在origin2018中,可参考以下步骤做pca分析作图
1、数据导入。
2、点击右下角pca插件,启动对话框。
3、设置分析数据并点击“OK",进行分析。
4、按照图示点击分析后的图,放大该图。
5、美化图片。图片美化包括颜色、图例、字体大小等等。美化后的图片如图。
#导入你的矩阵,我的矩阵是包含列名称和行名称的exp = read.table('exp.txt', header = TRUE ,sep = '\t' )
require(graphics)#调用PCA画图的包
#做PCA时,不要行名称所以从第二列开始
PCA1 = princomp(exp[,2:(dim(exp)[2]-1)] )
summary(PCA1)
pc = loadings(PCA1)
Comp.1 = PCA1$loadings[,1]
Comp.2 = PCA1$loadings[,2]
plot(Comp.1,Comp.2 ,col = c('red','red','red','green','green','green','blue','blue','blue'))
#此数据分为三组,所以我画了不同的颜色。
#这是做PCA以及画图的简单流程,供参考!
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