服务器端使用IGV

终端打开IGV

提示以下信息

提示打开IGV通过igvsh， 输入

提示以下信息

Genomes > Load Genome form file，例如Zea_maysAGPv322dnagenomefa，加载完基因组后会生成Zea_maysAGPv322dnagenomefafai的文件。

由于 GFF 文件很大，需要排序以及建索引之后才能导入 IGV: 利用 IGVtools 进行排序和建立索引

load GFF 选择刚刚排序和索引之后的 gff 文件:
点击:file->load from file

BWA出来的sam文件无法直接被 IGV 利用的，必须经过 samtools 处理后才能被 IGV 显示出来。

使用脚本批量index文件

注意将bam和bai放在同一个文件夹下。
建立完索引后 load bam 文件:
File –>load from file 打刚刚建立完索引的 bam 文件。

找到自己感兴趣基因的起始和终止位置，可以根据gff的文件进行查找。可视化结果：

您好
您可以到我们的戴尔的技术论坛里面去查询一下信息，这里的内容很全面。
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