最新版Cytoscape安装注意事项
在cytoscape官网上下载安装软件,下载完成后,双击安装,由于cytoscape是基于java运行环境的,所以必须先安装java。
需要注意的是:cytoscape要求的java版本必须与之配套,否则在安装过程中出现错误提示。提示无法在系统中找到java虚拟机,需要在系统变量中定EXE4J_JAVA_HOME,指向安装64bit的JDK或者JRE。我在安装cytoscape的时候也遇到这样的问题:我已经安装了java,也在系统变量中定义了变量,设置了路径,但是安装cytoscape总是提示在系统中找不到JVM。cytoscape把多个点合成一个点将转录因子作为source Node,将target_gene作为target Node
然后在“tools”选项卡中找到“Merge”,“Networks”,选择刚才的两个网络,就会正常需要的一个调控网络了。
最近在使用Cytoscape绘制 基因-转录因子 的调控网络图,想绘制这种包含正负调控关系以及对样本的调控关系的网络图。
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