Linux安装R包TwoSampleMR遇见的报错

          最近一位老友在倒腾GWAS的研究，发现R包TwoSampleMR用于pQTL的分析，让我在Linux系统上帮忙安装下，根据网页的安装提示进行 *** 作（https://github.com/MRCIEU/epigraphdb-pqtl/），在 *** 作过程中遇见了一些报错和实践的解决方案，在此文特此记录：

运行后出现报错信息如下：

解决步骤1：

        重新安装gmp，最初开始用BiocManager::install("gmp")，出现报错信息“configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see http://gmplib.org”，查阅资料过后解决方案用conda安装gmp， *** 作命令如下

解决步骤2：

      接下来重新安装iterpc，用BiocManager::install("iterpc")成功安装

解决步骤3：

     接下来重新安装Cairo，用BiocManager::install("Cairo")，出现报错信息“configure: error: Cannot use cairo-ft backend, although cairo claims it is working. Please check your caito installation and/or update cairo if necessary or set CAIRO_CFLAGS/CAIRO_LIBS accordingly.”，查阅资料后改用conda安装， *** 作命令如下

解决步骤4：

      最后重新运行install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")安装TwoSampleMR，成功安装，library导入后，出现如下信息。

你是源码安装的？？进去源码包

试下

#make clean  all

在重新安装~~

祝你好运~~~

望采纳~~~

通过源码安装linux软件的步骤，一般是到源码目录进行以下三步：

1. ./configure xxx 这是通过configure文件生成Makefile，期间，会有检查编译时所需要的依赖库是否满足。configure命令后面也可以添加选项来使能一些模块，具体选项可以通过./configure --help进行查看，如果不需要用到的模块，则可以去掉使能不编译，如果未添加选项，则全部使用默认值。

2. make

这是根据生成的Makefile进行编译

3. make install

根据Makefile中install这个TARGET进行安装。也可以通过make DESTDIR=XXX install指定安装目录

综上所述，你的情况是依赖库没满足，导致configure失败，没有生成Makefile，所以运行make命令会因为没有Makefile提示找不到TARGET。关键信息是这句：checking for flex no,checking for xxx表示检测的xxx依赖，解决办法就是先安装flex这个包，然后再重新运行configure，如果是ubuntu的话应该可以使用sudo apt-get install flex安装。另，flex安装后不一定能保证configure能通过，有可能还会遇到其他依赖库未满足的情况，请参照flex进行处理。

这是关于flex包的描述及下载地址：

Description: A tool for generating text-scanning programs

Upstream URL: http://flex.sourceforge.net

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