MPI的安装及简单测试
MPI有多种实现版本，如Argonne国家实验室开发的MPICH，Edinburgh开发的CHIMP以及Ohio State University开发的LAM/MPI。其中MPICH是一种最重要的MPI实现，它可以从网上免费获得Linux和Windows版本。它的开发和MPI规范的制定是同步的，因此最能反映MPI的变化和发展，MPICH由此成为实现MPI的最成熟和最广泛使用的版本。本文安装的MPI软版本为MPICH-1.2.6。
安装步骤：
1、从网上下载MPICH压缩包（mpich.tar.gz）
2、解压：# tar zxvf mpich.tar.gz
3、进入解压后的目录： # cd mpich-1.2.6
4、配置： # ./configure –prefix=/usr/local/mpich
其中/usr/local/mpich为软件所安装的目录
5、编译 # make
6、安装 # make install
7、配置该软件的用户搜索路径
Root 用户下：修改/etc/profile 加入
PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin
MANPATH=$MANPATH:/usr/local/mpich/man
Export PATH MANPATH
普通用户下：修改~/.bash_profile 加入
export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin
8、修改/usr/local/mpich/share/machines.LINUX文件，加入集群中可以用来做并行计算的主机名(八节点集群为例)
加入的内容为：
server
pc1
pc2
pc3
pc4
pc5
pc6
pc7
9、MPI环境的简单测试
在服务器节点上，以mpich 自带的计算PI值的并行计算程序cpi对所搭建的集群环境做简单的测试。
步骤：
在/usr/local/mpich/example目录下
1 编译 # make cpi
2 启动并行计算 # mpirun –np N cpi (其中N 为节点机的个数)
可以看到PI值及误差和计算时间，说明环境搭建基本成功。至此，所组建的MPI集群基本成功。
GNU Parallel的输入源支持文件、命令行和标准输入（stdin或pipe）。
当然，若不想像上面那样进行组合，可使用 --xapply 参数从每一个源获取一个参数（或文件一行），这个参数有些类似R中的函数，具有广播作用——如果其中一个输入源的长度比较短，它的值会被重复。
GNU Parallel可以通过 --arg-sep 和 --arg-file-sep 指定分隔符替代 ::: 或 ::::，当这两个符号被其它命令占用的时候会特别有用。
GNU Parallel默认把一行做为一个参数：使用 \n 做为参数定界符。可以使用 -d 改变：
GNU Parallel支持通过 -E 参数指定一个值做为结束标志：
GNU Parallel使用 --no-run-if-empty 来跳过空行:
如果parallel之后没有给定命令，那么这些参数会被当做命令：
此外，命令还可以是一个脚本文件，一个二进制可执行文件或一个bash的函数（须用 export -f 导出函数）
GNU Parallel支持多种替换字符串，默认使用 {}，使用 -I 改变替换字符串符号 {}。其最常见的字符串替换包括以下几种： {.} ，去掉扩展名； {/} ,去掉路径，只保留文件名； {//} ，只保留路径； {/.} ，同时去掉路径和扩展名； {#} ，输出任务编号。同时对于每一个字符串替换都可以自己指定符号： -I 对应 {} ； --extensionreplace 替换 {.} ； --basenamereplace 替换 {/} ； --dirnamereplace 替换 {//} ； --basenameextensionreplace 替换 {/.} ； --seqreplace 替换 {#} 。
同时，如果有多个输入源时，可以通过 {编号} 指定某一个输入源的参数：
使用 --header 把每一行输入中的第一个值做为参数名。
使用 --colsep 把文件中的行切分为列，做为输入参数。
--xargs 会在一行中输入尽可能多的参数（与参数字符串长度有关），通过 -s 可指定一行中参数的上限。
为了获得更好的并发性，GNU Parallel会在文件读取结束后再分发参数。
GNU Parallel 在读取完最后一个参数之后，才开始第二个任务，此时会把所有的参数平均分配到4个任务（如果指定了4个任务）。
第一个任务与上面使用 --xargs 的例子一样，但是第二个任务会被平均的分成4个任务，最终一共5个任务。（奇怪的是我的结果与官网教程的结果不一样）
替换字符串可以是输出字符的一部分，使用 -m 参数表示每个job不重复输出“背景”（context）， -X 则与 -m 相反，会重复输出“背景文本”，具体通过下面几个例子进行理解：
使用 -N 限制每行参数的个数，其中 -N0 表示一次只读取一个参数，且不输入这个参数（作为计数器来使用）。
如果命令行中包含特殊字符，就需要使用引号保护起来。
perl脚本 'print "@ARGV\n"' 与linux的 echo 的功能一样。
使用GNU Parallel运行这条命令的时候，perl命令需要用引号包起来，也可以使用 -q 保护perl命令：
使用 --trim 去除参数两头的空格：
使用 --tag 以参数做为输出前缀，使用 --tagstring 修改输出前缀：
--dryrun 作用类似于echo：
--verbose 则在运行之前先打印命令：
一般来说，GNU Parallel 会延迟输出，直到一组命令执行完成。使用 --ungroup ，可立刻打印输出已完成部分。
使用 --ungroup 会很快，但会导致输出错乱，一个任务的行输出可能会被另一个任务的输出截断。像上例所示，第二行输出混合了两个任务： '4-middle' '2-start'。使用 --linebuffer 避免这个问题（稍慢一点）：
强制使输出与参数保持顺序 --keep-order/-k ：
GNU Parallel可以把每一个任务的输出保存到文件中，临时文件默认保存在 /tmp 中，可以使用 --tmpdir改变（或者修改 $TMPDIR）：
输出文件可以有结构的保存 --results ，输出文件不仅包含标准输出（stdout）也会包含标准错误输出（stderr）：
在使用多个变量的时候会显示很有用：
使用 --jobs/-j 指定并行任务数。
通过使用 --interactive 在一个任务执行之前让用户决定是否执行。
当job有大量的IO *** 作时，为避免 “惊群效应” ，可使用 --delay 参数指定各个job开始的时间间隔。
若已知任务超过一定时间未反应则为失败则可以通过 --timeout 指定等待时间避免无谓的等待。GNU parallel能计算所有任务运行时间的中位数，因此可以指定时间为中位数的倍数关系。
GNU parallel有多种方式可用来动态的显示任务进度信息，如：
使用 --joblog 参数能够生成各个任务的日志文件：
通过 --resume-failed 参数可以重新运行失败的任务 --retry-failed 的作用与 --resume-failed 类似，只是 --resume-failed 从命令行读取失败任务，而 --retry-failed 则是从日志文件中读取失败任务：
GNU parallel支持在某一情况下（如第一个失败或成功时，或者20%任务失败时）终止任务，终止任务又有两种类型，其一为立即终止（通过 --halt now 指定），杀死所有正在运行的任务并停止生成新的任务，其二为稍后终止（通过 --halt soon 指定），停止生成新任务并等待正在运行任务完成。
GNU parallel还支持在任务失败后重试运行 --retries :
关于终止信号的高级用法参考 官方入门文档 。
GNU parallel能够在开始一个新的任务前检查系统的负载情况防止过载（通过 --load 可指定负载），同时还能检查系统是否使用了交换空间（swap）（通过 --noswap 限制使用swap）。
同时，对于某些占用内存较多的程序，parallel会检查内存只有内存满足时才启动任务（通过 --memfree 指定需要内存大小），而且在启动任务后内存不够50%时会杀掉最新开始的任务，直到这个任务完成再重新开始那些杀死的任务。
还可以通过 --nice 来指定任务的优先级。
可使用 -S host 来进行远程登陆：
parallel -S username@$SERVER1 echo running on ::: username@$SERVER1
GNU parallel 文件传输使用的是rsync。
更多远程 *** 作参见入门文档。
--pipe 参数使得我们可以将输入（stdin）分为多块（block），然后分配给多个任务多个cpu以达到负载均衡，最后的结果顺序与原始顺序一致。使用 --block 参数可以指定每块的大小，默认为1M。
如果不关心结果顺序，只想要快速的得到结果，可使用 --round-robin 参数。没有这个参数时每块文件都会启动一个命令，使用这个参数后会将这些文件块分配给job数任务（通过 --jobs 进行指定）。若想分配更为均匀还可同时指定 --block 参数。
参考：
官方文档
GNU Parallel指南
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