包含vasp固定晶格、vasp-wannier、wannier-tool、gnuplot工具的自动安装教程

包含vasp固定晶格、vasp-wannier、wannier-tool、gnuplot工具的自动安装教程,第1张

对于做二维材料的伙伴来说,很多时候需要进行xy平面的晶格优化而z轴需要固定不动,但是vasp中ISIF=3的设定是三个晶轴方向都会被优化,这样对于我们来说就很不方便。


一个解决办法就是对vasp重新进行编译,编译z方向固定不变的vasp代码。


在此我写了一个脚本用于编译固定z方向晶格vasp的脚本,第一个目的是方便以后自己再次安装的时候使用,避免重复劳动,第二个目的是作为经验的分享,也是对自己学习过程的一个巩固。


在这个脚本中还同时集成了wannier和gnuplot工具的安装,方便一次性安装,避免后面需要使用时再次安装。


首先给出安装包链接:

链接:https://pan.baidu.com/s/1ud2icaswyGxNQlh4o0iKwg
提取码:8ftj

接着对安装步骤和测试步骤进行了说明,对于Linux软件编译安装熟悉的伙伴可以不用看这里的安装过程浪费时间,安装包里的README文件有安装说明,之所以在这里也做个详细的说明是为了不太熟悉Linux软件安装的伙伴。


首先我是在虚拟机上进行的测试,(在虚拟机上的环境和集群上的环境是一样的,都没有连接外网)软硬件如下:

CPU类型:x86_64

*** 作系统(OS)类型:x86_64

上传安装包到自己的集群目录下并解压,然后进入解压目录,对脚本Vasp-5.4.4-fix_z-wannier_install.sh中的内容进行修改:

        intel_path是自己的Intel编译器的安装目录

        gplt_ins_path是gnuplot即将安装到的目录

修改完成后就可以开始安装

1--> 执行命令sh Vasp-5.4.4-fix_z-wannier_install.sh 2>&1 | tee install.log这儿加上管道和tee命令的目的是为了将安装过程全部输出到install.log文件中,方便日后查看 

正在安装,在这个过程中不要关掉这个窗口,不然安装会被中断,耐心等待安装

出现了命令行提示符后才表示安装完成(当然也有可能是出于某些原因安装中断了,如果出现问题可以和我邮箱[email protected]交流) 

2--> 安装完成,进行测试。


我将加载vasp和gnuplot环境变量的脚本vasp_env.sh和gplt_env.sh放在了安装包的目录下,而没有写在$/HOME/.bashrc文件中,这样做的好处在于,需要使用这些工具的时候再使用source vasp_env.sh和source gplt_env.sh加载环境变量,而如果直接将所有的环境变量都写到$/HOME/.bashrc文件中,当环境变量越来越多的时候,就可能导致系统文库之间的冲突,可能导致意想不到的后果。


 

3--> 首先进行vasp固定z轴/z-or-c方向/z矢量/c矢量晶格优化的测试。


运行命令source vasp_env.sh加载vasp环境变量 

4--> 接着运行命令tar zxvf vasp-test.tar.gz解压测试文件,然后进入vasp-test/opt目录 

5--> 运行命令mpirun -np 4 ../../vasp.5.4.4/bin/vasp_std 2>&1 | tee temp.log提交任务,计算过程中不要退出,不然会中断,后面计算完了要查看计算过程可以查看temp.log文件 

 计算完成

先查看POTTCAR中的晶格矢量,可以看到三个晶格长度完全一样

再查看CONTCAR中晶格矢量,可以看到c轴的长度完全没有改变,只是优化了a和b晶格的长度,说明固定晶格的vasp代码没有问题

对于wannier的计算,我没算过,不熟悉,但从安装过程来看,似乎是没有问题的,如果有伙伴测试出安装不正确,可以和我交流

6--> 最后测试了一下gnuplot的安装

使用命令source gplt_env.sh加载gnuplot的环境变量

然后运行gnuplot,可以看到gnuplot正常启动,由于我这个远程连接软件没有X11窗口,我安装时就没有安装可视化终端。


 

 

至此暂时没有发现什么问题,后续的改进有赖于各位伙伴的反馈和建议,期待各位的宝贵意见,我的邮箱是 [email protected]


欢迎关注我的订阅号交流讨论,后面会发布更多理论计算软件编译安装以及Linux(Shell)数据处理脚本的内容,本人发布内容旨在传递经验,巩固所学知识,希望与广大小伙伴交流经验,学习更多知识。


 

欢迎分享,转载请注明来源:内存溢出

原文地址: https://outofmemory.cn/langs/563645.html

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