如何使BLAST程序在windows计算机上本地化

Blast本地化详细攻略（基于Windows系统）by Fredy 2010-12-16 17:40 | (分类:默认分

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最近终于把Blast本地化弄明白了，参照网上的攻略稍微整理了一下，希望能给学生物的朋友带来一些方便，毕竟好的生物信息学分析是成功的一半嘛~~ 1. 从NCBI上下载Blast本地化程序，下载地址：

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/2.2.9/blast-2.2.9-ia32-win32.exe 安装得到的Blast本地化软件安装包，安装路径例如"C:\Blast\bin\"。

2. 从相关生物信息学网站上下载数据库，如NCBI的nt库，DFCI的相关EST数据库或者是用户自己建立的fasta格式的核酸序列文件等，将数据库文件移动至Blast本地化程序目录“C:\Blast\bin”

3. 用文本编辑器（txt文件改名字及后缀）创建一个ncbi.ini文件，文件包含下面内容： [NCBI]Data="C:\blast\data\"

将ncbi.ini文件存放到系统的Windows 或者 WINNT目录。

4. 将Blast本地化程序目录添加路径中（该步骤非必须，但会给以后的 *** 作带来方便），方法：

a)右击我的电脑选择属性，选择高级，点击环境变量，设置环境变量

b)系统变量中，选择Path，点击“编辑”，在变量值的后面添加Blast本地化程序所在路径，如“C:\Blast\bin”，点击确定，将安装路径添加到path。

5. 测试，打开dos窗口（点击开始，选择运行，打开的输入框中输入"cmd”，确定），键入"blastall”，回车，如果安装正确，将显示blastall的所有参数说明。如果之前没有进行步骤4，则访问Blast本地化程序所在文件夹后输入"blastall"进行测试。

【访问文件夹时可能用到dos命令有盘符切换"X:"及路径切换"cd \blast\bin”】

6. 下载得到的数据库为fasta格式，需要经过格式转化后才能进行blast，打开dos窗口，访问Blast本地化程序所在文件夹，输入格式化数据库命令： formatdb.exe -i nt.fas -p F -o F

命令中nt.fasta可换为其他预进行格式化的原始fasta数据库文件，稍等片刻，电脑完成数据库的格式化，会在在原数据库文件所在文件夹生成一系列文件，格式化过程无系统报错，Blast本地化体系即构建完成。

7. Blast本地化：在Blast本地化程序所在文件夹创建test.txt文件，将需要Blast的序列以fasta格式存于该文件中，打开dos窗口，访问Blast本地化程序所在文件夹，输入Blastn命令：

blastall -p blastn -d nt.fas -i test.txt -o out.txt

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稍等片刻，Blast结果即存于系统自动生成的out.txt文件中。

此外就是建议将常用命令保存在一个txt文件中，需要时直接在dos里面用鼠标右键粘贴就ok了。在test.txt中以fasta格式存储多个序列可以一次得到比对多个序列的结果。

RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别的软件，几乎用于所有物种。是做基因组、非编码RNA的必备软件。很多ncRNA与Repeat区有高度相关性。

安装在Ubuntu 12.04上，时间为2013-4-7，所有相关软件和数据库全为最新版。

1. RMBlast序列搜索引擎

1sudo apt-get install g++ #安装g++编译器

2tar zxvf ncbi-rmblastn-2.2.28-src.tar.gz #解压

3cd ncbi-rmblastn-2.2.28-src.tar.gz/c++/

4./configure --with-mt --prefix=/usr/local/rmblast --without-debug

5make #编译，需要半小时

6sudo make install

2. TRF(Tandem Repeat Finder)搜寻串联重复序列

http://tandem.bu.edu/trf/trf407b.linux.download.html

1sudo mv trf407b.linux /usr/local/bin/trf #将程序移到可执行目录并改名

3. RepeatMasker程序

http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html 2/21/2013: RepeatMasker-open-4-0-1.tar.gz

1tar xvzf RepeatMasker-open-4-0-1.tar.gz

数据库 需要注册才能下载，人工审批，可能要等两天

1cp repeatmaskerlibraries-20120418.tar.gz RepeatMasker/

2sudo tar xvzf repeatmaskerlibraries-20120418.tar.gz #解压并覆盖原目录

3./configure #主要是输入RMBlast安装目录，/安装目录/ncbi-rmblastn-2.2.28-src/c++/GCC460-ReleaseMT/bin

4sudo ln -s /安装目录/RepeatMasker/RepeatMasker /usr/local/bin/RepeatMasker #设置环境变量

以拟南芥基因组为例

1~/Documents/Data/genome_ath10$ RepeatMasker -species arabidopsis TAIR10_chr_all.fas

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