ROH、近交系数、亲缘系数、IBD、IBS

1.转成vcf

2.过滤缺失0.1，MAF0.05

只使用常染色体上的位点，最大缺失率（max-missing）<10%即检出率>90%的SNP位点，最小等位基因频率（MAF）>0.05（哈代温伯格平衡检验的P值大于10^-6 -hwe）。

3.去多等位基因，INDEL

4.去重复标记，对vcf文件进行去重并排序，加头

5.（基因填充beagle）

6.去除0号染色体

7.转成map ped，调整ped文件前两列 ，第一列为品种名称，第二列为样品名坦激枯称，做出bed bam fam文件

8.计让洞算ROH

detectRUNS: an R package to detect runs of homozygosity and heterozygosity in diploid genomes (r-project.org)

注意：R中使用的map ped 文件均为空格格铅茄式！！！

(1)基于ROH计算的基因组近交系数 (FROH) -homozyg

FROH：Froh refers to the proportion of the genome (0-1) that is in runs of homozygosity (ROHs).

(2)基于基因组杂合度的近交系数(Fhom) -het (使用plink软件根据snp同源性计算近交系数)

Fh is the canonical estimate of genomic F based on excess SNP homozygosity.

[Keller Matthew C,Visscher Peter M,Goddard Michael E. Quantification of inbreeding due to distant ancestors and its detection using dense single nucleotide polymorphism data.[J]. Genetics,2011,189(1).]

系谱近交系数 (FPED)

https://www.jianshu.com/p/8340055d3646?utm_campaign=haruki

https://blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/87876901

https://cloud.tencent.com/developer/article/1550322

1.近交系数

2.亲缘系数

炎性肠病又称炎症性肠病（IBD），为累及回肠、直肠、结肠的一种特发性肠道炎症性疾病。

溃疡性结肠炎是结肠黏膜层和黏膜下层连续性炎症，疾病通常先累及直肠，逐渐向全结肠蔓延,克罗恩病可累及全消化道，为非连续性全层炎症，最常累及部位为末档州端回肠、结肠和肛周。行码蔽

扩展资料：

饮食禁忌

炎症性肠病 患者肠道不能正常吸收进食的碳水化合物、蛋白质、脂肪、维生素及多种微量元素，加上肠道炎症或服用的药物可能造成食欲不佳，因此炎性肠病常伴随着不同程度的营养不良，甚至影响小孩正常的生长发育。

营养支持对炎性肠病症状缓解及促进愈合有重要的作用模中，因此保持自身良好的营养状态是治疗炎性肠病一个重要的部分。炎性肠病并没有存在专门的特殊饮食，不同人能耐受的食物有异，因此炎性肠病总的饮食原则是保证自己膳食平衡同时避免一些使疾病恶化的食物。

饮食规律，勿过饥过饱尽量选择一些高能量、高营养的食物每天饮用2000ml以上的液体，避免脱水状态，特别是天气炎热或腹泻症状严重时忌烟、酒、辛辣刺激食物，忌食用过冷、过热食物。如果肠道炎症已致使肠管狭窄，进食低纤维、少渣食物，甚至流质饮食是更好的选择。

参考资料来源：百度百科-IBD