如何让R读取我的环境变量？

你想

Sys.getenv()

Sys.getenv("PATH")

或者以您的示例为例

SIR <- Sys.getenv("SIR")   system(paste("ec2-cancel-spot-instance-requests",  SIR))

至于在启动时设置变量，请参阅

help(Startup)

~/.Renvironment