基因编辑技术是什么?它是如何在医学领域应用的?

基因编辑技术是什么?它是如何在医学领域应用的?,第1张

基因编辑技术不断发展,到现在已发展到第三代基因编辑技术。第三代基因技术CRISPR/Cas克服了传统基因 *** 作的周期长、效率低、应用窄等缺点。作为一种最新涌现的基因组编辑工具,CRISPR/Cas能够完成RNA导向的DNA识别以及编辑。通过一段序列特异性向导RNA分子(sequence- specific guide RNA)引导核酸内切酶到靶序列处,从而完成基因组的精确编辑,因其 *** 作简单、成本低、高效率,近几年成为炙手可热的基因编辑手段,目前已广泛用于模式生物研究,医疗,植物作物,农业畜牧等领域。

1 磨快CRISPR利器,加快科学发现

CRISPR/Cas9的出现给了科研人员无限想象的可能,基于CRISPR/Cas9的技术很快就被广泛应用于全世界各个实验室中,这里我们将主要介绍最常用的几种应用。

早期,科研人员通过同源重组(HR)介导的基因打靶技术来实现基因编辑,但因效率太低,极大地限制了其应用。为了克服这一难题,一系列通过核酸内切酶介导的基因编辑技术被开发出来,通过这些核酸内切酶切割特定的基因组序列,借助细胞自身修复体系如非同源末端连接或同源重组修复方式,并由此达到改变基因组序列的目的,锌指核酸内切酶(ZFNs)、类转录激活因子效应物核酸酶(TALENs)以及sgRNA介导的Cas9核酸内切酶正是基于此原理工作的。

锌指核酸内切酶(ZFNs)和类转录激活因子效应物核酸酶(TALENs)均可通过蛋白-DNA相互作用识别基因组上的特定DNA序列并完成特定位点的切割,但是它们因效率低下、可选潜在位点少、成本高等原因极大地限制了它们的应用,直到CRISPR/Cas9系统的出现,科研人员才找到了一种成本低、效率高、简单易用的基因编辑工具。

CRISPR/Cas9出现之后,科研人员最先想到的便是将其运用到基因编辑上了,根据目标基因的外显子序列设计single guide RNA(sgRNA)并与含有Cas9编码序列的质粒一起转入细胞,sgRNA通过碱基互补配对的原则引导Cas9蛋白靶向目标DNA序列,Cas9蛋白会在该位点切割DNA,引发DNA双链断裂(DSB),此时细胞通过非同源末端连接修复(NHEJ)完成DNA的自身修复,

因修复过程中常常发生碱基的添加和丢失,而最终导致基因的移码突变从而达到基因敲除的目的,或者针对目的基因的上下游序列各设计一个sgRNA,从而引发该基因上下游同时发生DSB,再通过DNA损伤修复机制将断裂的上下游两端的DNA连接在一起,引发DNA片段缺失,从而达到基因敲除的目的。如果在此基础上为细胞引入一个修复的模板质粒,细胞就会以此模板进行同源重组修复,如果引入的修复模板是一个想要插入的基因,便可在特定的位置进行基因敲入了。

2 神奇的dCas9多功能工具包

随着人们对Cas9研究的不断深入,Cas9发挥功能的结构基础也渐渐明确,在Cas9发挥切割DNA的功能时,它的两个结构域发挥着重要作用,分别是RuvC和HNH,其中HNH结构负责sgRNA互补链的切割,切割的位点位于PAM的5'端的第三个碱基外侧,RuvC结构域负责非互补链的切割,切割位点是在PAM上游的3-8碱基之间,当将这二者同时突变失活,便产生了失去DNA切割活性的Cas9蛋白了(dCas9),dCas9虽然失去了对DNA的切割能力,但依旧可以在sgRNA的引导下到达指定的DNA序列处,这是基于sgRNA–dCas9复合体的这一特征,若在dCas9上融合不同功能的结构域,便可在特定的DNA区域完成不同的修饰了,这便形成了基于CRISPR/dCas9的工具包了。

脑洞大开的科学家利用dCas9蛋白,开发出各种用途的工具,可谓是把CRISPR/dCas9利用得淋漓尽致,这里我们举几个简单的例子如研究人员针对目标基因的启动子序列设计sgRNA,使得sgRNA–dCas9复合体靶向结合到目标基因的启动子上,因dCas9蛋白带来的空间位阻可干扰转录因子的结合,从而引发在转录水平上的干扰基因表达的效果,而在此基础上为了达到更佳的干扰效果,一些能够引发基因转录阻遏的结构域也被融合到dCas9蛋白上,如KRAB(Krüppel-associated box)等。

既然可以通过CRISPR/dCas9实现基因表达的干扰,那是不是也可以通过CRISPR/dCas9实现激活基因表达呢?答案是肯定的。科研人员通过向dCas9上融合vp64(四个串联的vp16)、p65AD(p65 activation domain)等促进促进基因转录的结构域,实现基因的内源性激活,在经过各种优化之后,比如由vp64、p65AD和VPR(Epstein-Barr病毒R反式激活因子Rta47)组成的三联结构域(dCas9–VPR)就可以实现很高水平的内源性激活基因表达的效果了。

通过基于CRISPR/dCas9的基因表达干扰和内源性激活工具的建立,使得科研人员在进行诸如基因功能研究的工作时有了更为简单、高效且低成本的研究工具。这很大程度上为科研人员节约了时间和成本。

3 精准编辑表观遗传修饰

表观遗传研究是近些年来非常火热的领域,DNA甲基化、组蛋白乙酰化等都在生物体中发挥着重要的生物学功能,而CRISPR/dCas9在表观遗传的研究中也成为了十分强大的工具。比如CRISPR/dCas9介导的靶向DNA甲基化修饰,我们知道在DNA甲基化过程中DNA甲基转移酶(DNA methytransferases,DNMTs)起着关键的催化作用,而且大部分DNA甲基化都发生在CpG岛,

因此研究人员尝试着将DNMTs的催化结构域融合到dCas9上形成dCas9-Dnmt3a3L,并通过sgRNA的引导靶向目标DNA序列的CpG附近催化其甲基化,以实现DNA甲基化的定点编辑。相似地,研究人员将在DNA去甲基化过程中起关键催化作用的TET1蛋白的催化结构域融合到dCas9上形成dCas9-TET1,同样的通过sgRNA的引导靶向目标DNA序列的CpG附近,可以实现去甲基化修饰。

再如CRISPR/dCas9介导的靶向组蛋白修饰,与靶向DNA甲基化修饰相似,一些和组蛋白修饰相关的酶包括组蛋白去甲基化酶(LSD1/KDM1A)、组蛋白乙酰转移酶以及组蛋白甲基转移酶等也被融合到dCas9蛋白上,以实现靶向组蛋白修饰。

除以上的应用外,CRISPR/dCas9还被用于其他多个领域,比如将EGFP融合到dCas9上,通过sgRNA靶向特定DNA序列实现基因组成像。此外,还有研究人员开发出基于CRISPR/dCas9的enChIP技术,以来探测特定基因组区域上的DNA-蛋白质相互作用,通过sgRNA靶向特定基因组基因座的标记dCas9的抗体免疫沉淀,之后通过蛋白质谱(enChIP-MS),鉴定与之特异性相互作用的蛋白质。这些工具的开发都极大地帮助了科研人员,使得之前无法实现的 *** 作成为可能,推动了生命科学的快速发展。

4 基因及药物靶标基因的确定

以往基于ZFN或TALENs的基因组编辑技术,需要针对DNA靶序列设计蛋白质,而CRISPR技术仅需要根据不同的靶序列合成相应的80nt左右的sgRNA来引导Cas9蛋白对序列进行修饰,这就实现了基因编辑技术的高通量应用。

CRISPR全基因组筛选技术可用于必需基因及药物靶标基因鉴定。多伦多大学Jason Moffa研究组建立了覆盖全基因组gRNA库并在5个细胞系中逐个敲除了18万个基因,最后鉴定出在不同细胞系间保守的1580个必需基因构成的“core fitness genes”。

同样,美国达纳-法伯癌症研究所W Nick Haining研究组通过CRISPR/Cas9系统性地敲除了黑色素瘤细胞的2368个基因,发现ptpn2基因缺失会使这些癌细胞对PD-1阻断更加敏感。华盛顿大学医学院Michael Diamond研究组利用CRISPR/Cas9鉴定在宿主细胞中坚定了黄病毒感染所绝对必需的9个基因,其中spcs1基因缺失时,不仅降低黄病毒感染率,而且对细胞也不产生副作用,这将是一个潜在的黄病毒药物靶标。

5 疾病建模及器官供体产生

CRISPR/Cas9作为新一代基因编辑技术,同样可被应用于建立疾病模型及培育供体器官。基因治疗可实现在患者自身细胞中纠正遗传缺陷,并结合其他生物学技术在体外培育出组织特异性的“类器官”,对于疾病建模、药物筛查及临床治疗等方面研究有极大意义。CRISPR介导的基因组编辑技术可以直接应用于非人类哺乳动物的疾病模型建立,将更有利于疾病致病机理和治愈研究。

此外,CRISPR技术还可应用于大型动物的基因编辑以研究免疫排斥及跨物种的疾病传染,从而解决异种移植器官来源的瓶颈,猪被认为是人体异种器官来源的首选动物,而目前猪器官用于人类的主要障碍为免疫排斥反应,及猪内源性逆转录病毒(Porcine endogenous retroviruses, PERVs)带来的医疗风险问题。eGenesis公司杨璐菡博士与哈佛大学George Church教授利用CRISPR进行基因改造一步让62个PERV pol 基因关闭,因而将来自PERV的传染风险降低了三个数量级,成功培育出不含PERVs的猪品系,作为安全有效的异种移植器官来源,这些研究让猪成为病人的器官来源更有前景。

6 基因疗法

基因编辑技术可以准确地改造人类基因,达到基因治疗效果。中国科学院生物化学与细胞生物学研究所李劲松研究组通过在小鼠胚胎中注射CRISPR/Cas9纠正白内障小鼠模型中的遗传缺陷,所产生的后代是可育的并能将修正后的等位基因传递给它们的后代。杜氏肌营养不良(DMD)是一种罕见的肌肉萎缩症,也是最常见的致命性遗传病之一,是由肌营养不良蛋白dystrophin基因突变引起。杜克大学Charles Gersbach研究组应用CRISPR/Cas9在DMD小鼠中将dystrophin基因突变的23外显子剪切,而合成了一个截短的但功能很强的抗肌萎缩蛋白,这是生物学家“首次成功地利用CRISPR基因编辑技术治愈了一只成年活体哺乳动物的遗传疾病”。

► CAR-T治疗简图,来自onclivecom

基因编辑技术联合免疫疗法在肿瘤及HIV/AIDS治疗具有广泛的应用前景。嵌合抗原受体T细胞(Chimeric Antigen Receptor T cell,CAR-T)细胞治疗是非常有前景的肿瘤治疗方法。CAR-T细胞疗法在B细胞恶性血液肿瘤治疗中已经取得硕果。中科院动物研究所王皓毅研究组利用CRISPR/Cas9技术在CAR-T细胞中进行双基因(TCRα subunit constant 和beta-2 microglobulin)或三基因(TRAC,B2M及programmed death-1)敲除。美国斯隆凯特林癌症纪念中心Michel Sadelain研究组发现CRISPR/Cas9技术将CAR基因特异性靶向插入到细胞的TRAC基因座位点,极大增强了T细胞效力,编辑的细胞大大优于传统在急性淋巴细胞白血病小鼠模型中产生CAR-T细胞。

继诺华的Kymriah以及Gilead (kite Pharma)的Yescarta接连上市,CRISPR Therapeutics公司也在应用CRISPR/Cas9基因编辑技术开发同种异体CAR-T候选产品。2016年10月,四川大学华西医院的肿瘤医生卢铀领导的一个团队首次在人体中开展CRISPR试验,从晚期非小细胞肺癌患者体内提取出免疫细胞,再利用CRISPR/Cas9技术剔除细胞中的PD-1基因更有助于激活T细胞去攻击肿瘤细胞,最后将基因编辑过的细胞重新注入患者体内。

7 致病菌及抗病毒研究

微生物种群与人体医学,自然环境息息相关。北卡罗来纳大学Rodolphe Barrangou与Chase L Beisel合作通过使用基因组靶向CRISPR/Cas9系统可靶向并区分高度密切相关的微生物,并程序性去除细菌菌株,意味着CRISPR/Cas9系统可开发成精细微生物治疗体系来剔除有害致病菌,人类将有可能精确控制微生物群体的组成。以色列特拉维夫大学Udi Qimron将CRISPR系统导入温和噬菌体中在侵染具有抗生素抗性的细菌以消灭此类细菌,CRISPR系统已具有成为新一类抗生素的潜力。Locus BioSciences公司也在开发在噬菌体中开发CRISPR系统以达消灭难辨梭菌的目的。

弗吉尼亚理工大学Zhijian Tu研究组在雄蚊子中进行M因子基因编辑,可以导致雌雄蚊之间的转化或雌蚊的杀戮,从而实现有效的性别分离和有效减少蚊子的数量,也将减少寨卡病毒及疟疾等传播。

基于CRISPR治疗不仅可以应用于根除共生菌或有益菌群的病原体,也可应用于靶向人类病毒,包括HIV-1,疱疹病毒,乳头瘤病毒及乙型肝炎病毒等。具有纯合的32-bp缺失(Δ32)的CC趋化因子受体5型(CCR5)基因的患者对HIV感染具有抗性。因此加利福尼亚大学Yuet Wai Kan在诱导多能干细胞iPSC中利用CRISPR系统引入纯合CCR5Δ32突变后,诱导分化后的单核细胞和巨噬细胞对HIV感染具有抗性。天普大学Kamel Khalili 课题组应用CRISPR/Cas9系统在宿主细胞基因组中精确编辑HIV-1 LTR U3区,从而在将艾滋病病毒从基因组中剔除。

8 核酸诊断及细胞事件记录

Cas12a (Cpf1)属于CRISPR家族另一核酸内切酶,它也可被gRNA引导并剪切DNA。但是,它不仅可以切割相结合的单链或双链DNA,也剪切其他的DNA。近日,加州大学伯克利分校Jennifer Doudna研究组开发了基于CRISPR的一项新技能——基因侦探(DNA Endonuclease Targeted CRISPR Trans Reporter (DETECTR))。利用单链DNA将荧光分子和淬灭分子连接构建成一个报告系统,当CRISPR-Cas12a在gRNA引导下结合到目标DNA并发挥剪切作用时,报告系统中的DNA也被剪切,荧光分子将被解除抑制。此系统在致癌性HPV的人的DNA样品检测HPV16和HPV18变现极佳。

布罗德研究所Feng Zhang研究组开发的基于CRISPR的2代SHERLOCK (Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter UnLOCKing),原理是利用Cas13a被激活后,可以切割除靶序列外其他的RNA的特征,引入了解除荧光分子的抑制。此工具可实现一次性多重核酸检测,可同时检测4种靶标分子,额外添加的Csm6使得这种工具比它的前身具有更高的灵敏度,并将它开发成微型试纸条检测方法,简单明了易 *** 作,已被研究人员成功应用于RNA病毒,如登革热病毒和寨卡病毒,及人体液样本检测。

Broad研究所David R Liu研究组利用CRISPR/Cas9开发了一种被称为CAMERA(CRISPR-mediated analog multi-event recording apparatus)的记录细胞事件的“黑匣子”他们利用这个系统开发出两种细胞记录系统,在第一种被称为“CAMERA 1”的细胞记录系统中,研究人员利用细菌中质粒的自我复制但又严格控制其自身数量的特征,

将两种彼此之间略有不同的质粒以稳定的比例转化到细菌中,随后在接触到外来药物刺激时,利用CRISPR/Cas9对这两种质粒中的一种进行切割,通过对质粒进行测序并记录两种质粒比例的变化来记录细菌接触外来刺激的时间。另一种细胞记录系统被称为“CAMERA 2”,它利用基于CRISPR/Cas9的碱基编辑系统实现在细胞内特定信号发生时改变遗传序列中的单个碱基,以此实现对诸如感染病毒、接触营养物等刺激的记录。这套技术的出现将很大程度的帮助人们进一步了解细胞的各类生命活动的发生发展规律。

9 人类胚胎基因组编辑

2015 年 4 月,中山大学的黄军利用CRISPR/Cas9介导的基因编辑技术,同源重组修复了胚胎中一个引发地中海贫血β-globin gene (HBB)的突变。

► 来自kurzgesagtorg

2016年,广州医科大学的范勇团队在三原核受精卵中,应用基因编辑技术CRISPR受精卵中的基因CCR5进行编辑引入CCR5Δ32纯合突变由于当时脱靶效率问题突出,产生了镶嵌式的受精卵。

2017年8月2日,俄勒冈健康与科学大学胚胎细胞和基因治疗中心Shoukhrat Mitalipov研究组公布了其应用CRISPR在人类胚胎中进行DNA编辑的结果,纠正了突变的MYBPC3基因,其突变会引起心肌肥厚并将年轻运动员猝死。

glut1葡萄糖转运蛋白染色不是蓝色,葡萄糖(D-glucose)是地球上包括从细菌到人类各种生物已知最重要、最基本的能量来源,也是人脑和神经系统最主要的供能物质;据估算,大脑平均每天消耗约120克葡萄糖,占人体葡萄糖总消耗量的一半以上。葡萄糖代谢的第一步就是进入细胞:亲水的葡萄糖不能自由穿透疏水的细胞膜,其进出细胞需要通过镶嵌于细胞膜上的葡萄糖转运蛋白完成。其中一类属于主要协同转运蛋白超家族(Major Facilitator Superfamily,简称MFS)的转运蛋白是大脑、神经系统、肌肉、红细胞等组织器官中最重要的葡萄糖转运蛋白(glucose transporters,简称GLUTs)。在人体的14个GLUTs中, GLUT1、2、3、4这四种蛋白生理功能最重要,研究最广泛,其中GLUT1因发现最早而得名。
GLUT1几乎存在于人体每一个细胞中,是红细胞和血脑屏障等上皮细胞的主要葡萄糖转运蛋白,对于维持血糖浓度的稳定和大脑供能起关键作用。在已知的人类遗传疾病中,导致GLUT1功能异常的突变会影响葡萄糖的正常吸收,导致大脑萎缩、智力低下、发育迟缓、癫痫等一系列疾病(GLUT1 Deficiency syndrome,又称De Vivo syndrome)。另一方面,当发生癌变时,葡萄糖是肿瘤细胞最主要的能量来源,但是肿瘤细胞由于缺乏氧气供应而只能对葡萄糖进行无氧代谢,同质量葡萄糖所提供的能量不到正常细胞的10%,因而对葡萄糖的需求剧增(这是被称为Warburg Effect的肿瘤细胞代谢现象),在很多种类的肿瘤细胞中都观察到GLUT1的超量表达,以大量摄入葡萄糖维持肿瘤细胞的生长扩增,这使得GLUT1的表达量可能作为检测癌变的一个指标。
葡萄糖跨膜转运的研究历史基本上代表了人类理解物质跨膜运输的历史。将近100年前,就观测到红细胞对葡萄糖的饱和性吸收;起初认为葡萄糖是通过自由跨膜扩散进入细胞的,随着实验证据的积累,1948年,LeFevre等首次提出葡萄糖的进入红细胞的跨膜扩散需要细胞膜上的特定组分(蛋白质)参与;1952年,Widdas等通过对人体红细胞转运葡萄糖的动力学研究提出了饱和运载体机制(saturable carrier mechanism),理论上揭示了细胞膜上运载体(carrier)的存在(尽管之后的研究并不再支持这转运模型,但至今许多跨膜转运蛋白仍然以carrier命名,转运蛋白家族以SLC分类);1977年,Kasahara和Hinkle从人体红细胞提纯分离出了参与葡萄糖转运的膜蛋白,并实现了脂质体重构功能实验,证实了葡萄糖转运蛋白的存在;1985年,Harvey Lodish实验室首次鉴定出了人体GLUT1蛋白的基因序列,并根据氨基酸序列预测了其具有12次跨膜区的拓扑结构;1991年,De Vivo等首次报道了与GLUT1突变体相关的疾病症状,并将这一大类与GLUT1突变相关的疾病命名为De Vivo 综合症,展示了GLUT1与人类健康的紧密关联。
自从获得了大量生理、病理、细胞、生化信息之后,获取GLUT1的三维结构就变成了该领域最期待的下一个突破。为了结构生物学研究,科学家尝试了从红细胞中、动物组织中直接提取GLUT1或者通过重组表达的方法获取;同时还尝试通过研究GLUT1-4的同源蛋白结构信息来间接理解这些重要的人源转运蛋白。上个世纪80年代,Henderson等报道了数个与GLUT具有序列同源性的细菌糖转运蛋白;90年代,一系列工作报道了GLUT1蛋白在多种表达体系中的重组表达;真正的结构生物学突破发生于2012年,颜宁研究组首次解析了GLUTs的大肠杆菌同源蛋白XylE与葡萄糖结合的高分辨率晶体结构,并利用同源建模预测了GLUT1-4的三维结构;时至今日,人源GLUT1蛋白的晶体结构的捕获为理解这个具有历史研究意义的转运蛋白掀开了新的一章。
颜宁研究组能够在激烈的国际竞争中率先解析GLUT1的晶体结构源于她们对于MFS家族的深入理解和研究积淀。颜宁的实验室在2007年成立之日就将GLUTs作为主要研究对象,然而作为结构生物学领域最为困难的膜蛋白、尤其是真核膜蛋白的研究,首先要培养一支研究队伍。因此她们从相对简单的细菌同源蛋白开始着手,边培养学生边积累经验教训,2010年解析了大肠杆菌中岩藻糖转运蛋白FucP的晶体结构(Dang et al, Nature, 2010),2012年解析木糖转运蛋白XylE的晶体结构(Sun et al, Nature, 2012)。在研究这些同家族糖转运蛋白的结构与机理过程中,她们对于MFS家族的工作机理有了深入了解,分析出GLUT1结晶的瓶颈在于高度动态、结构不稳定。针对这一问题,她们别出心裁,寻找可以将GLUT1锁定于某一构象的致病突变体,同时利用低温结晶进一步稳定蛋白构象,终于克服了GLUT1重组表达、纯化结晶的一系列技术障碍,获得了GLUT1的晶体结构。
GLUT1的三维晶体结构呈现经典的MFS家族折叠方式----12个跨膜螺旋组成N端和C端两个结构域。两个结构域之间的腔孔朝向胞内区,即该结构呈现向内开放构象。而在结晶中用到的去污剂头部恰好是葡萄糖苷,其结合位点与此前XylE中观测到的葡萄糖结合位点基本重合,证实了MFS家族具有单一结合位点。有趣的是,GLUT1在胞内可溶区还具有一个由4个α螺旋组成的结构域(简称ICH),这一序列只在MFS中的糖转运蛋白亚家族中(Sugar Porter subfamily)观察到,因此ICH是属于该家族蛋白的特有结构特征。
利用GLUT1的晶体结构可以精确地定位与疾病相关的突变氨基酸,揭示其致病机理。分析显示,三十余个突变氨基酸基本集中于三个区域:底物结合区域、胞外门控区、胞内门控区,它们的突变或者影响了底物识别,或者影响转运蛋白的构象变化。晶体结构使得理解这些致病突变的机理一目了然。与之前获得的向胞外半开口的XylE晶体结构比较揭示出 ICH在GLUT1的构象变化中起关键作用。鉴于ICH在糖转运蛋白亚家族的保守性,这一发现可能适用于该亚家族所有成员。
至此,颜宁实验室分别捕获了FucP向胞外开放,XylE结合底物半开放,GLUT1向胞内开放的三个MFS家族最具有代表性的转运状态结构,结构比对初步揭示出MFS糖转运蛋白在转运循环中的构象变化,对于理解MFS家族糖转运蛋白的转运过程提供了重要的分子基础。

视频舆情监测技术

目前的舆情监测平台一般采取先智能监测,再人工审核的方法。其中的智能监测技术主要是以下三类。

分布式舆情分析检测技术。

这是利用 Web 数据采集的方法,由多个可以并发获取Web数据的采集点协同工作,构成Web信息采集系统,实现对舆情信息的采集,再通过标签定制功能,对已知数据进行分类,从而实现舆情分析处理。这种技术针对短视频内容的监测有很大局限性。由于使用 Web 数据采集方法仅能针对那些标注了文字的视频标题的内容进行信息统计和分析,所以对于视频本身的挖掘功能是远远不够的。

视频同源检测技术。

它的核心思想是使用数学建模的方式先对视频进行表述,形成视频特征,进而通过特征的比较来实现同源视频的匹配。这种方法还有一些技术难题,最大的挑战在于找到视频的特征,全面地表述视频信息。对这些信息的表述主要体现在对视频帧的检测方法和对视频片段的检测方法。镜头的分割和关键帧的提取是该技术的难点问题。

基于标签的视频检测技术。

标签的视频检测技术主要是依据可能出现的视频信息,设置标签,对照视频内容进行分类,将视频与标签做对应关系的技术处理方法。检测的过程中可以根据视频标题、视频描述信息、视频内容三个不同的特征进行标签标注,再通过标注的内容向舆情分析专家提供索引信息。但是现在很多短视频都省去了文字描述和标题的内容,对于这些短视频,这种技术显然无法起到监测的作用。

以上内容由识达科技舆情监测公司整理提供。

类器官

类器官(Organoids),是指利用成体干细胞(ESCs)或诱导式多能干细胞(iPSCs)进行体外三维(3D)培育的具有一定空间结构的组织类似物。类器官能高度模拟体内组织结构及功能并能够长期稳定传代培养。类器官模型是介于细胞系和动物模型之间的一种新型功能化体外模型,可用于解析遗传发育、建立疾病模型、筛选药物和检测毒性以及探索个性化医疗方案。迄今为止世界各国科学家陆续培养出脑、肝、胃、肺、肠、肾脏和胰腺等各种类器官。

2013年,类器官技术被《Science》评为十大科技突破之一,2017年,又被《Nature Methods》评为生命科学领域的年度技术(Method of the Year 2017)。

荷兰科学家Hans Clevers教授是类器官研究领域国际公认的先驱和鼻祖,早在2009年,Hans Clevers就发现Lgr5蛋白是肠道干细胞的标志物,并成功建立了首个肠道干细胞体外3D类器官培养体系,开创了类器官作为疾病模型的研究时代。

目前,类器官在生命科学研究中应用广泛,通过改变不同类器官的基因可以极大地帮助研究生物学过程和疾病建模。然而,由于缺乏简单的基因组工程方法,基因组编辑人类类器官的构建比较困难。

CRISPR/Cas9是进行基因编辑的强大工具,可以对基因进行定点的精确编辑。在向导RNA(guide RNA,gRNA)和Cas9蛋白的参与下,待编辑的细胞基因组DNA可被看作病毒或外源DNA,得到精确编辑。

在2020年3月份,HansClevers研究团队在《Nature Cell Biology》杂志上发表学术论文《Fast and efficient generation of knock-in human organoids using homology-independent CRISPR–Cas9 precision genome editing》。

其利用非同源依赖的CRISPR-Cas9技术,可快速高效地对人源类器官进行基因敲入,他们将该技术命名为CRISPR–HOT(CRISPR-Cas9-mediated homology-independent organoid transgenesis),为人源类器官的内源基因敲入提供了重要的工具平台。

研究人员利用这种新方法分析了肝细胞如何分裂以及DNA过多异常肝细胞是如何出现的,并发现敲除癌症基因TP53,异常肝细胞的非结构化分裂会更频繁。以上发现或有助于深入研究相关癌症的发展过程。

研究者们为了印证CRISPR–HOT技术在人源类器官中进行基因敲入的方法可行,首先在两种难以转染的人源类器官(肝脏导管类器官及肝细胞类器官)进行测试,并对两种不同介导方式的基因敲入技术产生的类器官进行对比分析。

图示: HDR与NHEJ的技术路线以及优劣比较

结果发现,虽然抑制TP53的活性之后,HDR介导的基因敲入方式的效率略有提高,但仍然比NHEJ介导的基因编辑效率要低。Hans Clevers研究组的工作用CRISPR-HOT方法,建立了不依赖于对TP53活性抑制的以NHEJ介导的基因编辑技术,简化了基因敲入的流程,对于肝细胞等成体干细胞来源的类器官可视化研究提供了可靠的基因编辑方式。

2020年11月,Hans Clevers研究团队又在《Nature Protocols》杂志发表学术论文《Establishment of human fetal hepatocyte organoids and CRISPR–Cas9-based gene knockin and knockout in organoid cultures from human liver》,阐述利用CRISPR/Cas9基因编辑技术探究人类胎儿肝细胞作为类器官长期扩增的培养条件。

在文章中,作者提出:针对人类胎儿肝细胞和人类肝导管类器官的基因组编辑需要两种不同的实验程序。对于人类胎儿肝细胞类器官,采用基于电转杯电转染的转染策略。为此,类器官必须分解成单细胞或小块细胞,建议从第5代及以后开始对肝细胞类器官进行基因组工程设计,肝细胞类器官电穿孔的能力通常不会随时间而降低,作者已经成功地对人胎儿肝细胞类器官进行了基因组工程,可以做到至少第50代为止。

图示:人类胎儿肝细胞类器官的基因组 工程技术概略图

(采用电转杯电转染)

相反,对于人肝导管类器官,转染步骤是对完整的类器官进行的,是一种离体组织电转染的方式。

图示:人类肝脏导管类器官的基因组工程技术概略图

(采用离体组织电转染)

另外针对不同的基因编辑方式(Knock in和Knock out),作者也分享了非常详细的应对策略(见下图)。

俗话说,工欲善其事,必先利其器。那么在Hans Clevers研究团队深耕的类器官领域中,属于他们的一把利器是什么呢?我们发现,在大牛们的研究过程当中,对细胞的转染 *** 作贯穿其中。而NEPA GENE的 NEPA21基因高效转染系统 正是他们所选用的高效电转仪。

NEPA21 基本介绍

1采用全新设计的电转程序,电压衰减(Voltage Decay)模式;基因导入+反向导入模式。

2不需要特殊转染试剂辅助,节省实验成本;电转程序中的各项参数实时可见、可调,特别适用于优化原代细胞、非常见细胞的电转参数。

NEPA21高效基因转染系统独有的电压衰减(Voltage Decay)设计,可在获得高转染效率的同时,提高细胞存活率。专门针对难转染的原代免疫细胞、干细胞、神经细胞、活体动物、受精卵以及宫内胚胎等转染。

得益于NEPA21良好的应用体验,Hans Clevers利用其已在类器官领域取得了丰硕的研究成果。目前已有多篇应用文献,是Crispr/Cas9基因编辑的第一品牌电转系统。NEPE21——让细胞转染更简单、更Free。


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