的,导致不同实验室/物种不能实现直接的对接(比如A物种内的x基因的功能使用的是a这个词汇进行注释,而B物种内的x基因的功能却使用的是与a同义的词汇b进行注释,这种情况计算机无法识别),就像讲两种语言的人,无法直接进行语言交流。这种情况导致的问题是,出现了一种阻碍,让问题复杂化了。所以就有了Ontology在生物领域中的应用,实现“书同文”。
go定义了基因/基因产物的功能(通过术语)且定义了它们各自之间功能是怎样联系的(关系)。它组成了一个具有大量term的词汇库,并定义各种term之间的关系(is_a part_of R)。
GO通过三个方面的术语对基因/基因产物的功能进行描述:分子功能(molecular function) -由基因/基因产物行使的分子水平上的功能; 细胞组件(cellular component)-基因/基因产物产生功能时其在细胞结构上的位置;生物学过程(biological process)-在哪个生物学通路/生物过程发挥作用。
目前,GO 注释主要有两种方法:
(1)序列相似性比对(BLAST):例如blast2go(将blast结果转化为GO注释)
(2)结构域相似性比对(InterProScan)
blast2go的本地化教程:
在blast2go软件正确安装的情况下,使用blast2go进行go注释,出现无法得到注释结果的问题:
另外还有可能出错的原因是,blast2go无法识别blast高的版本号,当使用高版本的blast的时候,直接将版本号给修改为低版本的就行了,例如(BLASTX 2.2.25+)
GO 的图形是一个有向无环图
在codeblocks中,可以通过集成EGE库,来实现C语言图形程序的编写,具体方式如下:
一、安装:
1、下载ege安装包;
2、将安装包解压;
3、把压缩包里include目录下所有文件,复制到编译器安装目录下的include目录内,例如D:\MinGW\include\;
4、把lib目录下对应编译器名目录下的文件,复制到编译器安装目录下的lib目录内,例如D:\MinGW\lib\。
二、建立工程:
只要第1步做好以后,其实已经安装好ege了,剩下的只是配置build option.
点击file-new-projects,选择Console application:
注意编程语言要选C++(不必担心写代码仍可以是C语言,只是库要求源代码文件要是CPP)
三、配置build option:
建立好工程以后,需要设置好链接选项.
1、点击project-build option:
2、切换到linker setting选项卡,添加-lgraphics -lgdi32 -limm32 -lmsimg32 -lole32 -loleaut32 -lwinmm -luuid -mwindows,这些链接选项。
3、点击Add,找到第一步编译器路径下的lib文件夹,添加libgraphics.a,libgdi32.a libimm32.a libmsimg32.a libole32.a liboleaut32.a libwinmm.a libuuid.a这8个文件(可以一次性全部添加,不必一次添加一个),
并在右边的other linker options写上 -mwindows。
添加完以后应该是(前面的路径取决于编译器安装目录):
四、 测试代码:
到此已经设置完毕。
将工程里的main.cpp文件的代码换成:
#include "graphics.h"int main(){
initgraph(640, 480) // 初始化为640*480大小的窗口,这里和TC 略有区别
circle(200, 200, 100) // 画圆,圆心(200, 200),半径100
getch() // 等待用户按键,按任意键继续
closegraph() // 关闭图形界面
return 0
}
构建,并运行,运行结果如下:
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