对数正态分布是一个连续分布,所以没有概率质量函数(probability
mass
function)吧,只有离散随即变量才有。连续分布有概率密度函数(probability
density
function),和累积分布函数(cumulative
distribution
function)。
如果你说的是累计分布函数,假设X服从对数正态分布,则ln(X)服从正态分布。假设ln(X)的均值和方差分别是mu和sigma^2,那么对数正态分布的累计分布函数就是N[(ln(x)
-
mu)
/
sigma],N是正态分布的累积分布函数。物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。
一般而言,在样本量较少的情况下,随着样本数量的增加,将有较大可能性发现大量新的物种,此时曲线呈急剧上升状态;当样本数量已经较大时,此时群落中的ASV/OTU总数将不再随着样本数量增加而显著增加,曲线将趋于平缓。
因此,通过物种累积曲线可以判断样本量是否充分:若曲线始终保持上升趋势,则表明样本量不足,反之,则表明样本量已足以反应群落的物种组成。在样本量充分的前提下,运用物种累积曲线还可以对物种丰富度进行预测。
下面我使用R脚本,vegan包对ASV/OTU丰度矩阵中每个样本所对应的SAV/OTU总数绘制specaccum物种累计曲线。
1调用vegan包,读取物种数据;
2使用 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线;
3作图展示。
如图,随着取样样本数量逐渐增加,所观测到的物种种类也不断增加。当曲线趋近平缓时,代表群落中的物种接近全部被观测到;反之不饱和,还需继续观测更多的样本数量。
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