如何在linux环境下安装R包

在linux环境下安装R包的步骤：

第一步：用Xshell登陆服务器，cd命令进入你要存放R.tar.gz压缩包的路径，如第一张图，我是cd ~/software,进入~/software路径才开始下载R压缩包。然后wget +url（R文件网址）获取R-3.0.0.tar.gz。第二张图是下载完成后截取的。

第二步，先解压R-3.0.0.tar.gz，然后cd R-3.0.0打开R-3.0.0文件夹。接下来两条命令按第一张图所示输入。./configure命令后截取了一张图。

第三步，先make，然后 make install。make命令后出现Error 1和Error 2，我没有弄明白错误原因。往下装

第四步，vim ~/.bash_profile，vim打开此文件后在PATH中修改环境变量PATH=/home/luokai/software/R/bin:$PATH(也就是你mkdir后面的路径）。vim打开文件后有三种模式：一般模式（打开后就是此模式），编辑模式以及命令行模式。在编辑模式下修改PATH后输入:wq（保持后退出）退出vim。关于这三种模式的切换及具体 *** 作可以百度具体了解。

第五步，source ~/.bash_profile,然后R，打开R可以看见一些描述信息。R装好了。

END

1

R运行环境装好后，下载需要的R包，可以用较方便的install.packages命令。这里的dependencies设置为TRUE，可以自动下载你所装包“mpMap”所需要的其他依赖包。

2

加载R包，用包前需要先加载。有两种加载方法，实现加载的两个函数是：library和require。两者之间存在细微差别，后者会返回一个布尔值（TRUE或FALSE）来表示是否加载成功。

在linux服务器上使用R语言及Rstudio server cat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gzchecking for rl_callback_read_char in -lreadline... no configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages 6.安装 make make install 安装成功！ R #在命令行直接输入“R”即可进入R 编辑。 q() ##退出R编辑 7.安装R-studio-server wget https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpmyum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm 8.R-studio-server的一些命令 rstudio-server start ##启动 rstudio rstudio-server stop ## 关闭rstudio rstudio-server status ## 查看rstudio 运行状态 运行rstudio-server status出现 “Active: active (running) ” 表示rstudio 已启动 rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安装错误 rstudio-server restart ##重启 ifconfig ##查看服务器ip地址。 查看运行中R进程 rstudio-server active-sessions 指定PID，停止运行中的R进程 rstudio-server suspend-session <pid> 停止所有运行中的R进程 rstudio-server suspend-all 强制停止运行中的R进程，优先级最高，立刻执行 rstudio-server force-suspend-session <pid> rstudio-server force-suspend-all RStudio Server临时下线，不允许web访问，并给用户友好提示 rstudio-server offline RStudio Server临时上线 rstudio-server online 8.rstudio-server系统设置 主要有两个配置文件，默认文件不存在（非必要，可不做修改） /etc/rstudio/rserver.conf /etc/rstudio/rsession.conf vi /etc/rstudio/rserver.conf www-port=8080#监听端口,默认是8787，可以不做修改 www-address=127.0.0.0#允许访问的IP地址，默认0.0.0.0 rstudio-server restart vi /etc/rstudio/rsession.conf session-timeout-minutes=30#会话超时时间 r-cran-repos= http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN #CRAN资源库 rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安装，更改R所在目录。 9.通过浏览器连接Rstudio-server 直接打开浏览器，输入http://<服务器ip>:8787 ## 如果修改过rserver.conf文件，后面的8787端口改为相应的端口即可。 这里需要我们输入用户名和密码。关于用户名有2点注意事项： （1）.不允许使用system 用户登陆，即用户ids小于100的用户。只能用普通用户登录 （2）.用户的认证可以使用RSA。 如果没有普通用户，可以添加： useradd newname # 添加一个名为newname的用户 passwd newname###给新用户newname 设置密码，密码需是复杂密码，否则可能通不过。 usermod -G happy newname ####将新用户newname添加到happy 用户组中， 在用useradd添加用户之后，在默认的情况下，该账号是暂时被封锁的， 也就是说，该账号是无法登录，须要用passwd命令来给新创建的用户设置密码之后才可以使用。 10可能存在的问题 10.1如果你的rstudio-server没有启动 很大程度是安装有误，这里我将我遇到的错误分享出来 rstudio-server verify-installation There is a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I did notconfigure with --enable-R-shlib. 这里就提到无法找到libR.so文件，原因是配置R语言文件时，没有加参数--enable-R-shlib. 这就必须要重新安装R语言。使用make uninstall 删除之前的安装，最好也删除R-3.6.1所在的文件夹，用“rm -r -f R-3.6.1". 使用rm 命令 -r 参数表示全部删除， -f 参数表示强制删除，不会提醒。 同时使用这两个参数要小心。 10.2 普通用户无法启动rstudio-server sudo rstudio-server start## 以管理员方式执行命令 这时会需要输入密码并提示 xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported. 如果不想出现上面的提示，就是给该用户提高权限，添加用户使用sudo的权利。 su root ###切换到root用户，如果有root权限的话。 chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的写权限 vi /etc/sudoers ###编辑sudoers文件，添加权限。 找到这行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (这里的xxx是你的用户名) youuserALL=(ALL)ALL %youuser ALL=(ALL)ALL youuserALL=(ALL)NOPASSWD: ALL %youuser ALL=(ALL)NOPASSWD: ALL chmod u-w /etc/sudoers ##撤销sudoers文件写权限

1、下载

wget http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/src/base/R-3/R-3.0.1.tar.gz

2、解压：

tar -zxvf

R-3.0.1.tar.gz

cd R-3.0.1

3、安装 (当然也可以跳过)

yum

install readline-devel

yum install libXt-devel

./configure

4、 配置环境并编译安装

#

如果使用rJava需要加上 --enable-R-shlib

(这个我不需要，所以加入到后面)

# 如果3没安装, 那么后面加上： --with-readline=no

--with-x=no

./configure --prefix=/usr/R-3.0.1

make $$ make install

5、配置环境变量并生效

vi

.bash_profile

export R_HOME=/usr/R-3.0.1

export PATH=.:$R_HOME/bin:$PATH

# 试环境变量生效

source .bash_profile

6、 命令行测试

[admin@JD

software]$ R

WARNING: ignoring environment value of R_HOME

R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"

Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing

Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

R是自由软件，不带任何担保。

在某些条件下你可以将其自由散布。

用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。

R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.

用'contributors()'来看合作者的详细情况

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用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或

用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。

用'q()'退出R.

>q()

7、创建脚本测试(t.R)

cd

/opt/script/R

vim t.R

#!/path/to/Rscript

#第一行

x<-c(1,2,3)

#R语言代码

y<-c(102,299,301)

model<-lm(y~x)

summary(model)

8、测试：执行脚本

R CMD BATCH

--args /opt/script/R/t.R

more

/opt/script/R/t.Rout

#查看执行的结果

或者第二种方式

Rscript

/opt/script/R/test.R

#结果直接输出到终端

---