安装完成之后,本来打算用raxml进行建树 *** 作的,但一旦软件进行check的时候,就会发现raxml没有安装,但你检查一下raxml确实是已经安装好了的,这时你进去orthofinder的配置文件,就会发现原来默认用的是raxmlHPC-AVX,而你检查的时候只有raxmlHPC-AVX2,所以需要进去修改一下
而后就可以选择跑程序的选择了
然后就是等,结果一等就是5天,我以为跑完了,结果就这样报错了
百度查了一下原因,原来是使用shell时候,默认环境里是直接服务器多少线程就多少线程,即使你被限制了,软件还是默认你有那么多线程,如果达不到就会报错,故而我们需要在软件中限制一下运行环境中的线程数,提前给软件一个提示,我这里就只有这么多线程,你不能超过这个数,然后软件检查的时候,已经被你提前通知了就不会报错了,具体修改方法如下:
再次运行就不会报错了。
同时如果服务器被限制到线程,在运行一些java软件的时候也会出现GCthreads报错,这个真的就是看用的软件的运气了,如果软件写得好,那可以通过下面这样来限制环境的线程数
正常就可以运行了,但是类似tassel这个坑爹软件的话,会提示
如果你不做限制,或者限制接近你被限制的线程总数,则会提示这样的报错
具体接近看我后面怎么试了,幸好还有其他服务器可以用,转移一下数据就行,但也是够烦的,祝大家都买得起自己的塔式服务器,当自己的管理员,不用被限制到
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