但是分隔模型怎样设置才算合理呢？在PartitionFinder软件开发出来之前，研究人员一般通过将不同基因分开，例如gene1、gene2、gene3，再将每个基因的不同位点分开如gene1_1、gene1_2、gene1_3作为分隔模型，以提高进化树的稳健性。
RAxML、MrBayes、BEAST等常用系统发育软件都支持分隔模型，但并不能用于确定最优化的分隔模型设定方案。在建树过程中，如果设置的分隔模型过多，则拟合的参数会过多，造成结果不准确；如果设置的分隔模型过少，或者不设置分隔模型、设置的不合理，也会造成进化树不准确。很多学者已经意识到这个问题，但是一直苦于没有很好的应对方法。
赤池信息量AIC整合了模型的似然值（Likelihood）以及所要估计的参数数量。模型选择的简约理论认为，AIC或者BIC最小的模型是最优的模型。如果似然值已经足够高，进一步增加模型的参数已经不能再显著提高似然值的情况下，可以认为已经找到了最优模型。但是，对于分隔模型的筛选来说，碱基替换模型与分区方式的组合数量非常多，如果要对每一种分区方案对应的碱基模型筛选出最优组合，在很多情况下几乎是不可能的。这是因为：首先，从碱基比对矩阵计算Likelihood是十分耗费时间的。其次，分隔模型的各种组合的数量呈几何级数增长，如果通过几个基因建树，则可能的分隔模型的数量已经超出了大部分计算机的计算能力。此时就需要引入分隔模型的启发式搜索（Heuristic Search）。
PartitionFinder的作者从原理上解决了以上的问题，并通过Python语言实现了相应的算法（Lanfear et al, 2012）。作者证明，PartitionFinder所得的分隔模型比之前的简单处理更加合理。不仅如此，PartitionFinder在获得最优化分隔方案后，同时会给出每个分隔模块所对应的最优进化模型。因此，Modeltest、jModeltest以及ProtTest等软件都已经被PartitionFinder所超越。事实上，2012年Lanfear介绍PartitionFinder的论文发表后，在google scholar上已经被引用了3223次（截至2019年1月19日）。
本文简述PartitionFinder的Lunix安装和使用，供同行参考。
1:使用python就不得不提到Anaconda，Anaconda作为常用的包管理器，在服务器上自行部署，这里不再多说。
conda 安装其依赖包
在partitionFinder文件夹下创建一个新文件夹，命名为test20190219
将examples/nucleotide文件夹下的testphy文件以及partition_findercfg配置文件拷贝到test20190219文件夹下
在CMD中，将工作目录转换到partitionFinder下
调用PartitionFinderpy，格式如下：
python PartitionFinderpy test20190219
生成的结果会自己保存在test20190219文件夹下，并生成若干新文件（如logtxt）以及文件夹analysis。
模型筛选的结果就保存在analysis/best_schemetxt文件中。
参考
windows me
unix, win NT, linux都是常用的服务器 *** 作系统，win me是98之后的一款个人zhi *** 作系统。unix, win NT, linux都是多用户多任务网络 *** 作系统，可以多用户同时登录运行多个进程，对网络的控制也更好；win me是单机 *** 作系统，且对网络的控制不如前者。
网络 *** 作系统(NOS),是网络的心脏和灵魂，是向网络计算机提供网络通信和网络资源zhi共享功能的 *** 作系统。它是负责管理整个网络资源和方便网络用户的软件的集合。由于网络 *** 作系统是运行在服务器之上的，所以有时我们也把它称之为服务器 *** 作系统。
扩展资料：
网络 *** 作系统是网络上各计算机能方便而有效地共享网络资源，为网络用户提供所需的各种服务的软件和有关规程的集合。网络 *** 作系统与通常的 *** 作系统有所不同，它除了应具有通常 *** 作系统应具有的处理机管理、存储器管理、设备管理和文件管理外，还应具有以下两大功能：
(1)提供高效、可靠的网络通信能力；
(2)提供多种网络服务功能，如：远程作业录入并进行处理的服务功能；文件转输服务功能；电子邮件服务功能；远程打印服务功能。
参考资料来源：百度百科-网络 *** 作系统
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