分子动力学模拟器的最佳语言,可在生产中运行. (Python Numpy？)

概述我需要建立一个重型分子动力学模拟器.我想知道 python numpy是不是一个好选择.这将用于制作,所以我想从一个好的语言开始.我想知道我是否应该开始使用像eg.scala这样的函数式语言.我们是否有足够的库支持scala中的科学计算？或者你认为好的任何其他语言/范例组合 – 以及为什么.如果您过去实际上已经构建了一些内容并且正在根据经验进行讨论,请提及它,因为它将帮助我收集数据点. 非常感谢！ 我需要建立一个重型分子动力学模拟器.我想知道 python numpy是不是一个好选择.这将用于制作,所以我想从一个好的语言开始.我想知道我是否应该开始使用像eg.scala这样的函数式语言.我们是否有足够的库支持scala中的科学计算？或者你认为好的任何其他语言/范例组合 – 以及为什么.如果您过去实际上已经构建了一些内容并且正在根据经验进行讨论,请提及它,因为它将帮助我收集数据点.

非常感谢！

解决方法 高性能的MD实现往往是绝对必要的(与功能相反),大数据阵列胜过面向对象的设计.我已经和 LAMMPS一起工作了,虽然它有瑕疵,但确实可以完成任务.一个更吸引人的选择是 HOOMD,它从一开始就针对带有CUDA的NvIDia GPU进行了优化. HOOMD没有LAMMPS的所有功能,但界面看起来好一点(它可以从Python编写脚本)并且它的性能非常高.

我实际上使用高级面向对象设计实现了我自己的MD代码(Java和Scala),并且与经过大量调整和使用C/C++UDA的流行MD实现相比,发现了令人失望的性能.现在,似乎很少有科学家编写自己的MD实现,但能够修改现有的实现是有用的.

总结

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