学习生物信息学，需要配置怎样的电脑呢？

首先的问题的是，我们需要什么样的计算机。

关于硬件：

需要至少4G内存，最好可以达到16G以上内存；

至少500G硬盘空间。通常一个RNA-seq的数据量为20G左右，如果再加上分析之后的结果，可能达到50G，所以即使你有500G的空间，也分析不了几组数据。所以硬盘空间越多越好，比如说2TB或者使用高速网络存贮界质。

CPU，至少2核。因为你在运行程序时，通常100%占到CPU，如果没有2核，计算机多半会假死在那里。如果有8核，或者以上更好。

GPU，很多程序开始使用GPU运算，如果能有好的GPU显卡，也是推荐的，但不是必须的。

为了达到以上的条件，入门极的比如说Mac Pro。进阶级的就是独立server，高级的是supercomputer clusters，支持qsub之类的。或者可以购买云计算服务。

对于 *** 作系统，在工作站方面，推荐Mac OS。它运行稳定，与LINUX同源。需要下载安装Xcode和wget就可以了。当然你还可以很方便的安装office办公软件，以及photoshop，AI等工具。最后安装好R/Bioconductor，就可以开始工作了。如果买了兼容机，可以安装上Linux/UNIX系统。它在安装上R/Bioconductor之后基本上就可以了。它的缺点是办公软件，绘图软件的安装。最差的就是Windows了。需要安装比如GCC编译器，make工具,mingw64, perl, zip/unzip, tar, wget, ghostscript等等。

有了软件及硬件，接下来的工作就是了解一些常识以武装你的大脑，这是整个运行环境中最重要的一环。首先，你需要学习了掌握UNIX常用命令，并且不反感字符界面。其次学会安装，设置及构建网络服务，比如apache的websever，以及mysql的数据库服务。第三安装及设置一个Galaxy。当然，第二步及第三步可能会有难度，可以先使用Galaxy本身的服务，但是它有很多限制，所以最好还是自己安装一个比较好。第四步，学习一门计算机语言，比如c, python, ruby, java等，还有一门脚本式语言工具，比如perl。第五步，学习使用R/Bioconductor。第六步，统计学。

至此，你的NGS分析环境就设置完成了。如果快的话，你可以两三个月就设置完成，达到起步的阶段，之后就是漫长的学习过程。慢的话，四年本科也不一定学到多少。

社会因素：当今社会是一个信息爆炸的时代，大学生可以通过网络获得各种各样的多元信息，这其中也包括大量的宗教信息。多元文化发展为当代大学生提供了更广阔的交流学台，经济快速发展的同时也严重瓦解着传统的人生观、世界观、道德观。从小生活在宠溺之中，认识水平和认识能力有限。 扩展资料

个人因素：大学生虽已成人，但是思维还不是很成熟，看待问题容易片面化，不能透过表面看到实质。尤其在外界与自己的想法发成冲突时，容易钻牛角尖，容易出现极端的想法和行为。由于大部分孩子都是家中的独生子女，从小被父母长辈溺爱，心理承受能力差，以自我为中心，难以客观公正的看待自己，出现问题不能及时真诚坦率的认错，解决应对问题的'能力较弱。在面对多元文化的冲击时，易受到各种思潮的影响，自认为追求自由，信仰自由，却并不了解自由的真正含义，对宗教信仰也没有深入的了解，更多的是在受到挫折打击时，作为一种逃避现实的理由而信教。

chmod 755 shellsh 表示任何人对shellsh文件可读可执行。7=4+2+1。5=4+1。

当文件有了可执行权限时候，不一定可执行。需要涉及到环境变量的概念。 如/usr/bin 目录下，大部分的系统命令都在这个目录下。

系统中环境变量的名字是：PATH。输入：echo $PATH 显示已有的内容。如果我们想自己的命令能够被系统找到，就需加入环境变量。具体 *** 作如下：

查看当前：echo $PATH 

显示：/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games

添加：export PATH=${PATH}:/home/zhanghan

查看：echo $PATH

显示：/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/home/zhanghan

以上只是对当前终端有效，退出后就无效了，

所以：在安装了新的软件，或者写了新的脚本后，都把软件的可执行程序和可执行的脚本所在目录，加到环境变量里面就可以了。

怎么写文件，当以后界面关闭后还能一直保存环境变量的改变

服务器输入命令：ls -la 。若是没有 bash_profile文件则新建，在文件bash_profile中加入：export PATH=${PATH}:/home/zhanghan保存退出，则每次系统自动检索到。

PATH只是众多环境变量中的一个变量，用于存储可执行文件所在的目录，以便在用户输入命令的时候可以查询的到。尤其是自己写的脚本或者安装的程序，系统不会知道它们在哪个路劲下，需要我们去提供给系统新的路径，学名叫设置环境变量。

上次说完cpu，接下来说说主板，内存，散热，显卡，硬盘，机箱，电源。

如果把cpu比做发动机的话，那其他的那主板就是汽车底盘，其他所有都是小配件。

选定了cpu，其他所以的选择范围轮廓基本就有了。

首先，为了生产力，我肉疼的选了个i9-9940x的是cpu，二手的近3000RMB。

昂贵的CPU只有配昂贵的x299型主板，又肉疼了一下。
cpu上主版不到10分钟，温度已近100℃，风冷是没指望了，只能上水冷，而且必须是360水冷。这样散热器就选好啦。

接着，根据cpu所匹配的内存选了2666hz， 嗯，如果是要超频的话。可以选择3000hz或3200hz，因为肉疼，所以我还是选2666hz，如果喜欢玩超频的朋友，就选高点的吧！因为考虑到主板插槽和cpu最大支持的内存容量，买16g内存条性价比较高，从小白进阶的我今天才知道内存是对对买的。

如果CPU有核显功能。那可以不需要买显卡，但是我的没有，所以就得自己配了。因为生信分析不需要作渲染，动画和3D设计，所以最普通的亮机卡就行。我选了个Gt730型号的200+RMB就搞定了。

最后就是意想不到的幺蛾子了：机箱。

本以为机箱就是档灰尘用的，随便二手得了，要不是考虑到散热和可燃的问题，我都想垃圾堆里捡个纸箱解决了。结果，咸鱼中的机箱基本上都不支持有邮寄，因为易损，大多支持自提。结果我不得不放弃二手渠道，买新的。

因为涉及搬运的问题，所以我拒绝玻璃侧板。给我当头一棒的是这样的机箱基本找不到，除非是专业服务器机箱。那服务器机箱大多比较窄，会有电源体积，显卡体积问题，难以走线和安装360水冷问题。因为尺寸不匹配，我还不得不退了一次货。在此，一定要提醒大家，看到查看运费险，扣除运费险，我自付30，无处哭诉～

那我忍不住内心的吐槽，主流的审美都是玻璃，大家都为了颜值放弃生产力了吗！鲜花和面包都选鲜花啦？！

更让我惊讶的是一个机箱，居然可以重达十公斤。这是让我一个小姑娘练肌肉的节奏吗！

whatever，最后终于主机配好了！还是开心的啦～

接下来就是装机，加油(ง •̀_•́)ง！

1 生信软件系统的选择——Linux（ubuntu）

对于生信分析人员来说，日常工作，软件运行，跑流程，均在linux下 *** 作。当然，也有基于云端的生信分析平台，如免费的Galaxy，或者某些 公司的一站式云平台。

比较初学者学生物信息还是使用开源软件、学原理、一步一步运行才有意思。这路子，一定要适应Linux的命令行界面。

选择windows还是linux？ 一定是linux，windows太多的生物软件不兼容了。

选择linux的哪个版本？推荐桌面版的Ubuntu——稳定，美观，适合初学者之称；次之，Centos——免费、稳定的服务器linux版本之称。

用那种方式安装linux好？推荐虚拟机安装。不太建议双系统，云端这种。因为，对于初学者在系统中，需要反复折腾，测试，搞垮系统是常事。

选择开源的VMbox还是商业版VMware？两者都可以，但各有缺点。VMbox更新比较快，经常更新后，可能会出现报错，系统无法打开的现象，较低版本的反而比较稳定，如果用好了，不建议经常更新。还有一点是，VMbox在鼠标控制上，没有VMware流畅。VMware十分稳定，流程好用。最新版一般要收费。可以选择比最新版版本稍低的，上网搜注册码，免费使用。还是那样，用好了，不要经常更新。某些生信软件会提供VMbox的镜像，如qiime。

VMbox的镜像能不能转到VMware上使用？，答案是可以的，使用VMbox的镜像导出功能，然后使用VMware进行导入，保持两者格式相同。

这段时间，我一直在“整合分析”一些数据。每次开始分析，我就开始“骂”，为什么就没有一个顺手的工具。为什么这个项目有几个表达量表格？为什么我拿到 ID 却又要去找注释信息文件，提取注释信息？为什么我看个表达量，一会看这个Excel表格，一会看那个Excel表格；为什么我就是想要几个基因的序列，我要找到序列文件来分析？
我实在是，受不了了，“十十”！我一直在忍，一直在忍。现在，我受够了。
对于数据分析，我们需要的是“不间断的思绪”，不应该总是让“突然要找某个文件”这种事情来扰乱分析思路。
于是，昨晚（2021年12月25日），年轻人们在朋友圈晒周末活动的同时，我花了整整一个晚上，写了一个 TBtools 插件，取名： BioPanGu 。大体界面如下：

类似 BlastZone，可以按照自己需要，制定不同的目录树。如上图，我按照物种做了归类放置。选中“荔枝”，点击了“Use Curr Proj”，即加载该项目。加载后，注意到左侧有箭头，可以点击隐藏这一面板。

项目加载后，可以看到中间上部显示“CurrProj:荔枝”，即当前分析项目。目前，每个项目分为三种类型数据：

即序列数据，可通过点击 Add Seqs ，给上Fasta格式的序列，即可完成装载。可以看到，图中已经加载了：基因组v3，第一版基因组，蛋白序列v3，名字可以自行指定。

即表达数据，可通过点击 Add Exp, 给上基因表达矩阵，或者事实上，其他任何矩阵也可以。注意需要有表头，同时第一列应该是基因ID。

即注释数据，可通过点击 Add Anno，加上注释信息表格即可。注意最好有表头，同时第一列应该是基因ID。

之间点击“中间面板”任意摁钮，即可自动加载对应数据在右侧面板。

如果是序列信息，那么会自动d出并自动装载好序列数据，只要黏贴 ID 或者区间即可提取序列；如果是表达信息或者是注释信息，同样，都是自动d出自动装载，只要黏贴 ID 即可整理提取。
当然，如果要删除某个数据，键盘摁住 Ctrl ，点击对应按钮即可删除。
PS: 右侧这块是接下来优化的重点，不过目前应该足够使用了。我个人有更多的计划，但是不是现在做。

不瞒大伙，我对这个插件的想法，远不止现在的状态。但时间有限，暂时先写一个能用的，解决我当前数据分析的燃眉之急再说。同样，我在一两年前就有类似工具的想法，只是我一直想动手，但想想又不动了，等又一次分析数据，又想动手，想想又算了我们不应该犹豫做与不做，做的好与不好，只要不是伤天害理，不忠不义，那就做了再说。
当然，最后问题来了，这个插件情况相比于其他功能都会特殊：

于是，先看看大伙的想法再说，投个票吧，看看大伙的想法，尽管很大可能我还是会坚持自己的想法。

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