Ubuntu中使用Anaconda安装R,Rstudio

Ubuntu中使用Anaconda安装R,Rstudio,第1张

由于我之前使用python的时候安装了anaconda,所以我的anaconda就不需要再次安装,如果有没有安装anaconda,可以参照这个教程: 安装anaconda-换源-安装ipython-安装ipython notebook - 。

但是在安装Rstudio的时候,由于问题没有安装成功,有人说新版本的Rstudio不需要libgstreamer0.10-0依赖,总之我没有安装成功。

有人说可以直接通过anaconda安装R和Rstudio,而且我的电脑也已经安装了anaconda,所以我就选择了通过anaconda安装。

在终端中运行命令:

安装R:

conda install r-essentials --yes,用于安装R需要的所有包和依赖。运行结束后如图2和图3

安装Rstudio,命令:conda install -c r rstudio --yes

安装结束之后,在终端输入rstudio,看是否能够打开rstudio,若可以打开,则说明已经安装成功。我打开的样子如图6,但是有一个警告,但是我忽视了它的存在。

相关参考:

1. How to Download &Install R, RStudio, Anaconda on Mac or Windows

介绍

Anaconda是一个开源的包管理器,环境管理器,以及Python和R编程语言的分发。它通常用于大规模数据处理,科学计算和预测分析,为数据科学家,开发人员,业务分析师和在DevOps中工作的人员服务。

Anaconda提供超过720个开源包的集合,并提供免费和付费版本。 Anaconda分发带有conda命令行实用程序。 您可以通过阅读Anaconda文档页面了解有关Anaconda和conda的更多信息 。

本教程将指导您在Ubuntu 16.04服务器上安装Anaconda的Python 3版本。

先决条件

在开始本指南之前,您应该有一个非root用户在您的服务器上设置sudo权限。您可以通过完成我们的Ubuntu 16.04初始服务器设置指南来学习如何做到这一点。

安装Anaconda

安装Anaconda的最佳方法是下载最新的Anaconda安装程序bash脚本,验证它,然后运行它。

在Anaconda下载页面找到最新版本的Anaconda for Python 3。在写作的时候,最新的版本是4.2.0,但你应该使用一个更稳定的版本,如果它可用。

接下来,切换到服务器上的/tmp 。这是一个很好的目录下载临时项目,如Anaconda bash脚本,我们不需要运行它之后。

cd /tmp

使用curl下载您从Anaconda网站复制的链接:

curl -O

我们现在可以通过SHA-256校验和通过加密散列验证来验证安装程序的数据完整性。我们将使用sha256sum命令以及脚本的文件名:

sha256sum Anaconda3-4.2.0-Linux-x86_64.sh

您将收到类似于以下内容的输出:

Output73b51715a12b6382dd4df3dd1905b531bd6792d4aa7273b2377a0436d45f0e78 Anaconda3-4.2.0-Linux-x86_64.sh

在64位Linux页面上 ,您应该使用Python 3在Anaconda上检查输出与可用的哈希值,以获取适当的Anaconda版本。 只要你的输出匹配在sha2561行显示的哈希,你就好了。

现在我们可以运行脚本:

bash Anaconda3-4.2.0-Linux-x86_64.sh

您将收到以下输出:

Output

Welcome to Anaconda3 4.2.0 (by Continuum Analytics, Inc.)

In order to continue the installation process, please review the license

agreement.

Please, press ENTER to continue

按ENTER继续,然后按ENTER读取许可证。读完许可证后,系统会提示您批准许可条款:

OutputDo you approve the license terms? [yes|no]

只要你同意,输入yes 。

此时,系统将提示您选择安装的位置。您可以按ENTER接受默认位置,或指定其他位置以进行修改。

OutputAnaconda3 will now be installed into this location:

/home/sammy/anaconda3

- Press ENTER to confirm the location

- Press CTRL-C to abort the installation

- Or specify a different location below

[/home/sammy/anaconda3] >>>

安装过程将继续,可能需要一些时间。

完成后,您将收到以下输出:

Output...

installation finished.

Do you wish the installer to prepend the Anaconda3 install location

to PATH in your /home/sammy/.bashrc ? [yes|no]

[no] >>>

键入yes ,以便可以使用conda命令。接下来将看到以下输出:

OutputPrepending PATH=/home/sammy/anaconda3/bin to PATH in /home/sammy/.bashrc

A backup will be made to: /home/sammy/.bashrc-anaconda3.bak

...

为了激活安装,你应该来源~/.bashrc文件:

source ~/.bashrc

一旦你这样做,你可以验证你的安装通过使用conda命令,例如与list :

conda list

您将收到通过Anaconda安装提供的所有软件包的输出:

Output# packages in environment at /home/sammy/anaconda3:

#

_license 1.1 py35_1

_nb_ext_conf 0.3.0py35_0

alabaster 0.7.9py35_0

...

现在Anaconda已经安装,我们可以继续设置Anaconda环境。

设置Anaconda环境

Anaconda虚拟环境允许您通过所需的Python版本和包来保持项目组织。对于您设置的每个Anaconda环境,您可以指定要使用的Python版本,并可以将所有相关的编程文件保存在该目录中。

首先,我们可以检查以查看哪些版本的Python可供我们使用:

conda search "^python$"

您将收到包含您可以定位的不同版本的Python的输出,包括Python 3和Python 2版本。由于我们在本教程中使用Anaconda与Python 3,您将只能访问Python 3版本的软件包。

让我们使用最新版本的Python 3创建一个环境。我们可以通过将版本3分配给python参数来实现。 我们将调用环境my_env ,但是您可能希望为您的环境使用更具描述性的名称,特别是如果您使用环境来访问多个版本的Python。

conda create --name my_env python=3

我们将收到输出,包含有关下载内容和要安装的软件包的信息,然后提示您继续执行y或n 。 只要你同意,键入y 。

conda实用程序现在将获取环境的包,并让它知道什么时候完成。

您可以通过键入以下内容激活新环境:

source activate my_env

激活您的环境后,您的命令提示符前缀将更改:

在环境中,您可以验证您使用的是您打算使用的Python版本:

python --version

OutputPython 3.6.0 :: Continuum Analytics, Inc.

当您准备好停用Anaconda环境时,可以输入以下命令:

source deactivate

请注意,您可以用替换字源.实现相同的效果。

要定位更具体的Python版本,您可以将特定版本传递给python参数,如3.5 ,例如:

conda create -n my_env35 python=3.5

您可以使用以下命令在相应的环境中沿着相同的分支(如在更新Python 3.5.1到Python 3.5.2中)更新您的Python版本:

conda update python

如果你想定位一个更具体的Python版本,你可以把它传递给python参数,如在python=3.3.2 。

您可以使用此命令检查所有已设置的环境:

conda info --envs

Output# conda environments:

#

my_env /home/sammy/anaconda3/envs/my_env

my_env35 /home/sammy/anaconda3/envs/my_env35

root * /home/sammy/anaconda3

星号表示当前活动环境。

使用conda create创建的每个环境都将包含多个默认软件包:

openssl

pip

python

readline

setuptools

sqlite

tk

wheel

xz

zlib

您可以使用以下命令添加其他软件包,例如numpy :

conda install --name my_env35 numpy

如果你知道你想创建一个numpy环境,你可以在conda conda create命令:

conda create --name my_env python=3 numpy

如果您不再处理特定项目,并且不再需要相关环境,则可以将其删除。为此,请键入以下内容:

conda remove --name my_env35 --all

现在,当您键入conda info --envs命令时,您删除的环境将不再列出。

更新Anaconda

您应该定期确保Anaconda是最新的,以便您使用所有最新的软件包版本。

为此,您应该首先更新conda实用程序:

conda update conda

当出现提示时,键入y以继续更新。

一旦conda的更新完成,您可以更新Anaconda分布:

conda update anaconda

再次出现提示时,键入y以继续。

这将确保您使用的conda和Anaconda的最新版本。

卸载Anaconda

如果你不再使用Anaconda,并发现你需要卸载它,你应该从anaconda-clean模块,这将删除配置文件,当您卸载Anaconda。

conda install anaconda-clean

出现提示时键入y 。

安装后,您可以运行以下命令。在删除每个文件之前,系统将提示您回答y 。 如果不希望提示,请在命令末尾添加--yes :

anaconda-clean

这也将在您的主目录中创建一个名为.anaconda_backup的备份文件夹:

OutputBackup directory: /home/sammy/.anaconda_backup/2017-01-25T191831

现在,您可以通过输入以下命令删除整个Anaconda目录:

rm -rf ~/anaconda3

最后,您可以从Anaconda添加的.bashrc文件中删除PATH行。为此,首先打开nano:

nano ~/.bashrc

然后向下滚动到文件的结尾(如果这是最近的安装)或键入CTRL + W搜索Anaconda。删除或注释掉以下行:

/home/sammy/.bashrc

# added by Anaconda3 4.2.0 installer

export PATH="/home/sammy/anaconda3/bin:$PATH"

完成编辑文件后,请键入CTRL + X退出,然后键入y以保存更改。

Anaconda现在已从您的服务器中删除。

结论

本教程将引导您安装Anaconda,使用conda命令行实用程序,设置环境,更新Anaconda和删除Anaconda(如果您不再需要它)。

您可以使用Anaconda帮助您管理数据科学,科学计算,分析和大规模数据处理的工作负载。


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原文地址: https://outofmemory.cn/bake/11573297.html

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