【Linux】生物信息软件安装过程

小炒：搜索 “conda cheatsheet”

好处：

添加channel

channel是有顺序的，一般保持bioconda在第一个，conda-forge在第二个。-defaults放最后。

创建软链接 ,相当于在桌面创建了快捷方式： ln -s

例： ln -s ~/miniconda3/envs/python2/macs2 ~/.local/bin

搜索生信软件

https://bioconda.github.io/ -availiable packages

Tips

二进制版本

以 ncbi-blast ,'sra-toolkit','hisat2'为例

预编译版本

以 zlib 为例，samtools依赖的软件。

tree 的安装只需后两步，且最后一步的时候要做修改，记得去看 Read me 。

三部曲解读：

如果没有root权限要解决软件依赖的问题：

https://www.jianshu.com/p/da92ca36a220

修改makefile的变量名

python包软件管理工具

conda 安装deeptools

deeptools在python2下表现更好。

链接：

1. http://www.biotrainee.com/thread-144-1-1.html

2. http://www.bio-info-trainee.com/2092.html

举两个例子：

参考：

bilibili：zhougengxu

https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX?spm_id_from=333.337.search-card.all.click

产品名称：Meteor：化合物代谢预测工具

英文名称：

国产/进口：进口

产地/品牌：英国

型号：Lhasa Limited 代谢预测软

Meteor是一款基于专家知识系统预测化合物在体内代谢的工具。利用构效关系（SAR）分析，Lhasa专家开发了一种涵盖一相代谢和二相代谢的生物转化综合数据库。Meteor能提供三种不同的预测方法，得到的预测结果会提供可能性级别、生物转化的图表、机制原理、真实化合物的代谢数据和主要参考文献。具有高度透明和科学可靠的高可信度等特点。Lhasa科学家经过超过35年的经验积累，不断完善Meteor知识库，总结代谢知识，并将其转化为代谢知识规则，定期更新知识库。他们用自己的专业知识来分析复杂、甚至不一致的数据，并提供专家推理规则，让您获知化合物可能的代谢方式。Meteor的预测由大量高质量的数据支持，这些数据描述了母体化合物、它们的实验代谢物以及所发生的生物转化。这些数据是由专业的Lhasa科学家所收集整理，当前包含2,000多个母体化合物和超过17,000种转化反应。Meteor作为出色的代谢预测软件，在药物研发中对化合物ADMET性质评估提供精准支持。

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