用java求三角形的周长和面积？

class Js{

private int a

private int b

private int c

public Js(int a,int b,int c){

this.a=a

this.b=b

this.c=c

}

public int geta(){

return a

}

public int getb(){

return b

}

public int getc(){

return c

}

public double getArea(){

double abc=a+b+c

double s=abc/2//不过，貌似老兄的面积没蔽计算公式给的不枯答州对。

return s

}

public double getJsLength(){

return a+b+c

}

}

public class jxcomputer {

public static void main(String [] args){

Js i=new Js(3,6,8)

System.out.println("a="+i.geta())

System.out.println("举灶b="+i.getb())

System.out.println("c="+i.getc())

System.out.println("面积area="+i.getArea())

System.out.println("周长Length="+i.getJsLength())

}

}

SFS的基本理解、介绍的一篇文章： https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/

如果不做算法，基本的原理这里应该也差不多了，先跑个试试

fastsimcoal2.6 SFS群体历史动态模拟教程：

https://speciationgenomics.github.io/fastsimcoal2/

评估SFS教程：

https://speciationgenomics.github.io/easysfs/

Stairway plot Github网站：

https://github.com/xiaoming-liu/stairway-plot-v2

使用ANGSD进行SFS Estimation。这个软件考虑了missing data和低depth位点。以bam文件为input。

https://github.com/ANGSD/angsd

安装

后面按照教程来就行。参照官网example： http://www.popgen.dk/angsd/index.php/SFS_Estimation

如果missing data不多，可以直接用easySFS。

https://github.com/isaacovercast/easySFS

看一下有没有很多frequency很低的值，需不需要down sample。

我这里没有，所以直接对VCF中第一、第二个种群分别取20、16个sample（其实是10、8个个体，二倍体所以sample数量乘二）：

这个 ./pops_file.txt 是告诉软件VCF里哪几个个体是一个种群的文件。格式官网教程有。

不管哪种方法，最后希望得到的是这样的：

这是SFS observation文件，后缀为.obs。一共应该有2N+1列，N为样本个体数。后一半都是0是因为这是folded SFS。因为我不知道群体的祖先状态序列。如何设置folded或者unfolded，几个软件的教程里都有。

使用Fastsimcoal2.6，利用SFS模拟种群动态历史需要三个输入文件：

这三个文件的前缀必须相同，在这里为"6.GL1.folded.HN"。如果为unfolded SFS，SFS观测文件后缀应该是DAF之类的而不是MAF，具体得看说明书。

一般来说，有两种构建模型的方法：

1）可以构建很多模型（可能3～10个）来对种群历史建模，然后比较每个模型的lnL（也就是LRT检验），看那个模型最合适。比如第一个模型是有效群体大小先上升后下降在上升，第二个是先下降在上升等等。对于单个群体（不考虑migration）的简单模型，一般也就是设置几个bottleneck时间点，扩张时间点以及对应的种群大小参数。

2）只构建一个模型，限制“时间点”prior的范围，但是放松Ne prior的范围，并保持一致，让算法自己探索种群在某个时间点是扩张还是收缩。在RULES中只对时间做限制，而行橘慧不对Ne做限制。这种就需要增加运行的次数，让模型达到收敛，比如设置-L 100。例如：

.est文件：

.tpl文件：

设置好配置文件以后，开跑：

生成文件里有likelihood的评估，拿过来比较模型就行了。对最优模型可以再跑bootstrap，说明书里有。

我个人觉得对于单个种群而言，用SFS不一定是好的选择。PSMC从原理上更加伍卖靠谱一些。而fastsimcoal模型的优势在于其可以考虑多个种群的migration、融合与分裂、群体大小变化等等。个人见解，欢迎讨论。

1月21日更新

fastsimcoal模型比对结果档答还可以，但是并不是很直观，我试了下Stairway plot v2.1，感觉挺靠谱，也很简单。

网站：

https://github.com/xiaoming-liu/stairway-plot-v2

很凑巧，这篇文章，stairway plot2是去年（2020）发布的

git clone或者通过他给的链接下下来，然后准备一个配置文件，就可以开跑了

SFS就用我们之前得到的。

参数配置README文件里面都有写，SFS也直接贴里面就行，比fastsimcoal方便。

具体算法孰优孰劣，得了解算法，再看看人家比对的文章。好像有文章说单个参数的简单模型或者多个种群用fastsimcoal靠谱，单个种群可能stairway plot好一些。个人理解。

tips：如果报错了很可能是命名问题导致没有找到java class的路径，可以修改回原命名试试。

SFS概述

2009 年3 月25 日衡唯丛，Skyline 的Streaming Feature Service 模块由V2.0 升级并更名为Spatial Framework Services (SFS) V4.5，使Skyline实现从三维地理信息软件向三维地理信息管理与服务的平台的转换。SFS具有以下特点： 1. SFS server可以有效改善的矢量数据发布机制，提高其发布效率，解决了三维数字地球技术中矢量数据发布效率低下的难题。通过引入矢量地图服务缓存机制，把复杂的矢量数据变成规则山岁的地图切片，并进行金字塔创建，极大地提高矢量数据的发布效率； 2. SFS server可以提供OGC标准的WFS、WMS地图服务，提高了Skyline作为地理信息基础服务平台的性能，从而使Skyline不但可以建立数据供自己使用，也可以提供 标准WFS、WMS数据服务给其他2D、3D GIS软件进行应用咐樱； 3. SFS server能够通过网络以流方式传输特征层（WFS）或地图影像数据（WMS）到客户端应用程序。WMS 从TerraGate Terrain Service 获取地图影像数据。WFS 则从Shape 文件和Oracle 数据库、SQL server 2008 数据库、PostGIS 和ArcSDE server 读取矢量数据。SFS manager 还可以对WMS 和WFS 进行管理和配置，以提高客户端浏览的响应速度和性能。

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