如何分析基因序列GC含量。想要知道某序列的GC含量,要如何 *** 作?是用什么软件,还是在哪个网站上?

如何分析基因序列GC含量。想要知道某序列的GC含量,要如何 *** 作?是用什么软件,还是在哪个网站上?,第1张

来,俺来教你~

首先,把序列放入WORD文档里
然后,查找C,查找G,再把找到的两个字母的总数加起来,除以序列的碱基总数。
就得出GC含量了~~~
O(∩_∩)O~

1、打开NCBI

百度搜索键入“NCBI”,点击“搜索”,第一个就是官方主页,点击打开。

2、关键字查找

以H9亚型流感病毒HA基因下载为例,说明详细过程。

既然要下载基因序列,需要在栏目内找到“Nucleotide”(核苷酸),搜索栏内填入“Avian influenza virus H9 HA”,点击“search”。

3、添加限定词

点击搜索后,我们看到页面中间显示了很多关于“Avian influenza virus H9 HA”的基因序列,如果其中的一个符合你的要求,就可以下载。

如何不符合的要求,可以继续在搜索条内添加限定,比如添加“2010”,即2010年分离到的病毒。

3、序列选定

找到目标基因序列后,我们要将其下载下来。以给出第一个序列为例,点击序列前面的“小方格”,将其选定。

4、下载序列

选定后,点击页面右上角的“Send to”,选择“file”,再将format选择为“FASTA”格式,点击“Create file”,将序列下载到自定的文件夹内。

5、用DNAStar打开

下载的序列为FASTA格式,需要使用相关的软件打开,小编经常使用的是DNAStar中的Editseq,这个功能还是很强大的。

1。做Align(你的2个,加上别人报道的)
2。从起始密码开始,看相应位子的氨基酸有无改变
3。注意有无重大改变,比如等电性,酸碱性等等。从而推出结合电子的能力,也就是氧化能力。

部分DNA序列或基因序列使用一串字母表示的真实的或者假设的携带基因信息的DNA分子的一级结构。
可能的字母只有A,C,G和T,分别代表组成DNA的四种核苷酸——腺嘌呤,胞嘧啶,鸟嘌呤,胸腺嘧啶。每个字母代表一种碱基,两个碱基形成一个碱基对,碱基对的配对规律是固定的,即是:A-T,C-G。典型的他们无间隔的排列在一起,例如序列AAAGTCTGAC。任意长度大于4的一串核苷酸被称做一个序列。关于它的生物功能,则依赖于上下文的序列,一个序列可能被正读,反读;包含编码或者无编码。DNA序列也可能包含"junk
DNA"。

首先请问你是手里有序列想如何分析呢,还是要完成个作业需要先找一个基因序列呢?
如果是前者,你可以先进NCBI,在popular resource里选blast,把这个序列进行blast,找出在数据库中这个基因的位置。然后关于这个基因会在数据库中有一系列的基因注释和相关信息。因为不太清楚你要做哪方面的分析,所以暂时只能笼统的说一下。
>如何测序的?是连接上了质粒么?如果有质粒的序列,先在NCBI上把质粒序列查出来。具体网址是>我一般是在NCBI上面找,世界上有三个大的数据库,NCBI是其中一个,美国的,这个我觉得是最好的。
在上边查找基因序列方法是:首先打开NCBI网站首页,然后在search一栏中选择nucleotide,在框中输入你要的基因序列名称,点击search就行。然后会出来很多结果,因为很多基因是同名的,或是一个基因在不同种属中不一样,寻找你要的基因序列就行了。注意的是,要确定你的基因名称是否是统一的,我以前就是找一个基因费了很多事,之后发现是自己没有用通用的。找到基因序列,蛋白序列就很容易了,因为结果中会显示该基因的蛋白序列。你也可以在开始search的时候选protein,找到的就是蛋白序列了。多尝试就好了,其实很简单,英文不错的话,更简单。要有耐心。
只要已经测过序的基因上边都有,而且这是最全的基因库。其他的不用考虑,找不到就只能考虑上边本人的经验。


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