文献整理的软件和方法

文献管理软件的便利之处在于：

1.可以直接联网到不同的数据库进行检索，免去登录不同数据库的劳累之苦，提高效率；

2.可以非常方便地管理文献信息，包括文摘、全文、笔记、以及其它的附件材料等等；检索功能方便查找到需要的文献；多数软件还具备一定的分析功能；

3.文末参考文献格式的编辑，轻松便捷。

常用的文献管理软件首推EndNote了，但是除了 EndNote还有很多文献管理软件，有的是公开源代码，有的是免费。

一、Endnote

EndNote的功能强大自不必说。强大到何种程度，几乎没有它不能解决的问题，即使某些变态的极其复杂的引文和输出格式，也能轻松应对。

除此之外，EndNote的强大之处还在于其自定义特性，通过自定义EndNote的输出格式，滤件和连接论文件。

但是EndNote也有很多不足，比如分组只支持二级目录，EndNote也不支持标签。相比之下的Zotero这方面就强大的多，可以支持多级分类目录，还可以为文献打标签。

其实这也都不是事儿，最主要的是EndNote是商业软件，对于普通个人用户，太贵了。不过EndNote厚道之处在于没有验证机制，只要有授权文件就能用，而且网上的授权文件一找就能找到。最著名的应该是同济大学的授权文件了，真是造福了不少穷学生。

顺便说一句，以前的Reference Manager和ProCite这两个文献管理软件现在也被EndNote收购了。

EndNote相关资源

EndNote 官网

http://www.endnote.com/

Output Styles 下载

http://endnote.com/downloads/dla/styles.zip

Import filters 下载

http://endnote.com/downloads/dla/filters.zip

Connection files 下载

http://endnote.com/downloads/dla/connections.zip

Writing templates 下载

http://endnote.com/downloads/dla/templates.zip

EndNote 中文帮助https://www.howsci.com/endnote/

二、Mendeley

Mendeley功能非常强大，总起来说Mendeley有以下特点。

1.免费，这个比较重要。

2.支持多平台。迄今Mendeley有网页版，Windows版，Mac版，Linux版，甚至还有iPhone，iPad，iPod版。

3.支持Microsoft Word, LibreOffice, and LaTeX等软件。

4.支持PDF标记。可以直接在PDF文档中做相应的标记和注释，这样文章重点部分就可以重点突出了，下次再看时就知道重点和难点了。

5.支持从其它参考文献管理软件导入文献，现在支持EndNote, Papers 和 Zotero。

6.可以组织管理文献，通过文件夹的形式把文献分类，管理起来文献简单明了。

7.可以和同事们分享文献，甚至注释和标记也可以分享。这样大家协作起来更方便。

8.支持网络备份，而且多个平台之间支持同步。

9.支持PDF文件导入并自动提取文章信息，支持自动导入特定文件夹内的文献

10.强大的搜索功能，可以搜索PDF全文。

11.强大的社区功能。这才是Mendeley的精髓所在。现在新兴的文献评价标准Altmetric参考因素之一就包括Mendeley的社区功能，如利用Plum Metrics评价系统了解论文的关注度分享情况。

ResearchGate科研人员自己的FaceBook其中一项指标也包括Mendeley的社区。

Mendeley 相关资源

Mendeley 官网

https://www.mendeley.com/dashboard/

Mendeley for Windows

https://www.mendeley.com/download-mendeley-desktop/windows/instructions/

Mendeley for Mac OS X 10.6+

https://www.mendeley.com/download-mendeley-desktop/mac/instructions/

Mendeley Desktop for Linux

https://www.mendeley.com/download-mendeley-desktop/linux/

Mendeley for iPhone, iPod Touch and iPad

https://itunes.apple.com/gb/app/mendeley-reference-manager/id380669300

三、Zotero

Zotero是一个开放源代码的文献管理软件。Zotero特色之处是可以作为浏览器插件进行使用。本地的Zotero的文献数据库还可以免费上传到Zotero的网络服务器上，并且不受空间大小限制。但是本地的Zotero的附件，在网络服务器上有大小限制，Zotero的网络服务器仅为每用户提供300M免费存储容量。

2008年, 汤森路透起诉 Zotero 侵犯了EndNote的最终用户许可协议 (EULA)，逆向工程了EndNote，提供了Zotero把EndNote私有的 .ens风格转换为Citation Style Language风格。

Zotero相比于EndNote，免费不用说，最大的特色是无限级的目录分类，一个目录下可以分为多个子目录。这样管理起来文献就方便多了，而EndNote只支持二级目录。

Zotero还支持文献的标签功能。为每个文献自动打上标签，当然用户也可以自定义标签，这又增加了文献管理功能。

不过Zotero的插入引文和参考文献相比于EndNote来就弱了许多，支持的输出格式也相对有效，只是支持几个大类的输出格式，并没有具体的杂志格式。可能我的理解有错误，但是至少现在我还没找到修改或者添加引文格式的方法。

Zotero相关资源

Zotero官网

https://www.zotero.org

Zotero for Windows

https://download.zotero.org/standalone/4.0.28/Zotero-4.0.28_setup.exe

Zotero for Chrome

https://chrome.google.com/webstore/detail/ekhagklcjbdpajgpjgmbionohlpdbjgc

Zotero for Firefox

https://download.zotero.org/extension/zotero-4.0.28.3.xpi

Zotero for Safari

https://download.zotero.org/connector/safari/Zotero_Connector-4.0.21-1.safariextz

四、JabRef

JabRef是一个开放源代码、处理BibTeX格式的文献管理软件，提供了简易 *** 作的界面来编辑BibTeX档案。 功能包含从网络上的科学数据库汇入资料，以及整理和搜寻BibTeX档案等。

JabRef的发布遵循GNU通用公共授权条款。软件则是用Java作编程，可以使用于各种 *** 作系统，如Windows、Linux、Mac OS X。

JabRef最初的版本发布于2003年11月29日。其名称JabRef代表着Java、Alver、Batada、Reference。其中Alver 和Batada分别为Morten O. Alver 和 Nizar Batada，两位最初的开发者。

JabRef 相关资源

JabRef官网

http://jabref.sourceforge.net/

JabRef最新稳定版下载

http://sourceforge.net/projects/jabref/files/jabref/2.10/

五、NoteExpress

NoteExpress是一个国产文献管理软件，据说对中文文献和中文数据库的支持比EndNote好。在国内也有不少用户，不过这个软件是商业软件，学生版198，永久版需要 698 元。

NoteExpress相关资源

NoteExpress官网

http://www.inoteexpress.com/

NoteExpress购买

一、对PDF文档添加标注使用新版的Adobe Reader或者Foxit Reader可以在PDF文档中添加附注内容，以Adobe Reader为例，点击工具栏上黄色的“添加附注”及“高亮文本”工具图标即可实现。下图中，先高亮一段文本，然后在黄色背底的高亮文本上点击右键，在右键菜单上选取“打开d出式附注”项即可添加注解文本。这一功能有助于在阅读文献的时候留下附注痕迹，方便日后的回溯整理工作。下图的例子中我分别给文献标题和摘要部分添加了中文释义。所有的附注工作完成以后，按工具栏上的保存按钮即可连同所有附注内容一并保存在原始PDF文档中。

二、用思维导图组织文献1．构建文献导图思维导图（Mind Mapping）是一种图像式思维的工具与及一种利用图像式思考辅助工具来表达思维的工具。使用一个中央关键词或想法引起形象化的构造和分类的想法它用一个中央关键词或想法以辐射线形连接所有的代表字词、想法、任务或其它关联项目的图解方式，利用不同的方式去表现人们的想法，如引题式，可见形象化式，建构系统式和分类式，普遍地用作在研究、组织、解决问题和政策制定中。一个思维导图有着中心话题并有沿伸开来的子话题的图标，像一棵树一样，其视觉结构使得很多人的学习更加高效。本文介绍一款专门为研究者设计的思维导图工具Docear（官方读音：dog-ear），其前身是SciPlore MindMapping。Docear是开源软件，可供免费下载，支持Windows、Linux和Mac OS用以图形化的方式对文献进行可视化管理，软件详细 *** 作指南参见用户手册页。Docear可以监视一个文件夹内的新文件。利用这个特点我们可以将所有的PDF 文件在思维导图中列表。无论何时在网上发现一个新的PDF 并存储到硬盘上，就会立即显示到既有的思维导图中。安装完毕以后，选取“文件”菜单的“新建”项开始建立新的思维导图。点击画面中央的“新建思维导图”，在鼠标右键菜单中选取“Monitoring”—“add monitoring folder”，即d出“Save Map”窗口，为新建思维导图设定文件名并保存后，d出“Choose a directory with PDF Files”对话框，选择存放文献的文件夹即可。下图所示为思维导图的折叠（Alt + Page Up）到最后一级分支，直接对应我的子文件夹名。

展开（Alt + Page Down）所有节点以后，画面会表现为一张很大的图表。从下图中可以看到，第二级节点对应的是文献文件名，而第三级节点因PDF文档的结构不同有所区别，某些PDF文档的内部结构（标题、作者、段落以及图注等）也能被展开。注意下图中的中文部分是我在上文中添加的PDF附注，这意味着我们阅读文献的过程中在PDF文档中添加的重要附注能够全部包含在Docear所生成的思维导图中。

2．重新组织文献组织结构鼠标点击导图中心位置的“新建思维导图”，按键盘上的“Insert”键即可插入新的节点，本例中将新节点命名为“早期预警”，然后通过右键菜单的剪切、复制、粘贴等功能将原先位于其他节点下的文献移动到新建的“早期预警”节点下。通过这一 *** 作，研究者可以自如地重新建立文献的组织结构，同一篇文献可以出现在两个不同方式（或主题）组织方式的节点下，比如我们可以通过文献的内容、类型、重要性、已阅未阅等等分类方式组织自己的文献结构，比起用文件夹方式组织的文献的方式具有不可比拟的优越性。

3．其他功能如果你在文献阅读中添加了新的附注内容，也可以导入到现有的思维导图之中，在导图中点击对应文献的节点，在右键菜单中选取“PDF”—“Import new annotations”即可完成 *** 作。在文献节点的右键菜单上选取“Edit note in dialog”即可在d出的小窗口中为该文献添加注释，该注释仅保存在思维导图中而非PDF文档中，添加的注释在思维导图中具有悬停效果。三、获取文献引用信息在撰写论文或者项目申请书的时候，都需要注明引用文献的来源出处，假如平时工作中没有做好整理索引那将会是一件让人沮丧的事情。本文介绍的方法是在检索下载文献的同时，自动完成文献引用信息的获取和整理工作。用到基于Firefox浏览器的免费软件Zotero，Zotero作为Firefox的插件，在进行联机文献检索的时候协助完成文献相关的作者、摘要、期刊、会议、卷、页、日期等信息的自动获取。Zotero支持列表中所有联机文献数据库，另外还可以在Amazon上直接获取书籍的相关信息，这个页面以视频片段的形式罗列了Zotero的 *** 作要点，帮助用户快速掌握其 *** 作要点。1．软件安装首先需要下载安装Firefox，my favorite web browser！完成以后运行Firefox，在Firefox的地址栏输入Zotero的下载地址，在打开的页面中点击“Zotero 3.0.3 for Firefox”，Firefox会自动执行安装过程。安装完成以后Firefox的右下角会出现Zotero图标。2．软件使用用Firefox打开文献检索页面，如下图所示为IEEE Xplore，检索工作与一般的 *** 作并无二致，通过关键词筛选感兴趣的文章条目，然后打开目标文献详细信息页面准备下载PDF文档。注意这是浏览器地址栏的右侧会出现一个白色的类似文档条目的小图标，如下图所示，位于红色线框中央，绿色小伞图标的左侧，将鼠标移动到这个白色小图标上面会出现“保存到Zotero”的提示。

点击这个白色图标，稍过片刻浏览器右下角会出现“保存条目…”的提示框，这意味着包括摘要在内的本篇文献的相关信息已经采集到Zotero中了。点击Firefox浏览器右下角的“Zotero”图标会在浏览器下方打开Zotero的窗口，里面罗列了已经收集好的所有文献信息条目。

另外也可以选择下载安装Zotero Standalone版本，这时Zotero将独立于Firefox运行。

3．导出文献引用这是Zotero最精彩的部分。用Ctrl+鼠标左键在Zotero主窗口列表中多选需要导出的文献，在右键菜单中选取“由所选条目生成文献目录…”，这时会d出一个小窗口，在“引文样式”中选择“IEEE”，在输出格式中选择“复制到剪贴板”，如何“OK”返回。这时我们将剪贴板上的内容复制到包括记事本、Word在内的任意文本编辑工作中，稍作整理，就能得到符合IEEE发表规范的标准文献引用信息。4. 不足目前Zotero对国内的中文文献数据库支持得不好，对“中国知网”的支持不完整，存在缺漏数据的问题。而叫人可气的是“维普”本身居然不支持Firefox，所有Zotero也就免谈了。四、Zotero与Docear协同工作将Zotero获取的文献信息导入Docear，使文献的基本信息成为Docear中文献节点的属性，以便研究者只需打开文献思维导图，就可以获取包括摘要在内的文献全面信息。首先在Zotero主窗口中选定需要导出到Docear中文献列表，选取“File”—“导出库…”，即d出“导出…”窗口。在“格式”下拉框中选择“BibTeX”，勾选“导出笔记”，“OK”后要求输入导出的BibTeX文件的保存路径，此时建议将路径设为“用户路径\docear_workspace\_data\profiles\default”（这个路径是Docear安装时由用户设置的数据目录），保存的文件名为docear.bib，这一步 *** 作其实是用Zotero导出的文献引用数据替换了Docear的默认文献引用数据。这时Docear右侧的“Reference”窗口会提示“The file ‘docear.bib’ has been modified externally!”，点击“Review Changes”按钮，在d出的窗口中点击“OK”即完成文献相关信息的导入 *** 作。将Docear右侧“Reference”窗口的文献信息拖动到思维导图中对应的文献节点上就可以实现关联（如下图所）示，文献相关信息作为文献节点的属性而存在，并跟随文献所有的剪切、复制、粘贴的 *** 作。

五、后记鸣谢上海大学计算机学院陈怡海副教授对博主的大力支持。这篇文字只涉及了Docear和Zotero这两款软件比较重要的功能，加之博主水平有限，疏漏在所难免，感兴趣的读者可以从软件官网获取详尽的 *** 作指南。另外这两款软件本身也在不断完善之中，希望更多用户的反馈能帮助软件开发者创作更好的作品，同时对他们的无私奉献表示感谢。最后希望这篇小文能对博硕士研究生以及科研工作者有切实的助益。本文原创，如需转载请保留原博客地址，谢谢。六、本文涉及的软件列表Dropbox （网络存储与数据同步）Adobe Reader （PDF文档阅读）Foxit Reader （PDF文档阅读）Docear （文献组织与整理）Firefox （网页浏览器）Zotero （获取文献信息）

如果你不是为了学习，ubuntu 更适合你，YLMF 不过是个山寨 ubuntu 而已，不如直接装 ubuntu 来的实际。

至于你说的这个软件，貌似目前只有 Windows 和 MAC OS X 的版本。

替代品可以看看这个帖子 http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=781843

另：DOC PPT XLS 可以装 openoffice ，不过如果可以，建议买 redoffice 、永中来使用，永中有个人版免费。支持的效果比 openoffice 好些。

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