R|生存分析 - KM曲线 ,值得拥有姓名和颜值

R|生存分析 - KM曲线 ,值得拥有姓名和颜值,第1张

生存分析作为分析疾病/癌症预后的出镜频率超高的分析手段,而其结果展示的 KM曲线也必须拥有姓名和颜值

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分析结果一键输出: R|生存分析-结果整理

时间依赖生存分析: R|timeROC-分析

为方便,使用内置lung数据集

可以很容易的发现与文献中的差异,可优化:

1)区分两条线的颜色和legend

2)坐标轴,标题,主题优化

3)Risk table

4)P值,OR值,CI值等注释信息

呐,线的颜色可以和性别对应起来了,Q1解决!

以上基本就完成了KM曲线颜色,线型大小,标签,横纵坐标,标题,删失点等的修改,Q2搞定!

注意中位生存时间表示50 %的个体尚存活的时间,而不是生存时间的中位数

注 tables.height可调整为看起来“舒服”的高度

根据risk table 可以看出关键点的当前状态,Q3摆平!

1)添加KM的P值

pval.coord可以调节P值得位置

2)添加COX回归hazard ratio值等相关信息**

3)添加其他信息

可类似上述annotation得方式,使用ggplot2添加文字,箭头,公式等其他信息,下面为你可能需要的ggplot2的几个知识:

ggplot2|详解八大基本绘图要素

ggplot2|theme主题设置,详解绘图优化-“精雕细琢”

ggplot2 |legend参数设置,图形精雕细琢

ggplot2|ggpubr进行“paper”组图合并

参考资料:

更多参数参见官方文档: https://github.com/kassambara/survminer

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精心整理(含图版)|R语言生信分析,可视化,你要的全拿走,建议收藏!

ggplot 作为R语言画图的瑞士军刀,相比于基础的R包,语法更加易于理解和掌握,不需要掌握很多的命令就能画出整洁美观的图表。比方说用 ggplot 来画箱线图,首先我们可以这样 *** 作:

得到下图

最终总结:记住 ggplot 是基于图层的绘图系统。


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原文地址: https://outofmemory.cn/bake/11353302.html

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