2021-11-11生物信息Linux最最基础入门教程

前言

有感于现在网上大部分生物信息学linux入门教程对于从未接触过计算机的同学难度还是偏大，可谓是劝退教程，因此做了这个最最基础入门教程。此教程适合想学习生物信息学但计算机知识薄弱的同学。学习完此教程可掌握最基本的linux *** 作，当然，对于初学者已经够用了。我认为学习一门新的知识 在用中学，在学中用 效率最高。所以一些高深点的知识等入了门遇到了在学也是可以的。

课程分为3节：

第一节：Linux系统的安装

第二节：文件和目录相关常用的命令

第三节：进程及其他

如果想学习好生物信息学，一定要多练习，最好带着项目去学。

小炒：搜索 “conda cheatsheet”

好处：

添加channel

channel是有顺序的，一般保持bioconda在第一个，conda-forge在第二个。-defaults放最后。

创建软链接 ,相当于在桌面创建了快捷方式： ln -s

例： ln -s ~/miniconda3/envs/python2/macs2 ~/.local/bin

搜索生信软件

https://bioconda.github.io/ -availiable packages

Tips

二进制版本

以 ncbi-blast ,'sra-toolkit','hisat2'为例

预编译版本

以 zlib 为例，samtools依赖的软件。

tree 的安装只需后两步，且最后一步的时候要做修改，记得去看 Read me 。

三部曲解读：

如果没有root权限要解决软件依赖的问题：

https://www.jianshu.com/p/da92ca36a220

修改makefile的变量名

python包软件管理工具

conda 安装deeptools

deeptools在python2下表现更好。

链接：

1. http://www.biotrainee.com/thread-144-1-1.html

2. http://www.bio-info-trainee.com/2092.html

举两个例子：

参考：

bilibili：zhougengxu

https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX?spm_id_from=333.337.search-card.all.click

和高端服务器选用类UNIX系统是一样的道理，Linux一直在进化，比起Windows那N久没啥变化的内核，性能自然好很多。生物分析与大数据并行计算分不开，性能上要求高，不需要Windows那种傻瓜系统，而且真正意义上可以最大限度为 *** 作系统定制软件的话，肯定是开源的系统更好，可以最大程度的优化，而Windows平台的话只能用微软提供的开发工具。国外大牛们多用Linux也是重要原因。

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