which:which [文件名] which mysql
find:-name 按照文件名查找文件,
如:find /dir -name filename 在/dir目录及其子目录下面查找名字为filename的文件。
linux 中的查看进程命令;find . -name "*.c" 在当前目录及其子目录(用“.”表示)中查找任何扩展名为“c”的文件。
ps命令 是最常用的监控进程的命令,通过此命令可以查看系统中所有运行进程的详细信息。
基本 *** 作: ps -le #查看系统中所有的进程,使用 Linux 标准命令格式 ;ps aux #查看系统中所有的进程,使用 BS *** 作系统格式。
可选项
a: 显示一个终端的所有进程;
u: 显示进程的归属用户及内存的使用情况;
x: 显示没有控制终端的进程;
-l: 长格式显示更加详细的信息;
-e: 显示所有进程;
最常用的两种:"ps aux" 可以查看系统中所有的进程;"ps -le" 可以查看系统中所有的进程,而且还能看到进程的父进程的 PID 和进程优先级;"ps -l" 可以查看当前登录 产生了哪些进程
创建文件:
vi/vim filename : 创建新文件并且使用编辑器进入该文件进行编辑,与touch命令不同的是, 如果未编辑该文件就退出,那么该文件不会被保存(换句话说,新文件为空时不保存新建的文 件);
touch filename : 直接创建新的空文件,需要编辑器打开编辑;
echo "内容" >hehe.txt : 它允许你在创建一个文件时就向其中输入一些文本;
查看文件:
cat 文件名 : 由第一行开始显示内容,并将所有内容输出;
more 文件名 : 根据窗口大小,一页一页的现实文件内容;
tail : 可以实时打印最新的日志信息;
ls 执行的功能:列出指定目录中的目录,以及文件;
前言
第1章 Linux命令行简介 / 1
1.1Linux命令行概述 / 1
1.2在Linux命令行下查看命令帮助 / 4
1.3Linux shutdown reboot halt / 9
关机:
shutdown -h now
halt
init 0
第2章 文件和目录 *** 作命令 / 13
2.1pwd:显示当前所在的位置 / 13
2.2cd:切换目录 / 16
2.3tree:以树形结构显示目录下的内容 / 18
2.4mkdir:创建目录 / 22
2.5touch:创建空文件或改变文件的时间戳属性 / 27
2.6ls:显示目录下的内容及相关属性信息 / 30
2.7cp:复制文件或目录 / 39
2.8mv:移动或重命名文件 / 42
2.9rm:删除文件或目录 / 45
2.10rmdir:删除空目录 / 48
2.11ln:硬链接与软链接 / 49
2.12readlink:查看符号链接文件的内容 / 54
2.13find:查找目录下的文件 / 55
2.14xargs:将标准输入转换成命令行参数 / 68
2.15rename:重命名文件 / 71
2.16basename:显示文件名或目录名 / 72
2.17dirname:显示文件或目录路径 / 72
2.18chattr:改变文件的扩展属性 / 73
2.19lsattr:查看文件扩展属性 / 75
2.20file:显示文件的类型 / 76
2.21md5sum:计算和校验文件的MD5值 / 77
2.22chown:改变文件或目录的用户和用户组 / 80
2.23chmod:改变文件或目录权限 / 81
2.24chgrp:更改文件用户组 / 85
2.25umask:显示或设置权限掩码 / 86
2.26老男孩从新手成为技术大牛的心法 / 90
第3章 文件过滤及内容编辑处理命令 / 91
3.1cat:合并文件或查看文件内容 / 91
3.2tac:反向显示文件内容 / 103
3.3more:分页显示文件内容 / 104
3.4less:分页显示文件内容 / 107
3.5head:显示文件内容头部 / 109
3.6tail:显示文件内容尾部 / 111
3.7tailf:跟踪日志文件 / 114
3.8cut:从文本中提取一段文字并输出 / 115
3.9split:分割文件 / 117
3.10paste:合并文件 / 118
3.11sort:文本排序 / 123
3.12join:按两个文件的相同字段合并 / 127
3.13uniq:去除重复行 / 129
3.14wc:统计文件的行数、单词数或字节数 / 131
3.15iconv:转换文件的编码格式 / 133
3.16dos2unix:将DOS格式文件转换成UNIX格式 / 134
3.17diff:比较两个文件的不同 / 135
3.18vimdiff:可视化比较工具 / 138
3.19rev:反向输出文件内容 / 139
3.20tr:替换或删除字符 / 140
3.21od:按不同进制显示文件 / 143
3.22tee:多重定向 / 145
3.23vi/vim:纯文本编辑器 / 147
3.24老男孩逆袭思想:做Linux运维的多个好处 / 152
第4章 文本处理三剑客 / 153
4.1grep:文本过滤工具 / 153
4.2sed:字符流编辑器 / 159
4.3awk基础入门 / 165
第5章 Linux信息显示与搜索文件命令 / 176
5.1uname:显示系统信息 / 176
5.2hostname:显示或设置系统的主机名 / 178
5.3dmesg:系统启动异常诊断 / 179
5.4stat:显示文件或文件系统状态 / 181
5.5du:统计磁盘空间使用情况 / 183
5.6date:显示与设置系统时间 / 186
5.7echo:显示一行文本 / 190
5.8watch:监视命令执行情况 / 193
5.9which:显示命令的全路径 / 195
5.10whereis:显示命令及其相关文件全路径 / 196
5.11locate:快速定位文件路径 / 197
5.12updatedb:更新mlocate数据库 / 199
5.13老男孩逆袭思想:新手在工作中如何问问题不会被鄙视 / 200
第6章 文件备份与压缩命令 / 201
6.1tar:打包备份 / 201
6.2gzip:压缩或解压文件 / 208
6.3zip:打包和压缩文件 / 211
6.4unzip:解压zip文件 / 212
6.5scp:远程文件复制 / 214
6.6rsync:文件同步工具 / 216
6.7老男孩逆袭思想:新手如何高效地提问 / 220
第7章 Linux用户管理及用户信息查询命令 / 222
7.1 useradd:创建用户 / 222
7.2usermod:修改用户信息 / 227
7.3userdel:删除用户 / 229
7.4groupadd:创建新的用户组 / 230
7.5groupdel:删除用户组 / 231
7.6passwd:修改用户密码 / 232
7.7chage:修改用户密码有效期 / 237
7.8chpasswd:批量更新用户密码 / 238
7.9su:切换用户 / 240
7.10visudo:编辑sudoers文件 / 242
7.11sudo:以另一个用户身份执行命令 / 244
7.12id:显示用户与用户组的信息 / 248
7.13w:显示已登录用户信息 / 249
7.14who:显示已登录用户信息 / 250
7.15users:显示已登录用户 / 252
7.16whoami:显示当前登录的用户名 / 253
7.17last:显示用户登录列表 / 253
7.18lastb:显示用户登录失败的记录 / 254
7.19lastlog:显示所有用户的最近登录记录 / 255
第8章 Linux磁盘与文件系统管理命令 / 257
8.1fdisk:磁盘分区工具 / 257
8.2partprobe:更新内核的硬盘分区表信息 / 265
8.3tune2fs:调整ext2/ext3/ext4文件系统参数 / 266
8.4parted:磁盘分区工具 / 268
8.5mkfs:创建Linux文件系统 / 272
8.6dumpe2fs:导出ext2/ext3/ext4文件系统信息 / 274
8.7resize2fs:调整ext2/ext3/ext4文件系统大小 / 275
8.8fsck:检查并修复Linux文件系统 / 278
8.9dd:转换或复制文件 / 281
8.10mount:挂载文件系统 / 284
8.11umount:卸载文件系统 / 288
8.12df:报告文件系统磁盘空间的使用情况 / 289
8.13mkswap:创建交换分区 / 293
8.14swapon:激活交换分区 / 294
8.15swapoff:关闭交换分区 / 295
8.16sync:刷新文件系统缓冲区 / 296
第9章 Linux进程管理命令 / 298
9.1ps:查看进程 / 298
9.2pstree:显示进程状态树 / 305
9.3pgrep:查找匹配条件的进程 / 306
9.4kill:终止进程 / 307
9.5killall:通过进程名终止进程 / 310
9.6pkill:通过进程名终止进程 / 311
9.7top:实时显示系统中各个进程的资源占用状况 / 313
9.8nice:调整程序运行时的优先级 / 320
9.9renice:调整运行中的进程的优先级 / 323
9.10nohup:用户退出系统进程继续工作 / 324
9.11strace:跟踪进程的系统调用 / 325
9.12ltrace:跟踪进程调用库函数 / 332
9.13runlevel:输出当前运行级别 / 334
9.14init:初始化Linux进程 / 335
9.15service:管理系统服务 / 335
第10章 Linux网络管理命令 / 338
10.1ifconfig:配置或显示网络接口信息 / 338
10.2ifup:激活网络接口 / 343
ifup eth0
10.3ifdown:禁用网络接口 / 343
ifdown eth0
service network restart(/etc/init.d/network restart) 激活整个网络,所有网卡。
10.4route:显示或管理路由表 / 344
10.5arp:管理系统的arp缓存 / 350
10.6ip:网络配置工具 / 351
10.7netstat:查看网络状态 / 358
10.8ss:查看网络状态 / 362
10.9ping:测试主机之间网络的连通性 / 363
10.10traceroute:追踪数据传输路由状况 / 366
10.11arping:发送arp请求 / 367
10.12telnet:远程登录主机 / 369
10.13nc:多功能网络工具 / 370
10.14ssh:安全地远程登录主机 / 373
10.15wget:命令行下载工具 / 376
10.16mailq:显示邮件传输队列 / 379
10.17mail:发送和接收邮件 / 381
10.18nslookup:域名查询工具 / 386
10.19dig:域名查询工具 / 389
10.20host:域名查询工具 / 393
10.21nmap:网络探测工具和安全/端口扫描器 / 394
10.22tcpdump:监听网络流量 / 398
第11章 Linux系统管理命令 / 407
11.1lsof:查看进程打开的文件 / 407
11.2uptime:显示系统的运行时间及负载 / 411
11.3free:查看系统内存信息 / 411
11.4iftop:动态显示网络接口流量信息 / 413
11.5vmstat:虚拟内存统计 / 415
11.6mpstat:CPU信息统计 / 419
11.7iostat:I/O信息统计 / 420
11.8iotop:动态显示磁盘I/O统计信息 / 423
11.9sar:收集系统信息 / 425
11.10chkconfig:管理开机服务 / 430
11.11ntsysv:管理开机服务 / 433
11.12 setup:系统管理工具 / 434
11.13ethtool:查询网卡参数 / 436
11.14mii-tool:管理网络接口的状态 / 437
11.19rpm:RPM包管理器 / 443
11.20yum:自动化RPM包管理工具 / 446
top命令
第12章 Linux系统常用内置命令 / 450
12.1Linux内置命令概述 / 450
12.2Linux内置命令简介 / 450
12.3Linux常用内置命令实例 / 452
在Linux系统里常用于文本查看、 *** 作、统计的命令:
通过多敲键盘,形成手感 肌肉记忆 ,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:
参数的用法介绍:
注意事项:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加 > 符号,退出时,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默认 10 行 (在R语言里head和tail默认是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键
less命令重要的补充用法2 :
参数用法:
less命令 不加参数 查看文件:
less命令加 -N参数 查看文件:显示行号
less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整
对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。
常见参数:
切记:用less命令,按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前:
排列后:
解释:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样,所以 加上-n参数 , 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重,只有两行出现重复,而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样,不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之,uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存,文本保存用>(重定向)或是 >>(追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上,将空格替换成制表符
补充小知识 :
清屏 :control L
查看历史(输入过的)命令 :history
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